В Генваре 1580 года он созвал знаменитейшее Духовенство в столицу: Архиепископа Александра Новогородского, Иеремию Казанского, Давида Ростовского, всех Епископов, Архимандритов, Игуменов, славнейших умом или благочестием Иноков; торжественно объявил им, что церковь и православие в опасности; что бесчисленные враги восстали на Россию; что с одной стороны неверные Турки, Хан, Ногаи, — с другой Литва, Польша, Венгры, Немцы, Шведы как дикие звери разинули челюсти, дабы поглотить нас; что он с сыном своим, с Вельможами и Воеводами бодрствует день и ночь для спасения Державы, но что Духовенство обязано содействовать им в сем великом подвиге; что мы, имея людей, не имеем казны достаточной; что войско скудеет и нуждается, а монастыри богатеют; что Государь требует жертвы от Духовенства, и что Всевышний благословит его усердие к отечеству. Предложение было важно и затруднительно. Великий дед Иоаннов хотел коснуться церковного достояния, но оставил сию мысль, встреченный сильным прекословием Святителей: внук умерил требования, и Собор приговорил грамотою, что земли и села Княжеские, когда-либо отказанные Митрополитам, Епископам, монастырям и церквам, или купленные ими, оттоле будут Государевыми, а все другие остаются навеки их неотъемлемым достоянием; что впредь они уже не должны присваивать себе имений недвижимых, ни добровольною уступкою, ни куплею, и что заложенные им земли также отдаются в казну. — Сим легким способом умножив владения и доходы государственные, Иоанн непрестанно умножал и войско: чиновники ездили из области в область с списками Детей Боярских; отыскивали всех, кто укрывался или бегал от службы; наказывали их телесно и за порукою отсылали во Псков или Новгород, где стояла главная рать, упуская благоприятное время действовать наступательно: ибо Россияне любили всегда выходить в поле, когда другие уходили в домы от ненастья и морозов.

Хотя Баторий не мыслил дать нам перемирия, но осень и зима остановили его блестящие успехи. Наемники требовали денег, свои — отдохновения. Расположив войско в привольных местах близ границы, он спешил в Вильну и на Сейм в Варшаву готовить новые средства победы, наслаждаться славою, испытать, устыдить неблагодарность и все одолеть, чтобы достигнуть цели. В Вильне граждане и Дворянство встретили его с громогласными благословениями, а в Варшаве многие Паны с мрачными лицами и с ропотом неудовольствия — те, которые любили законную и беззаконную власть свою более отечества, расслабленного их своевольством, негою, корыстолюбием. Великих мужей славят и злословят: устрашенные сильною волею, сильными мерами Короля, Паны жаловались на его самовластие и доверенность к чужеземцам; распускали слух, что он воюет только для вида, налогами тяготит землю и мыслит тайно уехать в Трансильванию с богатою казною Королевскою. Действием сей клеветы мог быть отказ в государственных пособиях, необходимых для войны. Баторий предстал Сейму: клевета умолкла. Сказал, что сделал и сделает: единодушно, единогласно одобрили все его предложения; уставили новые налоги, велели собирать новое войско…

