В качестве прозектора, то есть помощника профессора с правом читать собственные лекции, Бэр тотчас же открыл курс сравнительной анатомии беспозвоночных животных, носивший весьма практический характер, так как он состоял преимущественно из показывания и объяснения анатомических препаратов и рисунков. Курс этот благодаря богатству сведений, приобретенных Бэром у Деллингера, был настолько интересен, что сам Бурдах посещал эти лекции. Затем Бэру пришлось немало потрудиться над устройством нового анатомического кабинета, средства на который были выхлопотаны Бурдахом. В ноябре это учреждение было торжественно открыто, при этом Бурдах и Бэр произнесли речи. Бэр говорил о жизни и трудах Сваммердамма; эта речь вошла впоследствии в собрание речей и популярных статей Бэра, изданное в Петербурге.

С этих пор преподавательская и научная деятельность Бэра вошла в свою постоянную колею. Он руководил практическими занятиями студентов в анатомическом театре, читал курсы по анатомии человека и антропологии и находил время подготавливать и публиковать специальные самостоятельные работы. Тем не менее, хотя он теперь и чувствовал себя в своей сфере, но, естественно, стремился к изменению своего положения – к большей независимости. В 1819 году он получил приглашение перейти в Дерпт, но так как положение, которое ему там предлагали, было не совсем независимо от Цихориуса, то Бэр отклонил это предложение. Зато в том же году ему удалось получить повышение, оставаясь в Кенигсберге: его назначили экстраординарным профессором зоологии, с поручением приняться за устройство при университете зоологического музея. Вообще, 1819 год был многозначителен в жизни Бэра: в этом году он женился на одной из жительниц Кенигсберга, Августе фон Медем, и, таким образом, казалось, окончательно прикрепился к Кенигсбергу, тем более, что связи его с родиною, Эстляндией, постепенно ослабевали и порывались. Уже в 1820 году умерла его мать, а в 1825 году последовал за нею и отец.

В Кенигсберге Бэр сделался одним из видных и любимых членов интеллигентного общества – не только в кругу профессоров, но и во многих семействах, не имевших прямого отношения к университету. Достаточные средства к достижению научных целей, веселое и образованное общество, мирный, но живой характер жизни Кенигсберга, который был городом средней величины, но лежал на пути из Берлина в Петербург, так что через него часто проезжали выдающиеся артисты, – все это пришлось Бэру очень по душе, и он совершенно сроднился со своим новым отечеством, сделался даже, как он говорит, до известной степени прусским патриотом. Из официальных занятий он прежде всего отдался устройству зоологического музея, что доставило ему немало хлопот, так как экспонатов для такого музея только и было, что три старых чучела, из которых одно оказалось совершенно негодным. Пришлось публиковать в газетах о зарождении нового музея и просить лесничих и натуралистов-любителей доставлять в Кенигсберг всяких животных для основания национального музея. К чести пруссаков, они отозвались весьма энергично на призыв Бэра, и через несколько лет, благодаря кое-какой помощи также и с правительственной стороны, открылся небольшой публичный музей, вмещавший в себя главнейших представителей прусской фауны.

Несмотря на счастливый поворот научной карьеры в Кенигсберге и, казалось бы, вполне благоприятные условия общественной жизни в этом городе, Бэр, однако, в глубине души все еще не переставал думать о возращении на родину. Узнав, например, об освобождении кафедры анатомии в Вильне (в то время в Вильне был университет), он вступил в переписку с профессором Боянусом, которая, однако, осталась без результата; точно так же не оставлял он намерения переселиться в случае возможности в Дерпт. Со стремлением вернуться на родину были связаны и его планы естественноисторического путешествия на север России: он тогда уже мечтал об экспедиции на Новую Землю или к северным берегам Сибири. Все эти планы, однако, встретили такие неодолимые препятствия, что Бэру пришлось от них отказаться, тем более, что условия его деятельности в Кенигсберге складывались для него все благоприятнее. В 1826 году он был назначен ординарным профессором анатомии и директором анатомического института с освобождением от лежавших до сих пор на нем обязанностей прозектора. Получив таким образом обеспеченное положение и располагая большим чем прежде запасом свободного времени, он мог вполне отдаться самостоятельной кабинетной работе и мало-помалу совершенно забыл о своих планах командировок и путешествий.

