Сказав в конце Судебника, что законы его не касаются дел старых и не отменяют решений прежних, хотя еще и не исполненных; что новые случаи могут встретиться в судах и произвести новые уставы, которые должны быть приписаны к сему гражданскому Уложению, Иоанн от 1550 до 1580 года издал многие дополнительные указы, важные по тогдашним обстоятельствам Государства: отменив (в 1556 году) судные платежи, вместо их определив жалованье Наместникам, положив общую дань на города и волости, велев разбирать уголовные дела судьям, избранным гражданами и сельскими жителями, Головам, Старостам, Сотским, он запретил судебные поединки во всех случаях, где можно было решить дело свидетельствами или крестным целованием, то есть уничтожил навеки сие древнее обыкновение времен Рыцарства и невежества; уставил наказывать лжесвидетелей кнутом и тяжкою денежною пенею; прибавил следующие статьи к законам: 1) «Если в обыске люди говорят разно, одни за истца, другие за ответчика, то верить большинству голосов, пятидесяти или шестидесяти; если число голосов на обеих сторонах равное, то сделать новый обыск: призвать людей из иных ближних селений, дабы узнать истину. Свидетельство пяти или шести человек, мало известных, недостаточно для обвинения; но слово Боярина, Дьяка и приказного всегда уважается как достоверное. Если истец и ответчик шлются на одного человека, то он решит тяжбу. За ложное свидетельство Боярских и Дворянских людей подвергается их господин Царскому гневу; но если сам господин объявит Царю о лжи их, то невинен. Главное дело Старост есть предупреждать обманы и заговоры в мирских показаниях; в случае небрежения, криводушия, пристрастия сих избранных чиновников — им казнь без милосердия. — 2) Если господин будет искать сносов на вольном человеке, который, служив ему без крепости, оставил его или даже тайно ушел из дому: то не давать суда господину, ибо он может с досады всклепать на слугу невинного, коего держал без кабалы, негласно для закона и неосторожно. — 3) Холоп освобожденный уже не должен служить старому господину, или его отпускная уничтожается. — 4) Если господин присвоивает себе кого в рабы, а сей человек доказывает свою вольность, и будучи отдан на поруку, уйдет: то ручатель платит истцу за беглого четыре рубли, кроме всякого иного иска. — 5) Кто сочинит подложную крепость на вольного человека, тому смертная казнь. — 6) Пленник может быть рабом, но смертию господина освобождается; а дети его всегда свободны, если он не женится на рабе или не даст на себя крепости. Крещеные иноземцы могут идти в кабалу, но только с ведома Казначея Государева, и если они не в Царской службе. — 7) Для взыскания ста рублей долгу назначается месяц сроку, а с человека служивого два месяца: после чего должник неисправный выдается головою истцу до выкупа, но не в вечное рабство». Сие взыскание долгов, называемое правежом, делалось таким образом: Пристав выводил должника разутого на улицу к дверям судной избы и сек его в часы заседания по голой ноге прутом, иногда для вида, иногда больно, до самого того времени, как судьи уезжали домой: обыкновение Азиатское, отмененное Петром Великим. — 8) «С людей служивых взыскивать старые долги в течение пяти лет (от 1558 до 1563) без лихвы, а новые с половинными ростами или 10 на 100: ибо Государь отменяет навсегда старую тягостную лихву (20 на 100). — 9) Взыскание по рядным грамотам должно быть для всех непременное и точное, но без ростов. — 10) Кто не выкупит ручного заклада, того надобно известить, что срок минул, и назначить новый для платежа, неделю или две; ежели и после не выкупит, то нести заклад к Старосте и к Целовальникам, продать честно, не без надежных свидетелей и взять долг с ростами, а лишнее отдать должнику; если же вырученных денег мало для уплаты займа, то остальное взыскать с должника. — 11) Истец-заимодавец не имеет нужды в письменном обязательстве, если ответчик в суде признает себя должником. — 12) Многие заложили свои вотчины с тем, чтобы вместо ростов заимодавцы пахали и сеяли там хлеб: для облегчения должников повелевается возвратить им все такие земли с