При каждом из сочинений обозначены начальныя слова для того, что в рукописях эти сочинения различаются между собою. Начальные слова заимствованы из трех экземпляров XVII века, находящихся у автора статьи.
1. Послание из Пустозерска, начинается: „Моя братия возлюбленная".
2. Беседа о наятых делателях; нач.: „Благослови владыка благовестити".
3. Об Ионе, казначее казанском; нач.: „В 166 году послан бысть в Казань".
4. Послание к Феодоре Морозовой, княгине Евдокии Урусовой и Марье Даниловой; нач.: „Протопоп Аввакум раб и посланник".
5. Второе послание к ним же; нач.: „Не обленюся и еще припомянуть". В некоторых списках эти два послания соединены в одно.
6. Ответ о крещающих младенцы; нач.: „По старому служебнику и новопоставленный поп".
7. Послание из Пустозерска; нач.: „"Борисушка, Бог тебя простил".
8. Послание из Пустозерска (на крестоборную ересь); нач.: „Беседа человека грешна"; называется также посланием из рва львиного.
9. Бытие о московском падении; нач.: „Бысть в лета наши".
10. Второе бытие о московском падении; нач.: „Паки и паки и еще к вам побеседую". В некоторых списках два бытия соединены в одно.
11. Ответ о причастии; нач.: „Есть в правилех".
12. На римскую и никонианскую ересь; нач.: „Альманашники и звездочетцы".
13.0 Мельхиседеце; нач.: „Сей Мельхиседек".
14. Книга старице Мелании с сестрами и подначальною Анисьею; нач.: „Благого и преблагого".
15, Письма царю Феодору Алексеевичу из Пустозерска; нач.: „Благого и преблагого и всеблагого".
16. Книга инокине Феодоре, а по-мирски боярыне Феодосии Морозовой с сестрами; нач.: „Херувимам подобещеся".
17. О прелюбодеях; нач.: „Слышал ли еси милосердие Божие".
18. Первое послание из Пустозерска к Симеону; нач.: „Чадо Симеоне, на горе я родился".
19. Второе послание к нему же; нач.: „Слышал ли еси".
20. Третье послание к нему же; нач.: „Чадо Богоприимче".
21. Четвертое послание к нему же; нач.: „Ну, Семенушка, вот тебе вести".
22. Поучение; нач.: „Апостол яже еста иносказаема сия".
23. Поучение; нач.: „Премудрость, к римлянам послание".
24. Повесть, писана в духовном цветнике; нач.: „Некий священник".
25. Поучение; нач.: „Премудрость прости услышим".
26. Снискание и собрание о божестве и о твари; нач.: „Рече Господь".
27. Послание к Стефану Вонифатьеву, царскому духовнику; нач.: „Юзник темничный".
28. Послание к рабам Христовым; нач.: „Вопрос твой, чадо".
29. Второе послание к рабам Христовым; нач.: „Возлюбленнии, молю вы".
30. Автобиография, написанная в Пустозерске по убеждению Епифания; нач.: „Святый Дионисий Ареопагит".
31. Похвала о церкви (дополнение к автобиографии); нач.: „По сем у всякого православного прощенья прошу".
В некоторых списках соединено с автобиографией. Что касается до посланий его к дьякону Феодору, в которых Аввакум, по словам „Розыска", нелепо говорил о св. Троице, о сошествии Христа во ад и пр., этих посланий нет. Князь Мышецкий в „Российском Винограде" решительно говорит, что это выдумка авторов книг „Розыска" и „Пращицы". Впрочем, Аввакум в „Книге инокине Феодоре" говорит: „Молодой щенок Феодор дьякон, сын духовный мне, учал блудить над старыми книгами и о святой Троице преткнулся и о Христове во ад сошествии и оных догматствуя по-никониански, нелепостно — в книге моей написано и послано к вам о Господе".