Ликвидация удельных владений, ханов, привела к неизбежному перемещению из исконных мест многих частных школ классического военного искусства, находившихся под покровительством удельного князя даймё. Немало таких школ умерло, потеряв поддержку, а выжившие сохранились в двух ипостасях: 1)Наподобие школы Араки-рю маньчжурского происхождения в Этидзэне (ныне префектура Фукуи), малочисленной сплоченной группы, не афиширующей свою деятельность, и 2)вроде школы Сэкигути-рю, ранее покровительствуемой одной из ветвей рода Токугавы, в Овари (ныне префектура Айти), разбитой на многочисленные филиалы, каждый из которых включал довольно большое число членов. Наряду с этим были и классические рю, не связанные с каким-либо уделом, наподобие Тэнсин Сёдэн Катори Синто-рю и Касима Синто-рю. Помимо классических рю получили развитие новые, но ни одна из новоявленных школ не могла даже надеяться сравняться с более старыми, классическими рю в технике владения боевым искусством; это и были так называемые современные, родственные классическим рю.
Ликвидация ханов коснулась судеб примерно двух миллионов самураев. Далеко идущие финансовые реформы угрожали потерей наследственного самурайского жалованья. Но и другие социальные реформы толкнули всех оказавшихся не у власти самураев в ряды тех консерваторов, кто жаждал возвращения традиций средневекового рыцарства. Сословные различия между даймё, самураями и простолюдинами в соответствии с родовитостью предков номинально сохранились, но сословные привилегии фактически были ликвидированы в 1871 году. Кугэ (придворная знать) и даймё становились кидзоку, иначе лордами; самураи некоторых рангов образовывали сидзоку, иначе дворянство; неродовитые самураи вместе с простолюдинами составляли хэймин — простой народ. Так что заметная часть лидеров Мэйдзи по социальному происхождению была простолюдинами.
Возмущение среди провинциальных экс-самураев социальными и финансовыми рефрмами усилилось после того, как правительство Мэйдзи стало исподволь внушать мысль бывшим самураям бросить обычаи ношения дайсё, сочетания длинного и короткого меча, что являлось отличительным знаком самурая и предметом его гордости. Немногие самураи последовали такому совету. В 1873 году Симадзу Тадаёси, бывшему даймё Сацумы, прозванному императором «оплотом нации», был предложен высокий пост в правительстве; его уговорили прибыть в Токио и принять столь высокое предложение. Симадзу появился в столице в сопровождении нескольких сотен самураев, одетых в платье средневекового рыцаря и подпоясанных двумя мечами. Симадзу тем самым выразил свой протест против прогрессивных мер, предпринимаемых правительством Мэйдзи.
Люди наподобие Ямагаты Аритомо основную потребность усматривали в проведении государством военной реформы. Достижение желаемой цели, выраженное в девизе фукоку-кёхэй, требовало наличия больших вооруженных сил, как для поддержания внутреннего порядка, так и для защиты от внешней политической и экономической экспансии. Ямагата, раненный во время разгромного столкновения с западными военными силами у города Симоносэки в последние годы правления токугавского бакуфу, убедился, что современное огнестрельное оружие должно придти на смену устаревшему оружию средневековых рыцарей; к тому же нужно было отказаться от архаичной системы будзюцу в качестве исходного тактического средства ведения боя. В 1873 году Ямагата занял пост военного министра в министерстве по военным делам; Сайго был назначен командующим императорскими сухопутными силами. Министерство по военным делам делилось на военное и морское ведомства; бывшие самураи из прежнего удела Тёсю заправляли в первом, а сацумские самураи — во втором.
Опыт участия Ямагаты в боевых действиях в составе кихэйтай, смешанных стрелковых соединений удела Тёсю, убедил его в том, что умеющие обращаться со стрелковым оружием простолюдины превосходят изнеженных самураев токугавского бакуфу; по крайней мере, они равны по силам более закаленным провинциальным рыцарям. Ямагата вспоминал эмоциональные выступления своего наставника Ёсида Сёина, считавшего, что сом эйми, иначе герои из низов, будут спасителями нации. Ямагата заключал: «Феодальные отношения господствовали повсеместно в стране, и возникло разделение на крестьян и солдат (рыцарей-воинов). Затем пришла великая Реставрация Мэйдзи… С одной стороны, рыцарям-воинам, на протяжении целых поколений лишенных воинского поприща, уменьшили жалованье и лишили их права ношения мечей; с другой — все четыре сословия вот-вот обретут свободу, что позволит восстановить согласие между высшим и низшим сословиями и гарантировать всем равные права. Это послужит основной для объединения крестьянина и солдата в одно целое, и, таким образом, нынешний солдат не будет похож на солдата прежнего, а народ тоже станет совсем иным. Это будет единый народ империи, и нет более различия между людьми в их обязанностях перед государством».
