Все это подтачивает его здоровье, как и смерть одного за другим родных. 5 августа 1861 года он делится с все тем же М. Ф. Раевским своим горем: “Родные мои сестры не выходят из траурных одежд. Три года сряду смерти: 1859 г. — отец, 1860 г. — брат, 1861 г. — сестра! Маменька очень ослабела... Тяжело, болезнь и кончина сестры помешали мне объявить о моей газете, и хоть я не оставляю такого намерения, но трудно, признаюсь, мне теперь отдаваться газете, когда на руках моих вся семья, и все женщины!”.

Но уже через месяц его письма полны заботой о самом главном деле: “Пусть каждый славянин пишет, что имеет сказать в пользу своей народности”. Иван Сергеевич помышляет о развитии славянского экономического учения, он сближается с группой промышленников, в которую входили И. Ф. и Н. Ф. Мамонтовы, А. В. Третьяков, В. А. Конорев, К. Т. Солдатенков, И. В. Щукин. Он  горячо интересуется самобытными сторонами промышлен­ности и сельского хозяйства в славянских странах.

“Положение...” от 19 февраля 1861 года его глубоко разочаровало. Он видел в его половинчатости плевелы будущих бед России. Он замышляет газету, которая помогла бы читателям ориентироваться в происходящих событиях. Он называет ее “День”. Разрешая издание газеты, московский цензурный комитет оговаривал: “Главное управление цензуры разрешило дозволить г. Аксакову издавать означенную газету без политического отдела, чтобы московскому цензурному комитету иметь особенное, в цензурном отношении, наблюдение за этим изданием”. В результате этого “особенного” отношения издание газеты то и дело приостанавливалось, в конце концов в 1868 году она вынуждена была прекратить свое существование. Надо сказать, что издание “Дня” с самого начала представляло собой акт отчаяния. И. С. Аксаков издавал “День” на свои небольшие средства, типографии своей не было, выход газеты зависел от многих случайных причин. Была вынуждена прекратить существование, и по тем же причинам, газета “Москва”, которую он редактировал в 1867—1868 годах: “...г. Аксаков, как видно из всей его литературной деятельности, отличается деспотическим упорством в своих мнениях и своей нескрываемой ненавистью к админист­рации, которую он старается унизить в глазах общества всякий раз, как распоряжения ее не согласуются с его личными и односторонними воззре­ниями”.

Особое место в биографии И. С. Аксакова занимает его деятельность как основателя, идейного вождя и руководителя Московского славянского благотворительного комитета, во главе которого он стоял более 30 лет. Под его руководством комитет играл ведущую роль в организации и координации других славянских комитетов страны. И. С. Аксаков чувствует себя счастливым, когда в июне 1867 года ему удается собрать в Москве всеславянский съезд. Во время торжественного приема в честь дорогих гостей он поднял чашу за братство между всеми славянами: “Отныне его братство призвано стать не отвлеченною только, абстрактною, как говорят немцы, идеею, не платоническим только бесплодным чувством, а действительным, деятельным, животворящим фактом. Братство! Братья! Как много сказано этими словами. Невольно повторишь слова Хомякова:

О, вспомнишь ли, что это слово “братья”

Всех слов земных дороже и святей?!

Я прибавлю: оно не только святей, но и сильней. О каком братстве говорим? О братстве полсвета!.. Славянское братство не умещается в рамки географических и политических отношений... Но что такое братство? Братство значит любовь и равенство... В братстве нет ни низших, ни высших; братья — это значит все равны. Кто из них лучше и сильнее, на том лежит и больше ответственности. От того, кто много имеет, больше и требуется. Обязанность сильного — помогать слабому. На России лежит великая обязанность. Россия должна осуществить на земле славянское братство и призвать всех братьев к свободе и жизни. Будем же блюсти это наше братство, как наше величайшее богатство, как наше драгоценное сокровище, как завет истории! ... Мы все здесь — рабочие одного общего дела. Дело это — осуществление славянского братства...”.

