У Траубе, как и у Боткина, мысль постоянно работала в одном и том же направлении, не отвлекаясь ничем, выходящим из круга любимой специальности, поэтому оба они были полны множеством возникавших в них еще не разработанных вопросов и обобщений, и, высказывая их мельком перед слушателями, освещали громадные, но отдаленные горизонты науки и намечали будущие пути в них. Почти с каждой лекции обоих можно было вынести что-нибудь свежее, новое, чего не вычитаешь ни в одной книге, – мысль и наблюдение, не сделавшиеся пока общим достоянием науки, а только назревавшие в головах этих учителей. Боткин как слушатель высоко ценил преподавательские достоинства Траубе и после его лекций не мог удовлетвориться ни одним из тогдашних знаменитых клиницистов в Европе: ни Оппольцером, ни Шкодой, ни Труссо, – менее всего стариком Шенлейном, доживавшим тогда свой век в должности другого берлинского клинициста.

Посещая, кроме того, время от времени клиники наиболее известных – невролога Ромберга и сифилидолога Береншпрунга, – Боткин провел два года в Берлине в институте патологии, занимаясь преимущественно у Вирхова на его курсах, не пропуская ни одного производимого им вскрытия. Вскоре он стал в совершенстве владеть микроскопом и химической техникой и мог приступить к самостоятельным занятиям, результатом которых было появление нескольких его трудов в печати, помещенных в ежемесячном вирховском «Архиве». К этому же периоду относится и первое его печатное сообщение на русском языке, знакомившее с устройством солейлевского поляризационного аппарата.

Об этой своей берлинской рабочей поре Боткин всю жизнь хранил самые теплые, благодарные воспоминания. Тамошняя жизнь его стала еще полнее и менее одинока, когда в 1857 году приехали в Берлин для занятий И. М. Сеченов, офтальмолог Юнге и покойный хирург Беккерс; они тотчас же составили дружеский кружок, связанный общностью духовной жизни и интересов, и стали неразлучно проводить время, свободное от медицинских занятий. К Сеченову Боткин до самой смерти питал самую трогательную, нежную дружбу. Пользуясь продолжительностью летних вакаций в Берлинском университете, Боткин проводил их в Москве в родной семье и в один из этих приездов, помнится, в 1857 году захворал такими бурными и загадочными припадками, что болезнь была принята за острое воспаление брюшины, и только впоследствии, когда приступы стали повторяться, он убедился, что то была колика желчных камней, – болезнь, которой он страдал до самой смерти и которую изучил на самом себе до мельчайших подробностей, особенно в тех ее замаскированных и отраженных проявлениях, которые нередко служат камнем преткновения для самых опытных практических врачей.

В Берлине Боткин оставался до конца 1858 года и в декабре переехал в Вену, где продолжал начатые им гистологические работы, очень усердно посещал лекции физиолога Лудвига, от которых был в восторге, и клинику Оппольцера, поражавшую его своей недостаточной научностью. В Вене же совершился важный акт его личной жизни: он женился на А. А. Крыловой, дочери небогатого московского чиновника, но прекрасно образованной девушке. Отпраздновав свадьбу в Вене, куда невеста приехала с матерью из Москвы, он вскоре выехал оттуда, проделав большое путешествие по средней Германии, познакомившись по дороге с прирейнскими минеральными водами, по Швейцарии, побывав также в Англии, и в конце октября приехал для зимних занятий в Париж.

До сих пор он занимался без всяких помыслов о будущем и, увлекаемый самой бескорыстной любовью к науке, расширял свои знания, нимало не заботясь о том, где и как он будет их применять; но теперь, с одной стороны, он сам начинал сознавать, что поучился достаточно и пора приниматься за практическое приложение этих знаний, а с другой стороны, женитьба и вскоре рождение ребенка вынуждали подумывать о будущем, тем более что небольшой капитал, завещанный ему отцом, начинал истощаться. Но тут весьма кстати подоспело приглашение на профессуру из Петербурга. С восшествием на престол императора Александра II обновление русской жизни, коснувшееся всех ее сторон, коснулось и высших школ, в том числе и Петербургской медико-хирургической академии. В 1857 году президентом ее вместо Пеликана был назначен профессор П. А. Дубовицкий; он горячо принялся за внутренние преобразования, пригласив к себе в помощники в звании вице-президента московского физиолога Глебова, о котором говорилось выше, и сообща с ним решил для подъема преподавания дополнить состав профессоров молодыми силами, представившими доказательства своей научной подготовленности и талантливости.

Таким образом, на исходе 1859 года было послано приглашение занять кафедры в академии находившимся за границей Якубовичу, Боткину, Сеченову, Беккерсу и Юнге, имена которых сделались известными благодаря их трудам, помещенным в иностранных медицинских изданиях. Из них лишь Якубовичу тогда было под 50 лет, и он был воспитанником Харьковского университета, тогда как остальные четверо только три-четыре года как кончили курс в Московском университете, и они тем охотнее приняли это приглашение, что, будучи связаны близкой дружбой, видели возможность при одновременном появлении их в академии бороться с обветшалой рутиной и старыми порядками совокупными, а не единоличными силами. Боткин, приняв приглашение, выговорил для себя условие приехать в Петербург не ранее осени 1860 года, чтобы иметь время познакомиться с парижскою школой и клиниками и привести к концу начатые работы. Всю эту зиму и часть лета он провел весьма деятельно в Париже, посещая лекции Клода Бернара, клиники Бартеза, Труссо, Бушю и других; там же он написал свою докторскую дисертацию о всасывании жира в кишечнике и отправил ее на рассмотрение в академию, окончил свою большую работу о крови и поместил ее в вирховском «Архиве» вместе с другой работой, об эндосмозе белка, – наблюдение, которое он производил над куриными белками, лишенными скорлупы, при помощи соляной кислоты; кроме того, он работал и над другими вопросами.

К сентябрю 1860 года Боткин прибыл в Петербург и после защиты диссертации немедленно был назначен исполняющим должность адъюнкта при академической клинике 4-го курса, которой заведовал профессор Шипулинский, человек не без дарований и не без познаний, но больной и уже настолько отсталый в своем деле, что ему трудно было вести клинику на уровне с современными требованиями науки и бороться со своим новым и высокоталантливым помощником. Студенты вскоре оценили достоинства и преимущества Боткина и стали охотнее ходить к нему на лекции, чем к Шипулинскому; не прошло и месяца после первого выступления Боткина в клинике, как отношения между ним и его патроном испортились до невозможности, так что после нескольких диагностических турниров над постелью больных, в которых победа осталась за молодым ученым, Шипулинский менее чем через год подал в отставку.

Среди профессоров тогдашней академии существовало две враждебные одна другой партии: немецкая и русская, находившаяся пока в зародыше. Первая предложила на конференции передать клинику Шипулинского кому-нибудь из старших «наличных» профессоров, Экку или Бессеру, оставив Боткина в звании адъюнкта; но тогда Боткин, которому Дубовицкий при поступлении в академию обещал, что он тотчас же получит место ординарного профессора, как только откроется вакантная клиника, заявил решительно, что выйдет тотчас же в отставку, если не будет сделан самостоятельным хозяином в освободившейся клинике. Неизвестно, чем кончились бы эти препирательства, – весьма возможно, что академия лишилась бы Боткина, если бы не явилась на конференцию депутация от студентов с просьбой отдать ему предпочтение перед другими конкурентами и не склонила бы тем чашу весов на его сторону: он был избран ординарным профессором.