19 апреля 1943 г. М.И. Калинин подписал закрытый Указ Президиума Верховного Совета СССР о мерах наказания для немецко-фашистских злодеев, виновных в убийствах и истязаниях советского гражданского населения и пленных красноармейцев, для шпионов, изменников Родины из числа советских граждан и для их пособников, которым было установлено, что лица, уличенные в совершении убийств и истязаний гражданского населения и пленных красноармейцев, а также шпионы и изменники Родины из числа советских граждан караются смертной казнью через повешение. Пособники из местного населения, уличенные в оказании содействия злодеяниям в совершении расправ и насилий над гражданским населением и пленными красноармейцами, караются ссылкой в каторжные работы на срок от 15 до 20 лет. Рассмотрение дел было возложено на военно-полевые суды, образуемые при дивизиях действующей армии. Приведение в исполнение приговоров военно-полевых судов — повешение осужденных к смертной казни — было предписано производить публично, при народе, а тела повешенных оставлять на виселице в течение нескольких дней, чтобы все знали, как караются и какое возмездие постигнет всякого, кто совершает насилие и расправу над гражданским населением и кто предает свою Родину (док. № 29).

11 июня 1943 г. Л.П. Берия подписал приказ НКВД СССР № 00968 об организации отделений каторжных работ при исправительно-трудовых лагерях НКВД: в Воркутинском лагере на 10000 человек, в Норильском лагере на 10000 человек, в Северо-Восточном лагере (г. Магадан) на 10000 человек. В составе Карлага НКВД было организовано отделение для нетрудоспособных и больных, осужденных на каторжные работы. Этим же приказом была утверждена инструкция о порядке содержания осужденных к каторжным работам в лагерях НКВД (док. № 30). До 1943 г. со времен царской России в СССР не было каторги. По состоянию на 1 мая 1950 г. в лагерях МВД содержалось 61572 человека, осужденных к каторжным работам.[26]

Оккупация немецкими войсками Украины, Белоруссии и Прибалтики позволила местным националистам выйти из подполья и почти полностью перейти на службу к нацистам. Наиболее ярко это проявилось на Украине и в Прибалтике. В то же время в Белоруссии коллаборационизм был явление единичным и не связанным с национализмом.

В справке СД о национальном вопросе в Белоруссии, составленной в 1942 г., говорилось следующее. Население составляют в основном белорусы, а также русские и поляки. Обстановка в областях, давно входивших в состав СССР и присоединенных в 1939 г., разная. «На западе население приветствовало немцев, на востоке — выжидало. Широкие массы сельского населения (75 %) — это простые крестьяне с примитивным и ограниченным мышлением. Они не могут что-либо решать самостоятельно, их нельзя в чем-либо убедить только словом. В городах лучшие силы служили коммунизму и поэтому с приходом немцев они бежали в Россию. Некоторых белорусских эмигрантов, проживавших в Германии и Польше, оккупационные органы привезли сюда как единственных лиц, которым можно доверять. Но их авторитет здесь невелик. Большинство поставленных нами на руководящие должности от Белостока до Смоленска — это выходцы из Польши и в основном католики. Поэтому они смотрят на Белоруссию через польские очки. Но белорусы-католики — это не настоящие белорусы, под лозунгом Белоруссии они стремятся построить новую Польшу… Между белорусами и поляками происходит острая борьба. Немецкие оккупационные власти вернули в Белоруссию польских помещиков, которые в 1939 г. бежали от русских».[27] В другом донесении СД из Белоруссии, от 1 мая 1942 г. ставилось под сомнение само существование белорусской национальной проблемы: «среди белорусов почти не замечается чувства национальной принадлежности. Белорусский народ и его язык действительно существуют, но нет белорусской проблемы, как националистически-автономистской проблемы. Белорусский народ — это аморфная масса, не имеющая своей интеллигенции и своего государства. Единственным критерием принадлежности к белорусскому народу является употребление белорусского языка. Начиная с XVII в. белорусский язык вообще не развивался и даже в настоящее время в сравнении с другими европейскими языками является „примитивным“. В нем отсутствуют даже такие понятия, как культура, техника и другие. Кроме языка в Белоруссии нет других признаков нации».[28]

