Имеется по крайней мере три способа объяснить структуру населения молекулярных репликаторов, появившуюся в ходе эволюции, будь то РНК испытательной пробирки, вирусные гены, или человеческие гены. Первый вид объяснения – методичное прослеживание их историй: насколько специфические мутации происходили и как они распространялись. Это невозможно без записи всех молекулярных событий, а такие записи каждого события были ли бы чрезвычайно утомительными.

Второй вид объяснения обращается к слову, отчасти вводящему в заблуждение: цель. В сущности молекулы просто случайно изменяются и выборочно копируются. Однако, если отойти несколько в сторону от процесса, можно было описывать результат, представляя, что выживающие молекулы изменялись, чтобы "достичь цель" репликации. Почему молекулы РНК, которые эволюционируют под угрозой со стороны рибонуклеазы, сворачиваются так, как они это делают? Конечно, в результате длительной истории со множеством деталей, но идея, что "они хотят избежать атак и выжить, чтобы размножаться" предсказала бы тот же результат. Язык цели даёт полезное сокращение (попробуйте без него обсуждать действия человека!), но появление цели не обязательно является результатом из функционирования ума. Пример РНК вполне хорошо это показывает.

Третий (и часто лучший) вид объяснения – в терминах эволюции. Он говорит, что порядок появляется путём вариации и селекции репликаторов. Молекула сворачивается определённым образом, потому что это походит на предков, которые размножались более успешно (избегая атаки и т. п.), и оставили потомков, включая себя. Как отметил Ричард Давкин, язык цели (если пользоваться им аккуратно) может быть переведён на язык эволюции.

Эволюция приписывает достижение успеха устранению неудачных изменений. Она таким образом объясняет положительное как результат двойного отрицания – объяснение, смысл которого кажется слегка трудным ухватить. Что хуже, она объясняет что-то видимое (успешные, нужные объекты) в терминах чего-то невидимого (неудачные объекты, которые исчезают). Поскольку только успешные животные производят потомство, кости которого остаются на местности, после неудачно сформированных образчиков прошлого не осталось даже большого количества останков.

Человеческой разум имеет тенденцию сосредотачиваться на видимом, ища положительные причины для положительных результатов, располагая силы позади правильных результатов. Однако после некоторых размышлений мы можем видеть, что этот большой принцип изменил наше прошлое и будет формировать наше будущее: эволюция происходит через вариацию и селекцию репликаторов.

История жизни – история гонки вооружения на базе молекулярных машин. Сегодня, в то время как эта гонка подходит к новой и более быстрой стадии, мы должны убедиться, что мы понимаем только, насколько глубокие корни имеет эволюция. Во времена, когда идеей биологической эволюции часто пренебрегают в школах и которая иногда подвергается нападкам, мы должны помнить, что доказательства её прочны как скала и также распространены как клетки.

Сама Земля в каменных страницах сделала запись истории жизни. На основаниях озера и морском дне, раковинах, костях, слой за слоем откладывался ил. Иногда движущийся поток или смещение пластов вымывали слои; в ином случае они просто становились глубже. Ранние слои сохранялись глубоко, раздавленные, спёкшиеся, пропитанные минеральными водами и наконец превратившиеся в камень.

В течение столетий геологи изучили камни, чтобы читать прошлое Земли. Уже давно они нашли морские раковины высоко в разрушившейся и рухнувшей скале горных цепей. К 1785 году, за семьдесят четыре года до ненавистной книги Дарвина, Джеймс Хуттон заключил, что грязь с морского дна была спрессована в камень и была поднята к небесам силами, пока ещё не понятными. Что ещё могли думать геологи, если сама природа врала?