А Царь домогался мира. Когда гонцы наши возвратились с ответом, что Король не хочет и слышать о посольстве в Москву, готовый единственно из снисхождения принять Иоаннове в своей столице, если мы действительно расположены к умеренности и договорам честным; что пленников не отпускают во время кровопролития; что они в земле Христианской, следственно в безопасности и не в утеснении: тогда Иоанн вторично написал к Стефану письмо дружелюбное. «В Московских перемирных грамотах (говорил он) были слова разные, внесенные в них с ведома и согласия твоих Послов. Ты мог отвергнуть сей договор; но для чего же укоряешь нас обманом? Для чего без дела выслал наших Послов из Кракова, и столь грубо, и писал к нам в выражениях столь язвительных? Забудем слова гневные, вражду и злобу. Не в Литве и не в Польше, а в Москве издревле заключались договоры между сими Державами и Россиею. Не требуй же нового! Здесь мои Бояре с твоими уполномоченными решат все затруднения к обоюдному удовольствию Государств наших». Но гонец Московский, в случае упрямства и явной готовности Баториевой к возобновлению неприятельских действий, должен был тайно сказать ему, что Царь согласен прислать Бояр своих в Вильну или в Варшаву. — Уничижение бесполезное: Король ответствовал, что дает Иоанну пять недель сроку и будет ждать Послов наших в мирном бездействии, хотя войско его готово вступить в Россию, пылая нетерпением мужества. Уже знатные сановники Царские, Стольник Князь Иван Сицкий, Думный Дворянин Пивов и Дьяк Петелин ехали в Вильну, когда узнали в Москве, что Баторий с войском в пределах России. «Назначенный срок минул, — писал он к Царю: — ты должен отдать Литве Новгород, Псков, Луки со всеми областями Витебскими и Полоцкими, также всю Ливонию, если желаешь мира».

Сие нападение казалось Иоанну вероломством: по крайней мере он не чаял его в конце лета; советовался с Боярами и спешил отправить гонца (Шевригина) к Императору, даже к Папе, с убеждением, чтобы они вступились за нас; в грамоте к первому доказывал, что Стефан воюет Россию за ее тесную дружбу с Максимилианом; требовал, чтобы Рудольф исполнил свое обещание и прислал уполномоченных в Москву для возобновления союза против общих врагов; жаловался папе на злобу и вероломство Баториево; предлагал ему усовестить, отвести его от ненавистной связи с Турками; уверял, что ревностно желает вместе со всеми Европейскими Государями ополчиться на Султана и быть для того в непрестанных, дружественных сношениях с Римом. Имея силу в руках, но робость в душе, Иоанн унижался исканием чуждого, отдаленного вспоможения, ненужного и невероятного. Он не думал сам выступить в поле; расположил войско единственно для обороны и, не зная, куда устремится Баторий, направлял полки к Новугороду и Пскову, Кокенгузену и Смоленску; занял и берега Оки близ Серпухова, опасаясь Хана. Сия неизвестность продолжалась около двух или трех недель, и Баторий опять явился там, где его не ожидали.

Историк Стефанов с пышным красноречием описывает устройство, ревность войска, одушевленного Гением начальника. Конницею предводительствовали Сенаторы и лучшие Воеводы; многие из знатных чиновников, гражданских и придворных, служили в ней наряду с простыми всадниками. Большая часть пехоты нового набора еще не видала огня: Немецкие и Седмиградские опытные воины составляли ее твердую основу, и между ими отличался бодростию изменник наш, Датский Полковник, Георгий Фаренсбах, который знал силу и слабость Россиян, быв предводителем Иоанновой Ливонской дружины. Неприятель шел болотами и лесами дикими, где 150 лет не ходило войско; где только Витовт в 1428 году умел открыть себе путь к областям Новогородским и где некоторые места еще назывались его именем. Баторий, подобно Витовту, просекал леса, делал гати, мосты, плоты; сражался с трудностями, терпел недостаток; вышел к Велижу, к Усвяту; взял ту и другую крепость, наполненные запасами и, разбив легкий отряд нашей конницы, приступил в исходе Августа к Великим Лукам. Сей город, красивый местоположением, богатый и торговый, ключ древних южных владений Новогородской Державы, обещал знатную добычу корыстолюбивому войску, близостию своею к Витебску и другим Литовским крепостям представляя удобность для осады. Там находилось тысяч шесть или семь Россиян; но в Торопце стоял Воевода Князь Хилков с полками, довольно многочисленными. Были вылазки смелые, иногда и счастливые; в одной из них осажденные взяли знамя Королевское. Хилков, избегая общего сражения, везде стерег Литовцев, хватал их в разъездах, истреблял целыми толпами и ждал других Воевод из Смоленска, Пскова, Новагорода.