обязательством не продавать никому и в течение пяти лет удовлетворить заимодавцев, коим, в случае неисправного платежа, снова отдается вотчина». В сем указе говорится о книгах вотчинных, крепостных и закладных, которые находились у Дьяков. —13) «Если жена, умирая, назначит в духовной душеприкащиком мужа своего, то сей духовной не верить: ибо жена в воле мужа: что он велит писать ей, то она и пишет. — 14) Налагать эпитимию на Христиан, которые быв в плену или в неволе, дали клятву не бежать, и бежали: ибо клятвопреступление есть грех смертный, и лучше умереть, нежели нарушить обет священный. — 15) Иногородные, истец с ответчиком, судятся в Москве у Царских Казначеев, буде они из разных городов; а если из одного, то отсылаются к их Наместнику в делах земских, но не в уголовных, судимых на месте преступления. 16) В столице нет ни смертной, ни торговой казни в день большой Панихиды, когда Митрополит обедает у Государя». — Запретив Духовенству покупать недвижимое имение без Царского ведома, Иоанн предписал в сих дополнениях Судебника отнять у Епископов и монастырей все казенные земли, села, рыбные ловли, коими они несправедливо завладели в смутные времена Боярской власти. «Иноки (писал он к Святителю Казанскому Гурию) должны орать не землю, а сердца — сеять не хлеб, а словеса Божественные — наследовать не села, а Царство Небесное… Многие Епископы наши думают о бренном стяжании более, нежели о Церкви». Мысля таким образом, Иоанн смелее деда своего обогащал казну достоянием безмолвного Духовенства.

С сего времени Новый Судебник был общею книгою законов для России до Царствования Алексия Михайловича. Сверх того Иоанн давал областным начальствам грамоты уставные и губные : первые определяли доходы, права, обязанности наместников и других Царских сановников, заключая в себе и важнейшие уголовные статьи Судебника, вместе с некоторыми частными, особенными постановлениями. В одной из них, данной Колмогорским жителям в 1557 году, сказано, что Царь освобождает их от суда наместников с условием, чтобы они вносили в казну ежегодно по двадцати рублей с сохи, то есть, с шестидесяти четырех дворов; что головы Двинские для истребления воровства, разбоев, пьянства, ябеды, должны выбрать Сотских, Пятидесятников, Десятских, которые ответствуют за безопасность и благоустройство в их ведомствах; что ежели головы или народные судьи дерзнут употребить во зло доверенность сограждан, теснить людей, лихоимствовать, то будут казнены смертию; что всякие дела, обыскные и судные, записываются у них земскими Дьяками; что Двиняне вольны сменять судей, и в таком случае обязаны присылать новых в Москву, да целуют крест пред Дьяком Государевым в соблюдении правды. В другой уставной, также Двинской грамоте означена мера дворов, изб, ледников и всего, что жители должны были выстроить для Наместников и Тиунов. — Слово губа знаменовало в древнем Немецком праве усадьбу, а в нашем волость или ведомство: губные грамоты давались областным судьям и содержали в себе единственно уголовные законы; в них предписывалось Старостам, Губным Целовальникам и Дьякам начинать исправление своей должности обыском или съездом с знатнейшими жителями их волости: с Князьями, Детьми Боярскими, Архимандритами, Игуменами, Иереями, и с поверенными каждой выти, или участка, обязанными под крестным целованием заявить всех известных им воров и лихих людей. Сии показания вносились в книгу; обвиняемых предавали суду, пытали: достояние их описывали для удовлетворения истцев; кто винился, того казнили по Судебнику; кто запирался, не мог быть уличен верными свидетельствами и представлял за себя надежных ручателей, того освобождали; не уличенных совершенно, но сильно подозреваемых сажали навсегда в темницу; кто решительно одобрял человека судимого уголовным судом, тот имением и жизнию ответствовал за его будущие преступления. Стараясь обуздать злодеев для спокойствия честных граждан, Иоанн лучше хотел быть жестоким, нежели слабым, в противность новейшей мысли Российского уголовного законодательства, что лучше десять виновных оставить без наказания, нежели казнить одного безвинного.