Но конец процветанию романовского дома был положен в 1601 году. Расправа Бориса Годунова с ненавистной и казавшейся слишком опасной семьей отличалась редкой жестокостью. Александр Никитич, который в 1585-м году находился во дворце в день приема литовского посла, а уже в следующем году занимал должность наместника Каширского, в 1591-м участвовал в походе против крымского хана Казы-Гирея и в 1598-м удостоился боярского сана, потерял боярство, был сослан, по словам летописца, в Усолье-Луду и там удавлен. Чем дальше от Москвы это будет сделано, тем лучше!

Михаил Никитич, стольник в 1597-м, окольничий в 1598-м, оказался в Ныроле, где скончался от голода. Василий Никитич, стольник, отправлен в Яренск, оттуда в Пелым, где умер, прикованный к стене. Иван Никитич, по прозвищу Каша, тоже оказался в Пелыме, но сразу после смерти брата в 1602 году был переведен в Нижний Новгород и даже возвращен в Москву. В день коронации Лжедмитрия удостоился боярского сана, в 1606—1607-м «сидел воеводою» в Козельске и на берегах реки Вырки одержал победу над отрядом князя Массальского, выступавшего сторонником Тушинского вора. Ему довелось быть при возведении на престол племянника и играть при его дворе значительную роль. Его жизненная удача перекликалась с удачей Федора Никитича.

Расправа Бориса Годунова именно с ним была поначалу особенно жестокой: его насильно постригли в монахи под именем Филарета и сослали в Антониев Сийский монастырь Архангельского уезда.

Родились молодые Романовы на Варварке, но вернуться туда вместе с родителями уже не смогли. Черная ряса положила вечный предел между ними. К тому же Филарет не отказался от дворцовых интриг. Лжедмитрий делает его митрополитом Ростовским и Ярославским. Но вскоре при взятии Ростова митрополит Филарет попадает в плен к отрядам Тушинского вора, который, в свою очередь, предлагает былому претенденту на престол сан патриарха, на что Филарет дает согласие.

Патриарх Московский и Всея Руси Филарет (Романов).

Вернуться в Москву Филарету удается только после развала Тушинского лагеря. Он участвует в свержении царя Василия Шуйского и поддерживает брата Ивана Никитича, вошедшего в состав Семибоярщины. Решение последней пригласить на русский престол польского королевича Владислава, сына правящего польского короля, поддерживали оба брата. Соответствующий договор был заключен с гетманом Жолкевским. Филарет возглавил «великое посольство» в Польшу, которому предстояло уладить все формальности. За все это бурное время заниматься московским двором, как и вотчинами, патриарх Филарет не мог. На Варварке оставалась Великая старица с сыном Михаилом.

Московское посольство приехало в Смоленск, где в то время находился король Сигизмунд. Однако добиться согласия с ним не удалось. Более того, послы были арестованы и отправлены в качестве заложников в Польшу. В Варшаве патриарху предстояло прожить до 1619 года, когда царем Михаилом Федоровичем было подписано Деулинское соглашение и прекращена многолетняя война. Филарет теперь становится законным патриархом.

Властный, «нравный», не терпящий никаких возражений, Филарет в действительности присвоил себе царское положение. Государственные бумаги подписывались двумя «государями» – Филаретом и Михаилом. Михаил Федорович, год от года взрослея, все равно не обретал нужной силы воли, чтобы противостоять отцу. Не меньшее влияние на него имела и Великая старица. Несостоявшаяся семейная жизнь угнетала обоих родителей, но они не могли и не хотели преступать правила монашеских условностей, виделись редко, только на людях.

Но вот когда 26 января 1631 года скончалась Великая старица, Филарет не захотел, чтобы их родовое гнездо заняли другие, пусть даже родственные люди. Постановлением патриарха на «государевом дворе» был основан Знаменский монастырь. Сам Филарет пережил жену всего на два с половиной года.

