Второе течение мысли, также берущее начало в XVII веке, называлось ёмэйгаку, школой интуиции, или разума; оно восходит к китайской конфуцианской школе Ван Янмина (яп. Оёмэй). Приверженцы ёмэйгаку считали, что знания — это основа жизни. Для них знание означало способность действовать; по их словам, «знание есть начало действия, а действие есть завершение знания». Философии ёмэйгаку не были чужды и более высокие идеалы: знание должно быть «добродетельным знанием» в руках достойных людей, которые «проживут жизнью мудреца» и «отдадут все свои силы на благо отечества». Ученый муж Накаэ Тодзю (1608-1648) и ронин Кумадзава Бандзан (1619-1691) были первыми представителями ёмэйгаку в Японии. Накаэ придерживался того, что истинное обучение равносильно «главенству разума», состояние, которое является воплощением самой добродетели. Кумадзава мучительно переживал жалкое положение воинского сословия, он хотел вернуть его в состояние, когда оно вновь будет готово защищать страну; данная концепция должна была опираться скорее на «крестьянина-солдата», чем на наследственного профессионального воина. Владения Сацума, Тёсю и Мито стали главными поборниками этой философии, сторонников которой жестоко преследовало центральное правительство бакуфу.

Другой плод умственных усилий XVII века — кокугаку, школа национальной науки, основанной на интерпретации японской национальной традиции, представляла собой третье течение мысли. Она призывала к познанию «истинного японского духа» и удалению чуждых элементов из японской культуры. Буддийский монах по имени Кэйтю (1640-1701) явился предтечей кокугаку. Первыми представителями этого течения были Мотоори Норинага (1730-1801) и Хирата Ацутанэ (1776-1843). Оба этих ученых мужа отвергали конфуцианский рационализм и этику во имя более эмоционального учения с явно различимыми националистическими нотками. Кокугаку ставит во главу угла преданность престолу, этот факт позволил учению кокугаку оказать влияние на все стороны японской культуры. С особенной силой оно запало в души тодзамадаймё и их воинов.

Вслед за объединением Японии под началом Токугавы Иэясу (1542-1616) и утверждением токугавского центрального правительства бакуфу все даймё и их владения оказались разбиты на две группы: фаворитов-фудай, иначе наследственных вассалов, которые были союзниками Иэясу еще в 1600 году; и тодзама — тех даймё, что присягнули на верность лишь после того, как была полностью установлена власть дома Токугавы. Владения тодзама обыкновенно располагались вдали от Эдо (ныне Токио), местонахождения правительства, поэтому они были более изолированными, а кроме того сохраняли большую степень автономии по сравнению с территориями наследственных вассалов. Поэтому находились люди в уделах Тёсю, Хидзэне и Сацуме на острове Кюсю и в уделе Тоса на острове Сикоку (всё владения тодзама), которые, испытывая сильное влияние учений кокугаку, отличались общественным рвением и воинственным пылом, что было характерно для средневековых воинов-рыцарей дотокугавовского периода.

Многочисленные безотлагательные проблемы, вызванные социальными язвами токугавовского общества, приходилось разрешать правительственным лидерам Мэйдзи. Несмотря на внешние опасности, внутренние мятежи, убийства, возрастающий поток западных технологий и экономический пресс, они, однако, сумели выдержать умеренный курс. Они столкнулись с проблемой создания жизнеспособных отношений между проявлениями реального национализма и идеалистическими устремлениями и пытались определить, подходит ли этика японского средневекового рыцаря и сами институты рыцарства новому обществу. Подобные социально-политические головоломки было не так просто и мирно решить.

Почти вся эпоха Мэйдзи была охвачена неимоверными страстями. Многие влиятельные лица и в самом правительстве, и вне его были сторонниками радикальных действий. Как радикалы они буквально понимали лозунг "сонно-дзёи" — «власть императору и изгнание иноземцев», — который был выдвинут еще учителями школы Мито. В частности, лидеры Реставрации оказались восприимчивы к призыву Яйдзавы Сэйсисай (1827-1863), который в своих «Синрон» («Новые предложения») удачно сочетал мифологию синтоизма и конфуцианскую этику типа бусидо. Благодаря Айдзаве сонно стал не только вдохновляющей идеей, зовущей к объединению нации для укрепления императорской власти, но также основой всей морали. В своем истолковании лозунга дзёи Айдзава ввиду своей ксенофобии дошел до требования «громить иноземцев, где бы они ни были». Представитель школы Мито ученый муж Фудзита Токо (1806-1855) оценивал это, умаляя значение антизападных выступлений, следующим образом: «Нам не следует пачкать собственные драгоценные мечи кровью иноземцев». Поэтому, когда представители школы Мито выступили с другими яркими лозунгами, такими как синдзю-фуни (синтоизм и конфуцианство едины), бумбу-фуги (изящные и воинские искусства вполне совместимы) и тюко-иппон (верность государю и преданность родителям — по существу, одно и то же), лидеры Мэйдзи смогли четко совместить концепции мэйги, иначе национального призвания, и мэйбун, иначе национального долга. Они синтезировали философскую мысль, ставшую основой националистической концепции, которая была обозначена как кокутай, «государственное устройство».

Концепция кокутай утверждала уникальность японского общества, проявляемую как в политическом устройстве, так и в нравственных ценностях, что делало Японию отличной от других государств и возвышало ее над ними. Императорский дом являлся оплотом государственной стабильности, а правящий император, облеченный необъятной божественной силой и властью, был живым воплощением священного права наследования от своих царственных предков. Поэтому кокутай был нравственно и законно оправдан. Фактически император становился как бы средоточием лучших усилий со стороны граждан. Он был средоточием чувств всего народа. Но существовал еще один важный аспект кокутая. Коль скоро японский народ наделен добродетелями, которых лишены народы иных стран — верностью, объединяющей его с государством и императором, как и чувством сыновней почтительности, являющимся основой единства семьи, на чем и зиждется государство, — Япония представляет собой неделимое целое. Поэтому Японии суждено стать величайшим в мире государством.

Военная мощь Японии к моменту установления власти правительства Мэйдзи была не в состоянии контролировать международную ситуацию. По западным меркам армия и флот Мэйдзи были технически отсталыми, унаследовав от токугавского сёгуната особую смесь принципов феодального милитаризма и военной беспомощности. Недостатков в военном деле хватало. Ёси С.Куно в книге «Японская экспансия на Азиатский континент» по поводу выучки людей в воинской системе токугавовского бакуфу замечает: «Из-за продолжительной жизни в достатке и роскоши военачальники стали пренебрегать воинской доблестью, а в конце и вовсе растеряли ее, разучившись, таким образом, управлять войсками. Воины в свою очередь оказались не способны вести боевые действия. Они даже не знали, как следует наступать или отступать в соответствии с воинским уставом, поскольку такие занятия не проводились. В своей массе офицеры и солдаты не обладали ни боевой выучкой, ни боевым духом. Этих военных заботили гражданские дела сёгуната, но, будучи людьми военными, и то наследственно, они не имели ни желания, ни возможности проявить себя достойным образом на мирном поприще». Реальная власть в правительстве Мэйдзи в значительной степени уже перешла в руки военного сословия тодзама, представлявшего собой своеобразную смесь различных людей. Даймё явно не претендовали на роль лидеров. Уильям Эллиот Гриффис, очевидец последних дней бакуфу, пишет в своей «Империи Микадо»: «Из всех даймё не наберется и десятка достойных внимания. Это были милые, ничего не значащие малые, выделяющиеся только своими животами или шелковыми одеяниями. Многие оказывались сластолюбцами, выпивохами или титулованными глупцами».