Оставшиеся в Латвии айзсарги и другие националисты с началом войны развернули активные действия против частей Красной Армии и органов советской власти. «В г. Риге… враги установили на колокольнях церквей, башнях, на чердаках и в окнах домов пулеметы, автоматы и вели обстрел улиц, зданий штаба С<еверо>3<ападного>Ф<ронта>, ЦК ЛКП(б), СНК, телеграфа, вокзала и НКВД», — докладывал командир 5-го мотострелкового полка войск НКВД. — Такое положение заставило развернуть самую жестокую борьбу с контрреволюционным элементом в городе. Я объединил все войска НКВД Рижского гарнизона, организовал усиленную охрану всех важных объектов, выставил посты и пикеты на улицах города… С пятой колонной повел жестокую борьбу, на каждый произведенный выстрел из окна, башни или колокольни отвечал огнем пулеметов и танковых пушек. За 23, 24, 25 июня с.г. активность пятой колонны была подавлена. По приказу начальника охраны С<еверо>3<ападного>Ф<ронта> генерал-майора т. Ракутина были расстреляны 120 пойманных негодяев из пятой колонны, о чем было объявлено населению с предупреждением о сдаче оружия.[29] Нападения на отступающие советские войска были зафиксированы также в Валмиере, Смилтене, Алуксне, Гулбене, Лимбажи, Мадоне, во многих волостях и поселках. По данным латвийских историков, летом 1941 г. в Латвии действовало 129 вооруженных групп националистов: 83 — в Видземе, 24 — в Земгале и 21 — в Курземе.[30]

Латышские националисты рассчитывали восстановить независимое государство, однако немецкие власти поспешили заявить, что никакого национального правительства Латвии не будет и что статус Латвии будет решаться после войны в рамках так называемой новой Европы. Пока же в Латвии был создан Латвийский генеральный округ (во главе с генеральным комиссаром Отто Дрекслером), который вместе с Литвой, Эстонией и Белоруссией был включен в созданный 17 июля 1941 г. Рейхскомиссариат Восточных земель (Остланд). Рейхскомиссариат, в свою очередь, подчинялся Министерству оккупированных Восточных областей, возглавляемому А.Розенбергом.

В конце 1941 г. немецкие оккупационные власти разрешили сформировать самоуправление под названием «генерал-дирекция». Во главе его был поставлен бывший командир Курземской дивизии генерал Оскар Данкерс. Директива А.Розенберга от 7 марта 1942 г. конкретизировала функции управлений генеральных округов Латвии, Литвы и Эстонии и указывала, что непосредственная работа должна вестись силами сформированных из местных жителей учреждений. Однако высшая политическая власть и контролирующие функции по-прежнему сохранялись за немецкими учреждениями.

В ноябре 1942 г. член Совета генерал-директоров А.Валдманис в меморандуме на имя С.Дрекслера писал, что Германия могла бы разрешить Латвии создать независимое государство по образцу Словакии, получив взамен поддержку в виде мобилизации латышей в легион. А. Валдманис обещал поставить вооруженным силам Германии 100000 человек.[31] Даже видимости независимости от фашистской Германии латышские националисты не дождались, число же мобилизованных в различные военные формирования составило около 110000 человек.

После начала войны 23 июня 1941 г. Фронтом литовских активистов (ФЛА) было создано Временное правительство во главе с бывшим литовским послом в Германии Шкирпой, однако немцы это правительство 5 августа 1941 г. распустили, а Шкирпу из Германии не выпустили. 15 сентября ФЛА обратился к Гитлеру и главнокомандующему германскими войсками Браухичу с меморандумом, в котором указывал на свои заслуги в борьбе с советской властью: «После начала войны ФЛА совместно с остатками частей литовской армии начали восстание и совершили целый ряд заданий, согласованных с немецким военным командованием. В восстании участвовало около 100000 партизан. Число молодежи Литвы, погибшей в борьбе с большевиками, превосходит 4000 человек» (док. № 20). Не добившись от немцев признания независимости Литвы, Фронт литовских активистов распался. Вместо него в декабре 1941 г. на базе существовавших националистических организаций и групп, объединившихся для борьбы за создание независимого литовского буржуазного государства возникла Армия освобождения Литвы (ЛЛА).