И. С. Аксаков принимает активное участие в оказании помощи Сербии и Черногории в их освободительной борьбе против Турции. Он помогает переправить через границу генерала М. Г. Черняева, который должен был возглавить сербскую армию и отряды русских добровольцев, организует заем сербскому правительству и сбор средств на нужды борющегося сербского народа. За четыре месяца Московскому комитету удалось собрать около 600 тысяч рублей. И. С. Аксаков писал: “Две трети пожертвований внес наш бедный, обремененный нуждою, простой народ... Пожертвования по общественной лестнице шли в обратной прогрессии: чем выше, чем богаче, тем относительно слабее и скуднее. Наши денежные знаменитости не участвовали вовсе, а если и участвовали, то в самом ничтожном размере во всероссийской народной складчине”.

Главные силы И. С. Аксакова были сосредоточены на вербовке добровольцев. Вот когда пригодились навыки, приобретенные им в бытность квартирмейстером и казначеем Серпуховской дружины. Добровольческое движение начало носить всенародный характер, но С. А. Никитин в книге “Славянские комитеты в России...” был, вероятно, прав, когда писал: “Аксаков и славянские комитеты, посылая добровольцев в Сербию, боролись не столько с турками, сколько с русским правительством... Они хотели этим самым вынудить правительство к объявлению войны...” Что в конце концов и случилось: Россия заступилась за славянские страны.

Во время русско-турецкой войны 1877—1878 годов И. С. Аксаков проводит огромную работу по помощи болгарским дружинам. Один из совре­мен­ников рассказывал: “Мне случилось быть на одном приеме у И. С. Акса­кова. Помню, что голова закружилась от этой массы людей всякого звания, как поток, нахлынувшей в его приемную, и как сердце усиленно билось и умилялось от бесчисленных проявлений народного энтузиазма. Как вчера помню этих старушек и стариков, на вид убогих, приносивших свои лепты для славянских братий, в каком-то почти религиозном настроении, и в этой толпе заметил одну старушку, долго разворачивавшую грязненький платок, чтобы достать из него билет в 10 тысяч рублей”.

Пригодились и его связи с купечеством. Оружие, покупаемое в Германии, бесплатно провозилось в Одессу по железной дороге, где его грузили на пароходы. Все больше говорили, что освободительное движение славян получило в лице И. С. Аксакова своего Минина. Болгары называли своих ополченцев “детьми Аксакова”, через Аксакова они получили, в частности, 20 тысяч винтовок, 12 крупповских пушек, даже военная форма ополченцев, так называемая “пехотная болгарка”, была придумана им.

Зимой 1878 года русская армия, сломив сопротивление турецких войск, стала продвигаться к Константинополю, и 19 февраля в Сан-Стефано был подписан предварительный мирный договор. Согласно ему Болгария превращалось в самостоятельное княжество, Турция признавала независимость Сербии и Черногории. Но под давлением Англии и Австро-Венгрии русское правительство на Берлинском конгрессе согласилось на передачу Южной Болгарии под власть Турции. И. С. Аксаков рассматривал это решение как предательство. 22 июня 1878 года он выступил с необычайно резкой речью на собрании Московского славянского комитета, который к тому времени уже был подчинен контролю министерства внутренних дел, в расчете, что его речь будет опубликована за границей, а в России будет известна “высшим мира сего, а мне только этого и нужно”. Речь И. С. Аксакова произвела большое впечатление. Как писал А. Никольский в “Историческом вестнике”, “хотя Славянское общество было тотчас закрыто, и сам И. С. Аксаков был выслан из Москвы в деревню, но Берлинский трактат был принят Россией не в той оценке, какую дали ему наши дипломаты, а в той, какую дало ему патриотическое проклятье Аксакова...”. Особый резонанс эта речь получила в славянских странах, особенно в Болгарии. Была даже выдвинута идея предложить Аксакову болгарский трон.

Вынужденное молчание И. С. Аксакова дорого обошлось России: как свидетельствовало “Новое время”, “после прекрасной речи о Берлинском трактате Аксаков должен был замолчать, а бывшие министры внутренних дел преследовали всякое проявление русской мысли. В эти десять лет молчания в русском обществе народились самые вздорные идеи нигилизма... Деятели в это время были люди, которым русская мысль, русское чувство были непонятны, хотя и носили некоторые славные русские фамилии, но в душе не принадлежали ни к какой национальности. Пошлость и умственная ничтожность этих людей были ясны для Аксакова, он указывал на трагические ее последствия. Предостерегал...”.