Якуб-бек не рискнул начать войну с Россией, и в 1872 г. вступил в переговоры с Кауфманом и даже заключил с ним взаимовыгодный торговый договор.

Оккупационные военные власти пытались придать русскому господству в крае постоянный характер, но получили указание из Петербурга «избегать всяких мер, клонящихся к упрочению нашего владычества в Илийском крае».

В начале 1870-х годов маньчжурские (китайские) войска начали наступление на владения Якуб-бека. Однако продвигались они очень медленно. В 1877 г. Якуб-бек умер, в войсках начался разброд, и уже в следующем, 1878 г. маньчжуры окончательно захватили Кашгарию. Во многих местностях маньчжурские войска поголовно истребляли восставших жителей, обращая страну в пустыню, что вызвало протесты туркестанского генерал-губернатора Кауфмана, опасавшегося, что в результате такой резни пострадает в будущем русская торговля в Западном Крае. Свыше четырех тысяч дунган, спасаясь от истребления, в жестокие январские морозы 1878 г. бежали через горные проходы в русские пределы вместе со своим предводителем Биян-ху.

Теперь Россия должна была выполнить свое обещание и вернуть Китаю Илийский край. Для переговоров по этому вопросу в Петербург прибыл китайский посол — сановник Чун Хоу. Многие русские администраторы советовали правительству оставить Илийский край за Россией, тем более что тамошнее местное население, состоявшее из различных народностей, и в особенности уйгуры, в подавляющем большинстве с ужасом ожидали возвращения властей и войск маньчжурского правительства. Опасаясь всеобщей резни и полного физического истребления, население края умоляло русские войска не покидать его.

В сентябре 1879 г. Чун Хоу отправился в Ливадию, где отдыхал Александр II с княгиней Юрьевской. Там 20 сентября Чун Хоу и Н. К. Гирс подписали так называемый Ливадийский договор. Договор предусматривал передачу России небольшого западного участка Илийской долины, долины реки Текеса и Музартского прохода через Тянь-Шань. Город Кульджа с окрестностями возвращался Китаю. За расходы по оккупации и управлению Илийским краем Китай должен был выплатить России 5 млн. рублей. Договор предоставлял русским подданным право беспошлинной торговли в Монголии и застенном Западном Китае, разрешал отправку караванов не только через Калган на Тянь-цзинь, но, кроме того, через Цзяюй-Гуань (Сучжоу) на Ханькоу, предоставлял право вести торговлю в нескольких городах Китая, указанных в договоре. В городах Западного Китая и в Монголии учреждалось 7 новых русских консульств.

Однако Ливадийский договор не получил в Пекине одобрения. Недовольство китайского правительства было вызвано главным образом содержавшимися в договоре постановлениями об изменении границы в долине реки Текес. Китайское правительство отказалось ратифицировать Ливадийский договор. Дипломат Чун Хоу был присужден к смертной казни посредством отсечения головы. Командующий войсками в Западном Китае Цзо Цзун-тан призывал к войне с Россией. Под началом у Цзун-тана было 70 тысяч солдат, он предлагал собрать еще 200 тысяч и начать вторжение в Россию.

В ответ русское правительство увеличило сухопутные силы у западных границ Китая, а в Печилийский залив (ныне залив Бохайвань) была введена эскадра вице-адмирала С.С. Лесовского. В составе эскадры были новейшие броненосные фрегаты «Минин» и «Князь Пожарский», крейсеры «Европа», «Азия» и «Африка» и клиперы «Джигит», «Наездник», «Стрелок», «Пластун», «Крейсер», «Разбойник», «Забияка» и «Абрек».

Принятые меры несколько отрезвили горячие головы в Пекине. Чун Хоу был прощен, а в Петербург был отправлен новый посланник маркиз Цзен Цзи-цзе. 24 февраля 1881 г. между Россией и Китаем в Петербурге был подписан взамен Ливадийского новый договор. Русские власти отказывались от приобретений в долине Текеса и Сузартского перевала. За Россией остался западный клочок Илийской долины «для поселения в оной тех жителей этого края, которые примут российское подданство», иначе говоря, не пожелают жить под владычеством Цинской династии. Кроме того, для русских караванов по Петербургскому договору был сохранен лишь один путь, а именно через Калган и Тун-Чжоу в Тяньцзинь, а не два пути, как это предусматривалось Ливадийским договором. Русским подданным предоставлялось право отправляться для торговых дел в Сучжоу, но далее этого пункта русские караваны не имели права проходить. В этом состояло одно из отличий Петербургского договора от постановлений Ливадийского, согласно которому русским купцам разрешалось направлять караваны вплоть до Ханькоу. По новому договору сохранялась выговоренная Россией по Ливадийскому договору амнистия для участников восстания. Тем не менее, большая часть дунган и свыше 80 процентов уйгур при передаче Кульджи Китаю, опасаясь расправы, переселилась в русское Семиречье, где русские власти наделили их землей.

