Авторы многих работ утверждают, что данной директивой Ставкой был создан Военный совет Севастопольского оборонительного района.[184] На самом деле в директиве Ставки об этом ничего сказано не было. Поскольку же командующим СОР был назначен командующий флотом по совместительству, то и Военный совет Черноморского флота (Ф. С. Октябрьский, Н. М. Кулаков, И. И. Азаров, В. С. Булатов) являлся высшим военным органом в Севастополе, но только в лице Ф. С. Октябрьского и Н. М. Кулакова. Все документы Военного совета флота выходили за их подписями. И. И. Азаров и В. С. Булатов находились на Кавказе, выполняя обязанности по руководству действиями флота, в том числе и по организации помощи Севастополю.

В Приморской армии, в свою очередь, в ходе всей обороны Севастополя был свой Военный совет, который подчинялся Военному совету Черноморского флота.

Заместитель народного комиссара ВМФ адмирал И. С. Исаков приказал Военному совету ЧФ все необходимое для частей Красной Армии в Крыму выдавать из ресурсов флота. Вице-адмиралу Г. И. Левченко было предложено потребовать от Военного совета ЧФ снабжения частей армии всем, что имеет флот, до организации новой линии их снабжения и доставки грузов из Новороссийска в Керчь и Севастополь. Адмирал Исаков указал, что Красная Армия защищает главную базу флота и выполняет единую задачу с флотом, поэтому ведомственный подход к делу недопустим.[185]

К исходу дня защитники Севастополя и жители города были потрясены печальным известием. В этот день в 11 ч 29 мин недалеко от Ялты был потоплен транспорт «Армения» (командир капитан 3 ранга В. Я. Плаушевский), идущий в охранении двух сторожевых катеров из Ялты в Туапсе. 6 ноября теплоход с ранеными бойцами, работниками Главного госпиталя флота и эвакуированными покинул Севастополь. Он зашел в Ялту, где забрал часть эвакуированных из Симферополя, и утром 7 ноября вышел курсом на Кавказ. Но был атакован самолетом-торпедоносцем, несмотря на то, что транспорт имел отличительные знаки санитарного судна. Одна из двух торпед попала в носовую часть корабля, и через четыре минуты он затонул. Спасено было всего 8 человек, погибло около 5000.[186]

Приказом № 001 штаба артиллерии СОР в целях объединения действий и централизованного управления вся полевая и береговая артиллерия распределялась по секторам. Были назначены начальники артиллерий трех секторов (капитан А. В. Житков, майор А. В. Филиппович и майор Н. В. Богданов), командные пункты которых приказывалось разместить на КП комендантов секторов. Приказом ставились боевые задачи артиллерии каждого сектора, а начальник артиллерии береговой обороны подполковник Б. Э. Фаин назначался заместителем начальника артиллерии СОР.[187]

Рано утром И. Е. Петров и П. А. Моргунов прибыли на Мекензиевы горы, куда стала прибывать на автомашинах 7-я бригада морской пехоты. В 9 ч 30 мин командир бригады полковник И. Е. Жидилов получил боевое распоряжение И. Е. Петрова — с приданным 2-м Перекопским батальоном моряков (командир майор И. И. Кулагин) и батальоном морской пехоты запасного артиллерийского полка (командир майор В. Д. Людвинчук) овладеть х. Мекензия и высотой Ташлык. Батарее № 724 береговой обороны, одной батарее 57-го артполка Приморской армии и 26-му отдельному зенитному артдивизиону предписывалось огневым налетом расстроить боевые порядки противника, а с началом наступления 7-й бригады поддержать ее последовательным сопровождением огня.[188]

