По возвращении в июне 1842 года в Куруман, Ливингстон еще не нашел там ожидавшихся распоряжений миссионерского общества относительно выбора миссионерского пункта. Но промедление не ослабляло его энергии. В письме к отцу в июле того же года он писал: «Несмотря на все наши несовершенства, Слово Божие здесь распространяется. Новые души приобретаются нами для Христа и часто такие, на обращение которых нельзя было надеяться. В последнем месяце двадцать четыре человека были присоединены к церкви, и еще много желающих присоединиться».

На возвратном пути из последней поездки в Куруман Ливингстон наметил в стране племени бакатла красивую долину Маботсе для будущей миссионерской станции. До февраля 1843 года он не мог выехать из Курумана вследствие брожения, происходившего среди населения посещенных им стран. Несмотря на угрожавшую опасность, Ливингстон поехал в страну бакатла, чтобы решить вопрос о возможности основания там станции. Страна оказалась плодородною и население ее – склонным к принятию христианства; вождь племени, спрошенный о согласии на учреждение христианской миссии, ответил, что для Ливингстона, если тот приедет с этой целью, он устроит праздник, созовет своих людей, чтобы они обработали ему дад, и даст ему сахарного тростника и проса больше, чем есть у него самого. Найдя в Курумане ожидавшееся им разрешение миссионерского общества, Ливингстон в августе того же года выехал с другим миссионером в Маботсе, которой достиг после сорока дней пути. В долине, окруженной горами, он купил землю у вождя племени и начал постройку станции. Он выстроил хижину в двадцать два аршина ширины и восемь аршин высоты, в которой должны были жить он сам, другой миссионер и Мебальве, туземец из Курумана, которого Ливингстон подготовил себе в помощники. Место для станции было выбрано не только ввиду красивого и здорового положения ее, но и как средоточие для миссионерской деятельности: невдалеке от нее находилось более десяти деревень, доступ в которые был нетруден. В Маботсе с Ливингстоном произошел случай, едва не стоивший ему жизни. На него напал лев во время облавы на этих животных, жестоко опустошавших окрестности Маботсе. Лев, который упал было от выстрела Ливингстона, неожиданно приподнялся и бросился на смельчака; он опрокинул Ливингстона и стал уже на него передними лапами, но Мебальве, тщетно старавшийся выстрелить в страшного зверя, привлек к себе его внимание, и лев оставил своего распростертого врага, чтобы обрушиться на его товарища; грозный хищник тяжело ранил последнего, которого в свою очередь спас дикарь, вылеченный Ливингстоном от смертельной болезни; едва ли, однако, дикарь справился бы при помощи одного копья с таким противником, если бы пули, выпущенные Ливингстоном ранее, не оказали своего действия и лев не упал мертвым. От нападения льва у Ливингстона оказалась сломанной левая рука и от его зубов – одиннадцать ран на той же руке. Несчастный миссионер мог спастись от этих повреждений только благодаря своему врачебному искусству, но от неправильно сросшегося перелома левая рука его оставалась ослабленной до конца жизни.

Мужество, выказываемое Ливингстоном при всякой опасности, и ласковое обращение с туземцами, к которым он всегда относился, как к детям, все более и более приобретали ему сочувствие окрестного темнокожего населения. Показывая дикарям пример христианской жизни своей неизменной кротостью и справедливостью, Ливингстон укреплял в них истины религии, дружески сближаясь со многими из них и поучая их на их родном языке. В то же время он изучал болезни, господствующие среди кафров, лечил их настолько удачно, что пациенты к нему приходили за двести верст, и занимался географическими и естественнонаучными исследованиями страны, избранной им для своего местопребывания. Присущее ему удивительное сочетание разнообразных нравственных и умственных интересов с замечательной подвижностью и впечатлительностью мысли лучше всего видно из его писем к родным из Маботсе. В одном из этих писем на первой странице он изливает все обилие христианской любви, которой полно его сердце, и с величайшей грустью рассказывает о смерти одного своего спутника, умершего от лихорадки, а на следующей странице чертит карту страны бакатла со всеми ее реками и горами и заканчивает письмо полушутливыми, получувствительными стихами. Сам постоянно нуждаясь в деньгах, которых ему отпускалось немного, к этому письму он прилагает вексель в десять фунтов стерлингов (85 руб.) для своих родных.