Хотя после вступления Михаила Федоровича на престол двор на Варварке был «поправлен», настоящего ремонта в нем не производилось. К тому же в 1626 году пожар, вспыхнувший 3 мая, опустошил всю улицу, а вместе с ней и Старый государев двор, как его станут называть. Это обстоятельство позволило расширить Варварку, но главная каменная палата на углу Псковского переулка была оставлена нетронутой. Из населения здесь упоминаются только Знаменской церкви протопоп Иаков с двумя священниками и другими лицами церковного клира. В год основания монастыря царской грамотой он был наделен родовыми населенными имениями, принадлежавшими Великой старице.

Приведенный в порядок монастырь вновь сильно пострадал во время пожара 1668 года. Согласно обращению к царю игумена Арсения, «бьют челом богомольцы твои Знаменского монастыря, что на вашем государевом старом дворе твое царское богомолие – монастырь выгорел со всеми монастырскими службами и с запасьем, на церквах кровли обгорели и ваше государское стариннное строение – палаты – убогим, ныне построить нечем; место скудное; погибаем вконец».

Варварка в XIX в.

Между тем в выходах государей в XVII столетии постоянно упоминается, что царь с боярами и патриарх «со властьми» бывали в монастыре на празднике у малой вечерни, всенощной и обедни. Перед праздником на Сытном дворе наливалась в монастырь «лампада воску». От монастыря в этот день подносились иконы Знамения Богородицы со святой водой в «вощанках» (вощеная ткань или бумага), всем членам царской фамилии, патриархам и именитым боярам. Восстановление Знаменского монастыря происходит уже после смерти царя Алексея Михайловича. Просьба к нему монашествующих осталась без ответа. Судьбой обители начинают заниматься царь Федор Алексеевич и Милославские – его родственники по матери. Ансамбль монастырских построек в дошедшем до нас виде относится именно к этому периоду – 1670– 1680-е годы.

Старый государев двор. Палаты VI–VII вв. Фото сер. XX в.

Здесь стоит вспомнить, что расположенный на вершине холма, Старый государев двор первоначально скорее всего составлял одно из звеньев обороны Великого посада – будущего Китай-города. С развитием Китай-города он оказался в центре так называемого Варварского крестца – перекрестка, определяя собой все построение улицы. В начале XVII века он имел три каменных строения, причем две палаты «на нижних погребах» и одну – выходившую непосредственно на Варварку – «на верхних погребах», а также домовую церковь Знамения. В 1670—1680-х годах на территории Старого государева двора возводится огромное здание Знаменского собора, Игуменские и Братские кельи, каменная ограда со Святыми воротами, перестраивается каменная палата «на верхних погребах» – жилой дом Романовых.

Строят Знаменский собор в 1679—1684-х годах костромские мастера под руководством Федора Григорьева и Григория Анисимова по договору за 850 рублей, пожалованных боярином И.М. Милославским. В первом этаже находилась теплая церковь Афанасия Афонского, обширная одностолпная монастырская трапезная с Хлебодарной и Кладовой палатами. На втором этаже располагалась холодная церковь Знамения и ризничная палата. Церковь окружали большие двухъярусные галереи с выступающими далеко вперед нарядными крыльцами. К юго-западному углу галерей примыкала высокая шатровая колокольня (разобрана в конце XVIII века из-за большой осадки фундамента).

Как и все церковные постройки Москвы XVII века, собор поставлен на высоком подклете, а из-за слабости грунта под него забито 2486 дубовых свай.

Очень важное значение для монастыря имели Казенные кельи. В них жили должностные лица, которые вели монастырское хозяйство, хранилась денежная казна и документы – царские и патриаршии грамоты, купчие крепости, завещания. Известно, что царь Михаил Федорович подарил монастырю несколько вотчин в Московском и Бежецком уездах: села Яганова, Хоботское, пустоши Куминку, Царицын Луг. По Переписной книге 1678 года Знаменскому монастырю принадлежало 299 крестьянских дворов.