Первый период правления Шуйских оказался кратковременным. Отход части сторонников Шуйского и митрополита Иоасафа на сторону Бельских привел к победе последних в конце 1540 г. Из заточения были выпущены И. Ф. Бельский, князь Владимир Старицкий и сын Андрея Углицкого Дмитрий. И. Ф. Бельский стал крупнейшим военачальником и организатором дипломатической службы. В 1541 г. на берегах Оки ему удалось отразить поход крымского хана Сагиб-Гирея, поддержанного османским войском и артиллерией.

В 1540–1541 гг. правительство Бельских снова (хотя и непоследовательно) взяло курс на осуществление централизаторских мероприятий, отвечавших интересам дворянства. Продолжилось осуществление губной реформы. Политика правительства Вельских вызвала недовольство княжеской оппозиции. Был составлен заговор, возглавлявшийся князьями Шуйскими. В него вошли видные представители московского боярства и «новогородцы Великого Новагорода все городом». Князь И. В. Шуйский «многих детей боярьскых к целованию привел, что быти в их совете».

В начале 1542 г. сравнительно легко был совершен государственный переворот. Власть вторично перешла в руки Шуйских, ориентировавшихся на союз с влиятельными церковными землевладельцами. Внутренняя политика правительства, по наблюдениям С. М. Каштанова, резко изменяется именно с 1542 г. Крупные духовные феодалы получают самые щедрые льготы — освобождение от уплаты ямских денег, выполнения посошной службы и т. д. Это противоречило политической линии, проводившейся ранее. Приостанавливается строительство городов. С 1543 по 1549 г. прекращается выдача губных и даже наместничьих грамот, ограничивавших права и привилегии наместников и волостелей.

Время второго правления Шуйских, знаменовавшее высшую степень боярской реакции, тяжело отразилось на положении народных масс. Согласно выводу А. Г. Манькова, именно к началу 40-х годов XVI в. относится резкий подъем хлебных цен. Ареной ожесточенной классовой борьбы стали и русские города. Горожане стремились освободиться от гнета феодалов и открыть широкую дорогу дальнейшему развитию ремесел и торговли. Происходивший на посадах рост имущественного неравенства неизбежно приводил к столкновениям между выделявшейся из общей массы посадского населения эксплуататорской группой торговцев и ростовщиков и беднотой.

Особенно острым было положение в Пскове, осложнявшееся частыми недородами, пожарами и другими стихийными бедствиями. Наместники, которые, по словам летописца, были «сверепи, аки лвове, а людие его, аки зверие, дивии до крестьян», нещадно эксплуатировали население. Зимой 1540 г. правительство вынуждено было сменить одного из наиболее ненавистных Пскову наместников — Андрея Шуйского и выдать псковичам грамоту «судити и пытати и казнити… разбойников». Аналогичные губные грамоты были выданы другим городам. На время произвол наместников был ограничен. Однако вскоре они возобновили беззастенчивый грабеж населения. Новое движение в Пскове в 1544 г. развертывалось в обстановке хлебного недорода, бедствия горожан усугублялись частыми в том году пожарами. Движение приняло, очевидно, широкие размеры, если летописец называет его «великим».

Усиливается антифеодальная борьба и в другом крупнейшем городе — Великом Новгороде. Еще в конце 1543 г. в грамоте, адресованной новгородским губным старостам, назывались нередкие случаи «душегубных дел» и «грабежей» в Новгородской земле. В 1545 г. на Новгород возложили тяжкую повинность. Нужно было выставить «с дворов» 2 тыс. вооруженных пищальников. Между зажиточными кругами Новгорода и массой посадского населения, на которую падала основная тяжесть разверстки, обострились отношения.

Городское население вовлекалось и в распри отдельных боярских и княжеских группировок. Какие-то волнения городских людей сопровождали в 1537 г. арест князя Андрея Старицкого.

Одновременно с выступлением новгородцев в январе 1542 г. в поддержку Шуйских был «мятеж» и в Москве, приведший «в страхованье» (в ужас) великого князя.

«Страхованье» вызывали и бояре, в 1543 г. ополчившиеся на его любимца Ф. С. Воронцова за то, что его «великий государь жалует и бережет». Вмешательство Макария и бояр Морозовых спасло Воронцова, отделавшегося недолгой ссылкой в Кострому. Наконец, Иван не выдержал… 29 декабря 1543 г. великий князь велел «поимати первосоветника» Андрея Шуйского, который был убит псарями. «И от тех мест начали боляре от государя страх имети».

Однако до конца боярского правления было еще далеко. После падения Шуйских у власти утвердилась группа старомосковского боярства во главе с И. И. Кубенским, Ф. С. Воронцовым, А. Б. Горбатым, М. М. Курбским. Правительство Воронцова предпринимало усилия для ликвидации привилегий крупных феодалов, в первую очередь церковных, и укрепления союза великокняжеской власти с дворянством и городами. Усиление государственной власти при Воронцовых позволило возобновить активную внешнюю политику на востоке. Однако после первых же внешнеполитических неудач правительство Воронцовых пало.

Последними временщиками в малолетство Ивана IV были его родственники, пришедшие к власти летом 1546 г., - бабка княгиня Анна Глинская и дядья М. В. и Ю. В. Глинские, стремившиеся использовать великого князя для укрепления своих позиций. Воспользовавшись близостью к трону, Михаил Васильевич стал боярином, а его брат Юрий к тому же еще и кравчим. Ради дальнейшего упрочения своего положения они готовы были поддержать Ивана IV и организовать его венчание на царство.

Поспешила добиться новых выгод и церковь во главе с митрополитом Макарием, вторым организатором венчания Ивана на царство. В феврале 1547 г. был собран собор, который пополнил список святых для общерусского церковного почитания за счет местных «святых». Их отбор был произведен в соответствии с основными идеолог гическими стремлениями воинствующих церковников — иосифлян. Из 23 «святых» большую группу составляли новгородские церковные и политические деятели, в их числе архиепископы Иоанн, Иона и Евфимий, Михаил Клопский, Савватий и Зосима Соловецкие, Александр Свирский и, наконец, Александр Невский. Московский митрополит Иона попал в «святые» за заслуги в отстаивании независимости русской церкви. Ученик Сергия Радонежского — Никон, Пафнутий Боровский и Макарий Калязинский принадлежали к числу наиболее почитаемых иосифлянским духовенством церковных деятелей. Внешнеполитическое значение имела канонизация и некоторых других «святых», в том числе Александра Невского, культ которого должен был идеологически способствовать делу защиты русских земель.

Увеличение количества святых сулило принести церкви новые доходы, а превращение корпуса святых в общерусский пантеон утверждало всемогущество церкви на всей территории государства. Канонизация местных святых должна была поднять авторитет русской церкви и за пределами государства, особенно в то время, когда константинопольская патриархия утратила свое влияние.

Иосифлянской доктрине был придан официальный характер (в чин венчания было внесено несколько отрывков из сочинений Иосифа Волоцкого), а церковь становилась посредником между богом и царем: недаром свой венец Иван принял из рук митрополита.

На первых порах после венчания Иван оставался игрушкой в руках бояр, княжат и церковных иерархов. Он был занят собственными делами — поездками по монастырям и святым местам, торжественным празднованием свадьбы с Анастасией Романовой. Окончания «безгосударства» и своеволия бояр не было видно.