Когда Окума горячо поддержал идею Ямагаты о том, что все мужское население должно нести воинскую повинность перед государством, сказав: «Все наши сыновья — солдаты», Ямагата полностью отдался делу создания системы всеобщей воинской повинности. Официальное сообщение, опубликованное в 1872 году вместе с императорским указом, устанавливающем всеобщую воинскую повинность и во многом перекликающимся с мыслями самого Ямагаты, утверждает правомерность подобных шагов следующим образом: «Где государство, там и необходимость в военной защите, и если требуется военная защита, то необходима и военная служба. Отсюда следует, что закон, обеспечивающий создание народного ополчения, является законом природы, а не законом произвольным, искусственным».
Перечисляя неопровержимые исторические факты, подкрепляющие его доводы в пользу всеобщей воинской повинности, Ямагата выказывает все свое презрение к военному человеку токугавских времен: «В древности каждый был воином. В минуту опасности император становился главнокомандующим, призывая годную к военной службе молодежь… После окончания похода мужчины возвращались в свои дома к своим занятиям крестьянина, ремесленника или торговца. Они отличались от солдат более позднего времени, носивших два меча и звавших себя рыцарями-воинами. Эти рыцари-воины вели обособленную ото всех жизнь, не утруждая себя никакими занятиями, а в случае крайней нужды хладнокровно рубили простых людей (кири-сутэ сомэн), а власти предержащие старались этого не замечать».
Закон о всеобщей воинской повинности обязывал всех мужчин двадцати лет или старше, независимо от социального происхождения, пройти трехгодичную военную службу в действующей армии, а затем еще по пять лет в первом и втором резервах. Офицеров набирали из семей бывших неродовитых самураев. Таким образом, крестьянство составило костяк достаточно многочисленных и модернизированных вооруженных сил.
Наскоро проводимые центральным правительством преобразования, естественно, не могли не породить насилия и людских страданий. Крестьянские волнения, вызванные изменением общественного уклада и вводимыми налогами, постоянно ширились. Но больше всего правительство Мэйдзи беспокоило растущее недовольство среди бывших самураев, чье явно враждебное отношение к властям было вызвано их плачевным финансовым положением и подорванным социальным статусом. Все это и побудило Сайго Такамори искать повод для развязывания войны с Кореей, чтобы занять оказавшихся не у дел самураев. Чтобы как-то исправить положение после отказа от предложения Сайго, правительство Мэйдзи согласилось на небольшую военную кампанию против бутанских племен на Тайване в 1874 году, выставляя военные действия как карательную экспедицию в отместку за убийства этими племенами японских и окинавских граждан. Но эта псевдовоенная операция не удовлетворила экс-самураев.
Дальнейший решительный шаг со стороны правительства Мэйдзи должен был предотвратить возможную гражданскую войну. Декрет, запрещающий ношение двух мечей и ограничивающий право на ношение оружия составом регулярных вооруженных сил, вступил в действие в 1876 году, и его предваряли слова: «Следует верно понимать задачу данного постановления. Оно ни в коем случае не служит умалению воинского духа, скорее оно служит тому, чтобы меч из рук широкого числа недостаточно дисциплинированных граждан перешел к небольшому числу жестко связанных дисциплиной людей». Бывшие самураи из провинции были глубоко возмущены тем, что само постановление, хоть и принятое от имени императора, вне всякого сомнения, исходило от членов правительства, которые не только по социальному положению были ниже их, но для которых сама средневековая рыцарская традиция почти ничего не значила. Поэтому, лишившись помимо собственной воли высшего знака своей самурайской чести, совместно носимых длинного и короткого мечей, воплощения их духа, провинциальные экс-самураи уже не надеялись, что правительство восстановит институты средневекового рыцарства. Вслед за запретом носить мечи была прекращена выплата наследственных жалований и пособий для бывших даймё и самураев.