В отличие от Ливадийского договора, по Петербургскому договору китайцам пришлось «за издержки» выплатить не 5, а 9 млн. рублей. Как видим, эскадра Лесовского не даром коптила небо.

На том конфликт в Восточном Туркестане был исчерпан.

Как уже говорилось, Нерчинский трактат оставил неразграниченными значительные участки русско-китайской границы. В бурный период правления Софьи, а затем в еще более бурное время Петра Великого России было не до Китая. Лишь в 1725 г. туда отправился чрезвычайный посол граф Савва Рагузинский. Основной его задачей ставилось уточнение границ, защита русских купцов и выдача перебежчиков. В помощь послу была дана группа геодезистов.

По прибытии в Иркутск Рагузинский обнаружил полнейшую неразбериху. В мае 1726 г. он докладывал в Петербург: «По прибытии в Тобольск трудился я сколько мог в тамошней канцелярии для приискания ведомостей о беглецах, о границах и о прочем и что мог собрать, то взял с собою, хотя ничего в подлинном совершенстве получить не мог за худым управлением прежних губернаторов и комендантов и за таким дальним расстоянием мест и разности народов. Приехавши в Иркутск, получил я письма от агента Ланга из Селенгинска и при них ландкарту некоторой части пограничных земель. Эту ландкарту я осмотрел подробно и увидал, что из нее мало пользы будет, потому что в ней, кроме реки Аргуна, ничего не означено, а разграничивать нужно в немалых тысячах верст по обе стороны… Увиделся я здесь с четырьмя геодезистами, которые посланы для сочинения ландкарт сибирским провинциям, и отправил двоих из них для описания тех земель, рек и гор, которые начинаются от реки Горбицы до Каменных гор и от Каменных гор до реки Уди, потому что… все это осталось неразграниченным. Других же двоих геодезистов отправил я вверх по Иркуту-реке, которая из степей монгольских течет под этот город, и оттуда велел им исследовать пограничные места до реки Енисея, где Саянский камень, и до реки Абакана, которая близ пограничного города Кузнецка; также велено им ехать по Енисею-реке за Саянский камень до вершин… Все пограничные крепости — Нерчинск, Иркутск, Удинск, Селенгинск — находятся в самом плохом состоянии, все строение деревянное и от ветхости развалилось, надобно их хотя палисадами укрепить для всякого случая… И китайцы — люди неслуживые, только многолюдством и богатством горды, и не думаю, чтоб имели намерение с вашим величеством воевать, однако рассуждают, что Россия имеет необходимую нужду в их торговле, для получения которой сделает все по их желанию».

В августе 1726 г. с речки Буры Рагузинский писал: «Сибирская провинция, сколько я мог видеть и слышать, не губерния, но империя, всякими обильными местами и плодами украшена: в ней больше сорока рек, превосходящих величиною Дунай, и больше ста рек, превосходящих величиною Неву, и несколько тысяч малых и средних; земля благообильная к хлебному роду, к рыболовлям, звероловлям, рудам разных материалов и разных мраморов, лесов предовольно, и, чаю, такого преславного угодья на свете нет; только очень запустела за многими причинами, особенно от превеликого расстояния, от малолюдства, глупости прежних управителей и непорядков пограничных. Во всей Сибири нет ни единого крепкого города, ни крепости, особенно на границе по сю сторону Байкальского моря; Селингинск не город, не село, а деревушка с 250 дворишков и двумя деревянными церквами, построен на месте, ни к чему не годном и открытом для нападений, четзероугольное деревянное укрепление таково, что в случае неприятельского нападения в два часа будет все сожжено; а Нерчинск, говорят, еще хуже».