Они видели, что окаменевшие кости и раковины отличались в одном слое от другого. Они видели, что раковины в слоях здесь соответствовали раковинам в слоях там, хотя слои могли находиться глубоко под землёй, находящейся между ними. Они назвали слои (A, B, C, D… или осагьяновский, мерамесьяновский, нижний честерианский, верхний честерианский и т. д.) и использовали характерные отложения, чтобы отслеживать слои в скалах. Перемешивание земной коры нигде не оставило полную последовательность слоёв, как она была, но геологи находили A, B, C, D, E в одном месте, C, D, E, F, G, H, I, J в другом и J, K, L где-то ещё и могли видеть, что A предшествовал L. Геологи, занимающиеся нефтяными месторождениями (даже те, кому нет дела до эволюции или её последствий) всё же используют отложения для определения геологического возраста пород и чтобы отслеживать слои, переходящие из одного места бурения в другое.

Ученые пришли к очевидному заключению. Также, как морские виды сегодня живут на широких площадях, жили и виды в прошлые годы. Также, как сегодня откладывается слой на слой, также происходило и тогда. Подобные раковины в подобных слоях отмечают отложения, произошедшие в ту же самую эпоху. Раковины изменяются в от слоя к слою, потому что виды изменялись от эпохи к эпохе. Это – то, что геологи нашли записанным в раковинах и костях на каменных страницах.

Верхние слои скалы содержат кости недавних животных, более глубокие слои содержат кости животных, теперь исчезнувших. Еще более ранние слои не показывают никаких следов любых современных видов. Ниже костей млекопитающих лежат кости динозавра; в более старых слоях находятся кости земноводных, далее идут раковины и кости рыб, ещё далее – вообще нет ни костей, ни раковин. Самые старые породы, несущие останки, содержат микроскопические следы отдельных клеток.

Радиоактивное датирование показывает, что этим самым старым следам несколько миллиардов лет. Клетки, более сложные чем бактерии, датируются временем, несколько больше чем один миллиард лет назад. История червей, рыб, амфибий, рептилий и млекопитающих охватывает сотни миллионов лет. Кости, подобные костям человека датируются несколькими миллионами лет. Остатки цивилизаций датируются несколькими тысячами.

За три миллиарда лет жизнь, развивалась от отдельных клеток, способных впитывать химические вещества, к совокупностям клеток, реализующим разум, способный впитывать идеи. В пределах этого столетия технология развилась от парового локомотива и электрического света до космического корабля и электронно-вычислительной машины, и компьютеры уже учат читать и писать. С разумом и технологией, скорость развития сделала скачок в миллионы раз или больше.

Каменная книга делает запись форм давно умерших организмов, однако живые клетки также несут записи, генетические тексты, которые только теперь могут быть прочитаны. Также как с идеями о геологии, наиболее важные идеи относительно эволюции были известны прежде, чем Дарвин взял в руки перо.

В освещенных лампой храмах и монастырях, поколения писцов переписывали рукописи вновь и вновь. Иногда они делали ошибки в словах и предложениях – случайно ли, нарочно ли, или по приказу местного правителя, и по мере того, как копируемые рукописи копировались, с помощью человеческих копировальных машин, ошибки накапливались. Наихудшие из ошибок могли быть найдены и удалены, и знаменитые отрывки могли продолжать существование в неизменном виде, но различия накапливались.

Древние книги редко существуют в своих первоначальных версиях. Самые старые копии часто на столетия младше потерянных оригиналов. Тем не менее, из различных копий с отличающимися ошибками ученые могут восстанавливать версии, более близкие к оригиналу.

Они сравнивают тексты. Они могут прослеживать нисходящие линии от общих предков, потому что уникальные рисунки ошибок выдают копирование из общего источника. (Школьные учителя это знают: идентичные правильные ответы ни о чём не говорят, кроме как на контрольном сочинении, но горе студентам, сидящим рядом, кто сдал контрольные работы с одинаковыми ошибками!) Там, где все выжившие копии совпадают, учёные предполагают, что оригинал (или по крайней мере последний общий предшественник выживших копий) содержал те же самые слова. Там, где выжившие копии различаются, учёные изучают копии, которые происходили отдельно от отдалённого предка, потому что зоны совпадения тогда будут говорить об общем источнике в версии предка.