Наряду с положением уделов и церкви насущным вопросом политической жизни страны была организация управления. В условиях централизации территориальный принцип, по которому прежде строился правительственный аппарат, был недостаточно пригоден.
Зародышем новых органов управления страной, отвечавшего интересам широких кругов дворянства, была государева казна с ее штатом дьяков, распределение дел между которыми происходило по функциональному признаку. Казна была центральным финансовым ведомством, государственным архивом, занималась организацией дипломатической службы, вооруженных сил и обеспечением землей дворян-помещиков. Во главе казны стоял казначей, назначаемый из лиц, близких великим князьям, хорошо знавших финансовые вопросы и вопросы внешнеполитических сношений. Помощником казначея был печатник, ведавший государевой печатью, которой скреплялись важнейшие документы. Текущую работу вели дьяки, под руководством которых начали формироваться будущие приказы.
Значение этого процесса нельзя преувеличивать. Складывание приказной системы относится к более позднему времени. В первой половине XVI в. дьяки еще входили в состав казны и двора. Отдельные отрасли казенного управления еще не обособились и не сформировался определенный штат для исполнения каждой из них. Задача формирования центрального аппарата власти до середины XVI в. в полной мере осуществлена не была.
Великокняжескую власть в городе как центре основной территориально-административной единицы страны уезда, а также в волости — полусамостоятельной единице внутри уезда — представляли наместники и волостели, осуществлявшие основные функции местного управления. Им, как правило, было подведомственно население в области суда, включая дела о разбое и убийстве. Наместники часто ведали сбором таможенных, проездных (мыто) и некоторых других пошлин. Наместник с его штатом тиунов и доводчиков (слуг и судебных исполнителей) обеспечивался за счет «корма», собиравшегося с местного населения (по приезде в город или волость — «въезжий» корм, а также корм на три праздника — рождество, пасху и Петров день) и за счет судебных пошлин, сбора с торговых мест и других пошлин. Размер наместничьего корма фиксировался в доходных списках.
Если в период образования единого Русского государства появление наместничьей администрации представляло собою крупный шаг по пути подчинения бывших удельно-княжеских территорий центральной власти, то к середине XVI в. институт наместников уже изжил себя и не соответствовал новым задачам укрепления власти на местах.
Система бесконтрольного хозяйничанья на местах ложилась тяжелым бременем на крестьянство и посадский люд. Она не давала возможности сосредоточить финансы в центральном ведомстве — казне и мешала укреплению государственного аппарата.
В первой половине XVI в. принимались меры к ограничению власти наместников. Постепенно утверждается правило их погодной смены. Из юрисдикции наместников изымалось население монастырских и светских вотчин — «оприч душегубства (убийства) и розбоя с поличным». Для решения совместных тяжб подданных великого и удельных князей великий князь часто назначал собственных представителей, тем самым сужая компетенцию суда наместника. Судом по делам, касающимся непосредственно светских и духовных феодалов, ведал теперь сам великий князь или «боярин введенный» (часто дворецкий). Суд наместника в черносошных волостях и на посадах ограничивался обязательным участием в судопроизводстве старост и «лучших людей» из числа местных жителей.
Ограничение власти наместников происходило одновременно с увеличением политического влияния дворянства на местах и с усилением централизации местного управления. Появились так называемые городовые приказчики, вербовавшиеся из состава провинциальных дворян. В их руки перешла часть прерогатив наместников, они осуществляли административно-финансовую власть на местах и прежде всего в городах как административных центрах уездов. Городовым приказчикам было подведомственно «городовое дело» во всех его видах, «ямчужное дело» (варка пороха), они наблюдали за набором временно используемых на подсобных работах вспомогательных сил — «посошных людей», набиравшихся по разверстке с сох (окладных поземельных единиц). В их ведении находилась организация материального обеспечения обороны городов. Расширение функций городовых приказчиков свидетельствовало о постепенном складывании элементов сословного представительства в местном управлении.
Основу войска в середине XVI в. составляла дворянская конница. Впрочем, дворянской она может быть названа условно. Бояре и дети боярские (дворяне) были обязаны приводить с собою хорошо вооруженных конных воинов из числа своих военных холопов, которые и составляли массу дворянского войска. Свои отряды были у крупнейших феодалов, особенно у удельных княжат. Лук, стрелы, копья, кольчуги, щиты и шлемы издавна были вооружением конницы. Войску была придана артиллерия (наряд), роль которой постепенно увеличивалась. В качестве вспомогательных сил для транспортировки артиллерии и т. д. использовались так называемые посошные люди. Большая часть полков создавалась на время походов, а после их окончания распускалась по домам, границы страны оставались незащищенными.
Соседями России были государства, обладавшие более боеспособным войском. XVI век был временем, когда в Европе получило широкое распространение огнестрельное оружие, которое произвело переворот в организации вооруженных сил и привело к созданию регулярного войска. В Великом княжестве Литовском перешли к использованию профессионального войска наемников, способного легко использовать новейшие средства вооружения. Спешили изменить систему вооружения и в Швеции. Эти преимущества, впрочем, не помогли соседним государствам в борьбе за неправое дело, как например, Великому княжеству Литовскому в стремлении удержать древнерусское наследство, равно как маневренность и мобильность конницы не предотвратила потери государственности Казанским и Астраханским ханствами.
В России процесс создания регулярного войска происходил медленно. В первой половине XVI в. появляются сначала в городах в качестве гарнизонов так называемые пищальники, вооруженные огнестрельным оружием — пищалями. Пищальники, набиравшиеся из среды городского населения, были ядром регулярного войска. В зависимости от важности похода войско делилось на три или пять полков (сторожевой, передовой, правой и левой руки, ертаульный). Во главе их находились военачальники из феодальной знати. Система местничества, определявшая положение и взаимоотношения воевод соответственно их знатности и предшествующей службе, препятствовала выдвижению талантливых полководцев на важнейшие командные должности, зачастую сводила на нет ратные подвиги войска. Трудно мобилизуемое, малоподвижное, плохо приспособленное к решению задач обороны и наступления войско не удовлетворяло потребности государства. Система вознаграждения землей за участие в боевых действиях не устраивала самих воинов. Итак, реорганизация войска дополняла тот перечень неотложных дел, которые стояли перед правительством.