В эту эпоху (1819–1830) Бэр широко развил свою научную деятельность. Помимо лекций по зоологии и анатомии, читавшихся им в университете, он написал целый ряд специальных работ по анатомии животных, сделал множество докладов в ученых обществах по естественной истории и антропологии, которою он уже в то время начал живо интересоваться, – а особенно увлекся он эмбриологическими исследованиями, которые наиболее прославили его имя. Еще в бытность в Вюрцбурге он интересовался, как мы видели, историей развития цыпленка, которую Деллингер поручил обработать Пандеру; здесь, в Кенигсберге, Бэр сам взялся за это дело, и ему блестяще удалось разъяснить разные эмбриологические вопросы, остававшиеся, несмотря на труды предшественников, всё еще весьма запутанными. От эмбриологии птиц Бэр перешел к истории развития других позвоночных, и тут ему посчастливилось сделать (1826 г.) блестящее открытие: он впервые нашел яйцо млекопитающих. Это открытие было им обнародовано в форме послания (De ovi mammalium et hominis genesi epistola) на имя С.-Петербургской академии наук, которая избрала его своим членом-корреспондентом. Более цельное и подробное сообщение о своих эмбриологических исследованиях он представил своему бывшему учителю Бурдаху для напечатания в виде эмбриологического отдела в издаваемом Бурдахом руководстве по физиологии. Но когда этот том вышел в свет, оказалось, что доставленный Бэром материал был без его ведома перетасован и отчасти даже изменен Бурдахом. Бэр остался этим недоволен, и у него вышло с Бурдахом даже некоторое столкновение. В результате Бэр решил издать свои исследования отдельно, и в 1828 году уже появился в печати первый том его знаменитой «Истории развития животных», посвященный им другу юности – Пандеру.

В это время Бэр пользовался уже повсеместно, и в Пруссии, и за границей, блестящей репутацией, и отношения его к коллегам, как и к правительству, были наилучшие. Товарищи уважали его как знаменитого ученого и любили как энергичного и приятного члена общества; министерство народного просвещения, во главе которого стоял Альтенштейн, вполне ценило его заслуги. Все более и более делался он настоящим прусским гражданином, все более привязывался к Кенигсбергу, где так счастливо пошла его научная карьера и где он основал свою семейную жизнь. Мечты о возвращении на родину были совсем уже оставлены, как вдруг им суждено было совершенно неожиданно оживиться. В 1827 году академик Триниус из Петербурга прислал Бэру письмо, в котором уведомлял его, что Пандер, сделавшийся несколько лет тому назад членом Петербургской академии наук, покидает академию и что место его предлагается Бэру. Письмо это сильно взволновало Бэра, и стремление возвратиться в Россию пробудилось в нем с новою силою, хотя он и отказался принять это приглашение, пока не будут изменены штаты академии, так как иначе ему пришлось бы жить в дорогом Петербурге на сумму, меньшую той, которую он получал в Кенигсберге. Как раз в то же время пришла к нему весть из Дерптского университета, где ему предлагали теперь кафедру физиологии и патологии. От этого предложения Бэр решительно отказался, так как он давно уже оставил медицину, посвятив себя исключительно анатомии и зоологии. В Дерпте, тем не менее, очень хотели завлечь его к себе и завязали с ним переговоры о кафедре анатомии, освободившейся за выходом Цихориуса в отставку; однако эти переговоры, вследствие нерешительности Бэра, не привели ни к чему. Тем временем пришло известие из Петербурга, что содержание академиков увеличено и что Бэр избран действительным членом академии. После некоторого колебания Бэр решился принять это избрание. Осенью 1828 года он посетил Берлин, где состоялся блестящий съезд немецких естествоиспытателей; здесь он демонстрировал некоторым ученым – Иоганнесу Мюллеру, Пуркинье и другим – открытое им яйцо млекопитающих. Возвратившись в Кенигсберг, он начал готовиться к отъезду в Петербург, но болезнь жены заставила его отсрочить это путешествие, и только осенью следующего (1829) года отправился он в Россию, и то один, оставив семью в Кенигсберге и не получив еще увольнения из прусской службы, а лишь продолжительный отпуск.