Летом 1844 года Ливингстон женился на Марии Моффат, старшей дочери своего друга, миссионера в Курумане. Он изменил прежнему намерению остаться одиноким ради лучшего успеха своего дела. Его жена, стоявшая близко к миссионерской деятельности как дочь миссионера и уроженка Африки, могла быть в высшей степени полезна мужу, оказывая влияние на женскую часть населения. Перед женитьбой Ливингстон выстроил для себя небольшой отдельный домик и после свадьбы поселился в нем с женой. Но ему не удалось наладить дело миссии в Маботсе. Кафры любили Ливингстона, но неохотно следовали стеснительным для них правилам христианского учения, и Ливингстон не мог добиться, чтобы их дети правильно посещали школу. К этим неудачам присоединились несогласия с другим миссионером, жившим в Маботсе. Ливингстон, не желая смущать своих темнокожих друзей раздором между христианскими священниками, решился оставить выстроенный им дом с разведенным при нем садом и удалиться из Маботсе. Он направился к Сечеле, начальнику племени баквена, с которым еще в прежние поездки в эту местность завязал дружественные отношения, и устроил новую станцию в Чонуане, в стране баквена, верстах в четырнадцати от Маботсе. Переселение истощило его средства настолько, что жена его стала видимо слабеть от недостатка питания; ему пришлось съездить в Куруман, чтобы приобрести необходимое денежное пособие. Впрочем, ему недолго удалось прожить в Чонуане. Се-еле выказывал полное расположение не только к самому проповеднику, но и к его учению и даже предлагал Ливингстону своей властью обратить в христианство всех подвластных ему кафров; однако страшная засуха вскоре заставила Сечеле и все его племя искать другого места для жительства. Ливингстон советовал поселиться на берегу невысыхающей реки и провести из нее воду для орошения окрестных полей. Его совет был принят, и племя баквена направилось к реке Колобенг, в двенадцати верстах от Чонуана. Тотчас же был вырыт канал, который оказался чрезвычайно полезным для переселенцев. Для миссии было отведено место на небольшом скалистом возвышении над Колобенгом, и новая станция стала называться именем этой реки. Ливингстону пришлось в третий раз строить себе жилище, что было для него особенно трудно с больной рукой. Жена его должна была готовить кушанье, шить платье, приготовлять мыло и свечи и в то же время ходить за двумя детьми. Здесь дело миссии шло успешнее: народ сходился на воскресные службы, посылал детей в школу, и Сечеле решился наконец отпустить своих жен, приняв крещение. Тем не менее это обращение было единственным; остальные баквена, несмотря на все расположение к Ливингстону, не хотели следовать примеру своего начальника. Быть может, обращение Сечеле имело бы другое действие, если бы баквена не постигло новое бедствие в виде такой сильной засухи, что Колобенг высох и дно его оказалось усеянным мертвой рыбой. Следующий год был таким же сухим, и просо засохло, не созревши. Кафрам, наряду со многими другими дикарями, свойственно поверье, что некоторые люди обладают волшебным искусством низводить дождь на землю. Это искусство приписывается, между прочим, вождям племени, и Сечеле прежде славился им. Теперь он уже не соглашался поддерживать репутацию колдуна, и баквена обвиняли в том Ливингстона. Они уверяли, что любят его так, как могут любить только человека, родившегося среди них, но в то же время упрашивали прекратить на некоторое время проповеди и молитвы, чтобы не мешать Сечеле низвести дождь.