Пока шло это обучение, старшие брат и сестра Бэра покинули семью (сестра рано вышла замуж, брат уехал за границу), а младшие были слишком малы в сравнении с ним; в семьях соседей также не было его сверстников, а потому мальчик очутился один среди взрослых и, привыкнув к одиночеству, стал дичиться людей. Это обстоятельство, а также и то, что домашнее воспитание более ничего уже не могло дать, заставило отца Бэра подумать об отправлении его в учебное заведение, для чего и была избрана дворянская школа при городском соборе в Ревеле. Мальчика отвезли в августе 1807 года в Ревель, где после расспросов, имевших вид экзамена, директор школы определил его в старший класс (прима), приказав ему посещать в младших классах лишь уроки греческого языка, в котором Бэр был совсем не подготовлен.

В своей автобиографии Бэр отзывается о Ревельской школе в самых теплых выражениях. Он нашел в ней и превосходных, прекрасно воспитанных товарищей, к которым привязался всем сердцем, и достойных учителей, принадлежавших к числу лучших педагогов того времени. Особенно хвалит он Вермана – директора школы, преподававшего древние языки и историю, и Блаше – преподавателя математических наук. Из сверстников своих он особенно привязался к Асмуту, к которому питал чрезвычайно нежную дружбу. Время учения в Ревеле (с 1807 по 1810 год) Бэр называет поэтическим временем своей жизни. В автобиографии своей он подробно рассказывает историю Ревельской дворянской школы, излагает принятый в ней план преподавания и делает со своей стороны множество интересных замечаний педагогического характера. Будучи в общем весьма доволен ходом преподавания в школе, Бэр не скрывает и некоторых ее недостатков, из которых на первом месте он ставит плохое преподавание русского языка. Учителем этого предмета был нанят природный русский, не обладавший, однако, достаточным образованием, чтобы внушить к себе уважение учеников старшего класса, и потому служивший мишенью для их насмешек. Лучшего учителя начальство школы скупилось нанять, хотя и можно было бы найти его, если бы не ограничиваться остзейскими губерниями, а обратиться в коренную Россию и не жалеть вознаграждения за труд порядочного преподавателя. Впрочем, отчасти виноваты были и сами русские. Первоначально в школе читали Карамзина, и чтение это интересовало воспитанников, так как Карамзин принадлежит к замечательным русским писателям; но когда школу посетило одно русское высокопоставленное лицо и нашло, что вместо Карамзина лучше было бы предложить ученикам что-нибудь более поучительное в моральном отношении, то изучение Карамзина было заменено чтением и переводами из какой-то плохонькой хрестоматии, не заключавшей в себе ничего нового и интересного для учеников.

Занимаясь ревностно предметами, преподаваемыми в школе, и изучая даже военные науки – артиллерию и фортификацию – под руководством Блаше, Бэр не забывал и естественных наук. При удобном случае он ботанизировал, собирал насекомых, раковины и т. п.

В первой половине 1810 года восемнадцатилетний Бэр окончил курс Ревельской школы; ему предстояло избрать дальнейший путь образования. Самого его тянуло в Дерптский университет, главным образом потому, что туда отправлялся его нежно любимый друг Асмут; семья же Бэра держалась того мнения, что ему следует отправиться в один из заграничных немецких университетов. Бывший учитель Бэра Гланштрем побывал за это время в Германии и с восторгом рассказывал о тамошних университетах, тогда как молодой еще Дерптский университет внушал к себе в то время мало доверия. Отец Бэра, сам получивший образование в Германии, хотел, чтобы сын его отправился в Гейдельберг. Молодому Бэру стоило немало труда упросить отца, чтобы ему хоть на год позволили ехать в Дерпт, на что отец наконец согласился при условии, чтобы сын выучился русскому языку.

Уезжая в Дерпт, Бэр решил избрать медицинскую карьеру, хотя, по собственному признанию, он сам хорошо не знал, почему делает этот выбор. В школе он одно время даже собирался посвятить себя военному делу, для чего и слушал у Блаше артиллерию и фортификацию, но вскоре отказался от этой мысли. По всей вероятности, при выборе факультета оказала влияние рано зародившаяся в нем страсть к ботанике; и так как изучение естественных наук само по себе не обещало верного материального обеспечения в будущем, то он и обратился к медицине, с которою отчасти познакомился еще в детстве, помогая Гланштрему.

«Когда я въезжал в Дерпт, – пишет Бэр в своей автобиографии, – то мне показалось, что отсюда исходит сияние света на всю окрестную страну, как от младенца Христа на картине Корреджо». Вскоре, однако, ему пришлось несколько разочароваться, так как преподавание в Дерптском университете в то время было не на высоте, в особенности по отношению к избранной Бэром специальности. Воспоминания его о Дерптском университете далеко не носят поэтому такого светлого характера, как впечатления, вынесенные из Ревельской дворянской школы. Ему не нравились ни тогдашние студенческие корпорации, разделявшие учащихся по национальностям (эстляндцы, лифляндцы, курляндцы), ни характер преподавания в университете, где было в то время мало выдающихся профессоров. Ледебур, известный ботаник, должен был читать также зоологию и геологию с минералогией, чуждые ему специальности и потому вовсе не излагавшиеся им или излагавшиеся кое-как. Описательная анатомия читалась без всяких демонстраций и иллюстраций, чисто теоретически, неким Цихориусом, большим чудаком и весьма ограниченным человеком. Зато очень увлекательны были лекции известного ученого Бурдаха по физиологии и истории развития. Университет был весьма беден вспомогательными учреждениями; клиники при нем были, но не было ни химической лаборатории, ни физиологического кабинета, ни даже анатомического театра. Все преподавание носило исключительно теоретический характер и ограничивалось почти во всех отраслях одними лекциями. Студенты того времени большей частью кое-как занимались учебными предметами, а остальное время посвящали разным развлечениям.

Когда в 1812 году последовало вторжение Наполеона в Россию и армия Макдональда угрожала Риге, многие из дерптских студентов, в том числе и Бэр, отправились, как истинные патриоты, на театр военных действий, в Ригу, где в русском гарнизоне и в городском населении свирепствовал тиф. Заболел тифом и Бэр, как большинство врачей и их помощников, и перенес болезнь благополучно лишь благодаря своим молодым силам. Научился он при этой своей медицинской практике немногому, так как в госпитале, переполненном больными, было мало средств лечения и еще меньше порядка и опытных врачей-руководителей, но зато он приобрел много жизненного опыта, стоя лицом к лицу с ужасами войны. К счастью, вскоре распространились вести об отступлении Наполеона, и армия Макдональда также удалилась от Риги после продолжительной безрезультатной бомбардировки. «Мы были рады, – пишет Бэр, – что мы более не нужны, и возвратились в начале января в Дерпт. Чтобы мы принесли много пользы государству – в этом я очень сомневаюсь».

В 1814 году Бэр – который, как мы видим, пробыл в Дерпте не год, а остался заканчивать курс – стал готовиться к окончательному экзамену и к диссертации на степень доктора медицины. Экзамен был выдержан, и вскоре представлена и защищена диссертация «Об эндемических болезнях в Эстляндии». Диплом был у Бэра в кармане, но все же он осознавал, что, несмотря на благополучное окончание курса, знаний практических у него нет и начинать деятельность врача при такой ничтожной подготовке было бы недобросовестно. Поэтому он просил своего отца отправить его для довершения медицинского образования за границу. Отец дал ему небольшую сумму, на которую, по расчетам Бэра, он мог прожить года полтора, и такую же сумму предоставил ему заимообразно его старший брат.