После непродолжительной артиллерийской подготовки бригада около 12.00 перешла в атаку на высоту 137,5, прикрывавшую х. Мекензия. Встреченный сильным артиллерийским и минометным огнем, 4-й батальон капитана А. С. Гегешидзе не продвинулся и на 50 м и вынужден был залечь. Тогда представитель политотдела батальонный комиссар Е. В. Шеломков поднял второй взвод 11-й роты в атаку и увлек за собой моряков, которые ворвались на вражеские позиции и завязали бои в окопах. Казалось, победа уже близка, но 10-я рота не успела подойти и поддержать атаку.[189]

Во второй половине дня 7-я бригада вновь атаковала противника. На этот раз атакующих кроме названных батарей поддержали огнем береговые батареи № 30 и 35, а также 265-й корпусный артиллерийский полк Приморской армии, крейсер «Червона Украина»[190] (командир капитан 2 ранга И. А. Заруба, военком батальонный комиссар В. А. Мартынов) и прибывший минометный дивизион бригады во главе с капитаном Б. А. Волошановичем, и авиация. Общее руководство артиллерией по поддержанию бригады осуществлял начальник артиллерии береговой обороны подполковник Б. Э. Фаин. Снова 11-ю роту вел в атаку батальонный комиссар Е. В. Шеломков. В ожесточенном кровопролитном бою гитлеровцы были выбиты с высоты 137,5. Наши наступавшие части подошли вплотную к х. Мекензия, но дальнейшее их продвижение было остановлено контратаками противника, поддержанными массированным минометным и артиллерийским огнем.[191] Так и не удалось 7-й бригаде вернуть х. Мекензия.

Еще утром стало известно, что создается угроза нашим войскам во втором секторе. Боевым распоряжением заместителя командующего СОР П. А. Моргунова батальон моряков авиазенитной обороны был переброшен во второй сектор и сосредоточен во втором эшелоне в районе Федюхиных высот в готовности для атаки в направлениях Камары, Чоргунь и Шули.[192] Днем противник сосредоточил крупные силы против 3-го полка моряков в третьем секторе. Во второй половине дня боевым распоряжением П. А. Моргунова 1-й Перекопский отряд моряков был переброшен к ст. Инкерман и находился в постоянной готовности для поддержки частей третьего сектора в случае наступления противника.[193]

В первую половину дня один Ил-2 и шесть И-16 авиации главной базы нанесли штурмовой удар по немецкой пехоте и автомашинам в районе д. Черкез-Кермен. Во второй половине дня два Ил-2, восемь И-16, три ЛАГГ-3 и два Як-1 штурмовали пехотные части противника, двигавшиеся от д. Уппа на д. Кучки.[194] Командующий войсками Крыма, выполняя решения Ставки, подписал директиву за № 1/0028.[195] Она повторяла основные положения директивы Ставки от 7 ноября, а также определяла места дислокации в Севастополе подошедших 25, 95 и 172-й стрелковых дивизий для отдыха и пополнения. Директива требовала крейсеры «Красный Кавказ», «Красный Крым» и «Червона Украина», все миноносцы типа «Незаможник» базировать в Севастополе, выделив из этого состава маневренный отряд для прикрытия фланга Керченского оборонительного района. «Командующего Приморской армии Петрова назначаю заместителем командующего СОР по сухопутным войскам с оставлением в должности командующего Приморской армии», — говорилось в директиве.

В 12 ч 45 мин Г. И. Левченко со своим штабом убыл на эсминце «Бдительный» в Керчь.

В 21 ч 45 мин штаб СОР отдал боевое распоряжение № 68 комендантам секторов, а также командирам 7-й и 8-й бригад морской пехоты, 31-го и 514-го стрелковых полков от имени командующего СОР И. Е. Петрова: в течение ночи проверить расположение подразделений на переднем крае, сомкнуть фланги и устранить промежутки; привести все части в готовность к отражению подготавливаемого противником с утра 9.11.41 г. наступления; выставить секреты и организовать ночные поиски с задачей захвата контрольных пленных перед фронтом каждого оборонительного участка; проверить и привести в порядок всю проводную связь и радио, обеспечивающих нужды управления.[196]