В марте 1939 г. фашистская Германия захватила порт Клайпеду и Клайпедский край. Согласно подписанному 23 августа пакту Молотова-Риббентропа Литва отошла в сферу влияния Германии. Но по договору от 28 сентября того же года Германия и СССР произвели уточнение сфер влияния, теперь Литва (кроме Клайпеды) оказалась в советской сфере.

10 октября 1939 г. был подписан советско-литовский договор. С одной стороны, по нему Литве был передан Вильнюсский край, освобожденный Красной Армией в сентябре от польской оккупации, с другой стороны — в Литве были размещены гарнизоны советских войск.

14 июня 1940 г. председатель Совета Народных Комиссаров СССР В.М. Молотов передал литовскому министру иностранных дел Ю. Урбшису заявление советского правительства, в котором, после обвинений литовского правительства в нарушении Договора о взаимопомощи (в том числе в похищении советских военнослужащих), выдвигались следующие требования:

«1. Чтобы немедленно были преданы суду министр внутренних дел г. Скучас и начальник департамента политической полиции г. Повилайтис, как прямые виновники провокационных действий против советского гарнизона в Литве.

2. Чтобы немедленно было сформировано в Литве такое правительство, которое было бы способно и готово обеспечить честное проведение в жизнь советско-литовского Договора о взаимопомощи и решительное обуздание врагов Договора.

3. Чтобы немедленно был обеспечен свободный пропуск на территорию Литвы советских воинских частей для размещения их в важнейших центрах Литвы…».

15 июня в страну были введены дополнительные контингенты советских войск. А. Сметона бежал в Германию. 17 июня было образовано «Народное правительство».

Собравшийся 21 июля новый, Народный сейм, провозгласил Литву советской социалистической республикой и обратился к Верховному Совету СССР с просьбой о принятии Литвы в состав Советского Союза. Осенью этого же года в Литве начались глубокие социально-экономические преобразования — экспроприация капиталистической частной собственности, сокращение крупных земельных владений и передача излишков земли батракам и малоземельным крестьянам. 31 августа 1940 г. был образован народный комиссариат внутренних дел Литовской ССР (док. № 7).

Таутининки и другие националисты ушли в глубокое подполье. Первое время число их вооруженных выступлений было невелико. Однако накануне войны количество антисоветских групп и вооруженных выступлений значительно возросло, советские власти наметили очистить территорию Литвы (как и другие недавно вошедшие в состав СССР земли) от всех, кого они считали своими врагами.

В докладной записке НКГБ Литовской ССР от 12 мая 1941 г. говорилось: «…За последние месяцы в республике значительно растет активная враждебная деятельность. Этому способствует непосредственная близость границы и подрывная деятельность германских разведывательных органов…

В силу этого считали бы необходимым приступить к аресту и принудительному выселению из Литовской ССР наиболее активных категорий лиц:

— Государственный буржуазный аппарат: чиновники государственной безопасности и криминальной полиции; командный состав полиции; административный персонал тюрем; работники судов и прокуратуры, проявившие себя в борьбе с революционным движением; офицеры 2-го Отдела Генштаба Литовской армии; видные государственные чиновники; уездные начальники и коменданты.

— Контрреволюционные партии: троцкисты; активные эсеры; активные меньшевики; провокаторы охранки (по данным литовской охранки, по этим категориям числится 963 человека).

— Литовская националистическая контрреволюция: (считаем необходимым подвергнуть аресту только руководящий состав наиболее реакционных фашиствующих партий и организаций) таутининков; яунои-лиетува (молодые таутининки); вольдемаристы (фашистская организация германской ориентации — всех); руководящий состав „Шаулю Саюнга“ (от командиров взводов и выше) (по статистическим данным, бывшей литовской буржуазной прессы руководящего состава насчитывается более 10 тысяч человек).

— Фабриканты и купцы Литвы: фабриканты, годовой доход коих свыше 150 тыс. лит; крупные домовладельцы, недвижимость коих оценивалась более 200 тыс. лит; купцы, годовой оборот коих свыше 150 тыс. лит; банкиры, акционеры, биржевики (по данным б<ывшего> Министерства финансов Литвы, по таким категориям числится 1094 человека).