В сие время, когда надлежало восстать России и подавить дерзкого Батория, спешили к нему в стан уполномоченные Иоанновы, Князь Сицкий и Пивов, для унизительных договоров. Стефан принял их в шатре, величаво, надменно; сидел в шапке, когда они ему кланялись от Царя; не хотел сказать им учтивого слова. Послы требовали, чтобы Король немедленно снял осаду: вместо ответа загремели пушки Литовские. Тут Послы изъявили снисхождение: сказали, что еще в первый раз Московский Государь начинает переговоры с Литвою вне Москвы; что он будет именовать Стефана братом, если Король возвратит нам Полоцк; соглашались не требовать и Полоцка; уступали Курляндию и двадцать четыре города в самой Ливонии. Но Стефан хотел всех областей Ливонских, даже Великих Лук, Смоленска, Пскова, Новагорода. Тут Сицкий и Пивов, объявив, что уже не могут уступить ничего более, потребовали отпуска или дозволения писать к Иоанну. Отправили гонца в Москву — и в тот же день, Сентября 5, от взрыва башни, наполненной порохом, взлетела на воздух часть крепости; огонь довершил разрушение стен, а меч неприятельский гибель Россиян: Король взял пепелище, омоченное их кровию, покрытое истерзанными телами и членами. Велев немедленно восстановить укрепления сего важного места, он напал на Хилкова близ Торопца и разбил его. В сем жарком деле пленили сановника Царского Григорья Нащокина, употребляемого в Посольствах, Думного Дворянина Черемисинова, любимца Иоаннова, и 200 Детей Боярских. В то же время Литовский Вельможа Филон Кмита с девятью тысячами всадников приближился к Смоленску в надежде сжечь его предместия; но встреченный в поле тамошними храбрыми начальниками, Данилом Ногтевым и Князем Федором Мосальским, бежал, кинув знамена, обоз и 60 легких пушек. Сии единственные наши трофеи, вместе с тремя стами восьмидесятью взятыми пленниками, были посланы в Москву, за что Иоанн наградил Воевод золотыми медалями. Еще Баторий, несмотря на глубокую осень, усильно продолжал войну. Невель, Озерище ему сдалися. Заволочье, крепостию места и мужеством Воеводы Сабурова, держалось и стоило неприятелю дорого; наконец также сдалося, и Баторий выпустил оттуда Россиян с честию. Сим заключился его поход. Войско изнемогало от трудов и недугов; сам Король лежал больной в Полоцке и еще с бледным лицом явился на Сейме Варшавском дать отчет в делах своих. «Радуйтесь победе, — говорил он Панам: — но сего не довольно: умейте пользоваться ею. Судьба предает вам, кажется, все Государство Московское: смелость и надежда руководствуют к великому. Хотите ли быть умеренными? Возьмите по крайней мере Ливонию, которая есть главная цель войны, и присоединенная навеки к Империи ляхов, останется для потомства знаменитым памятником вашего мужества. Дотоле нет для нас мира!» Требуя нового вспоможения людьми и деньгами, Король жаловался Панам, что они не дают ему способов вести войну непрерывно; что время теряется для него в переездах и шумных прениях Сейма, а войско слабеет духом в праздности и Россия отдыхает. Баторий действительно тратил время; но Литовские Воеводы и зимою еще тревожили Россию: внезапным набегом взяли Холм, выжгли Старую Русу, обогатились в ней добычею; в Ливонии взяли Шмильтен; опустошили вместе с изменником Магнусом часть Дерптских и самых Псковских владений. С другой стороны показались и Шведы: завоевали Кексгольм, осадили Падис, где малочисленные Россияне, томимые голодом, ели собак, кошек, даже мертвые тела младенцев, но застрелили Шведского чиновника, предлагавшего им сдать крепость. Там с горстию отчаянных сидел Воевода старец Данило Чихачев. Шведы, овладев замком, нашли в нем не людей, а тени: умертвили всех, кроме одного молодого сановника Князя Михайла Сицкого. В течение зимы они взяли на договор и Везенберг, где находилось около тысячи стрельцов Московских, которые вышли оттуда с одними деревянными иконами.