— Русские белоэмигрантские формирования: Российский фашистский союз; Российский общевоинский союз; младороссы; все офицеры белых армий, контрразведок и карательных органов (по учетам литовской охранки по этим категориям числится 387 человек).

— Лица, подозрительные по шпионажу: уголовный и бандитский элемент — более 1 тысячи человек; проститутки и притоносодержатели — более 500 человек» (Витковский А., Ямпольский В. Указ. соч. — С. 132–133).

В соответствии с Постановлением ЦК ВКП(б) и СНК СССР от 16 мая 1941 г. (док. № И) в Литве была проведена операция по изъятию «антисоветского, уголовного и социально опасного элемента». Вначале она планировалась на 12 июня, но так как в этот день в Литве отмечается большой религиозный праздник, операцию провели 13–14 июня. Было арестовано 5664 и выселено 10187 человек, в том числе: активные члены националистических и белогвардейских организаций и члены их семей: арестовано — 1877, выселено — 4277; бывшие охранники, жандармы, руководящий состав полицейских и тюремщиков, а также рядовые полицейские и тюремщики, на которых имелись компрометирующие материалы, и члены их семей: арестовано — 617, выселено — 1266; бывшие крупные помещики, фабриканты и чиновники государственного аппарата и члены их семей: арестовано — 1122, выселено 2560; бывшие офицеры литовской и белой армий, на которых имелись компрометирующие материалы, и члены их семей: арестовано — 104, выселено 176; члены семей участников контрреволюционных организаций, которые были осуждены к ВМН: арестовано — 27, выселено — 64; лица, прибывшие из Германии в порядке репатриации, а также немцы, записавшиеся на репатриацию в Германию и не уехавшие по различным причинам, в отношении которых имелись компрометирующие материалы: арестовано — 66, выселено — 99; беженцы из Польши: арестовано — 337, выселено — 1330; военнослужащие армейских территориальных корпусов: арестовано — 285; проститутки: выселено — 395; уголовный элемент: арестовано — 1229 (Витковскип А, Ямполъский В. Указ. соч. — С. 133–134).

Однако «эшелонные» данные существенно отличаются от этих цифр. Согласно им в ссылку было направлено 12838 человек, в лагеря военнопленных — 3425, непосредственно в ИТЛ — 1238 (уголовники) (Гурьянов A3. Указ. соч. — С. 150–151).

В конце XII–XIII веках Прибалтика стала объектом Крестовых походов немецкого рыцарства и немецких купцов при поддержке католической церкви. В результате территория Латвии и Эстонии до конца XVI века попала под власть Ливонского ордена. Латышей и немцев в Ливонии разделяли как социальный, так и политический барьеры. Помещиками были потомки рыцарей-крестоносцев, а большинство латышского населения, крестьяне, к концу XVI века превратились в крепостных. В городах латыши также принадлежали к низшим слоям населения, их не принимали в гильдии, они не имели права создавать ремесленные цехи и приобретать недвижимость.

В 1558 г. русский царь Иван Грозный вторгся на территорию Ливонии, пытаясь заполучить выход к Балтийскому морю. Ливонский орден был разгромлен, однако его магистр и рыцарство, а также Рижский архиепископ предпочли подчиниться не русскому, а польскому королю. В итоге образовались Курляндское и Пардаугавское герцогства, находившиеся в вассальной зависимости от Речи Посполитой. В борьбу за господство на восточном побережье Балтийского моря включилась также Швеция, которая после войны с Польшей овладела в 1629 г. всей Видземе.

Новую попытку обеспечить для России выход к Балтийскому морю предпринял Петр I. После долгой и упорной Северной войны, в результате Ништадтского мира 1721 г. часть современной Латвии вошла в состав России. После первого раздела Польши в 1772 г. к России была присоединена Латгале, а после раздела 1795 г. — и Курляндия.