Когда Феодор, утомленный мирским великолепием, искал отдохновения в набожности; когда, прервав блестящие забавы и пиры, в виде смиренного богомольца ходил пешком из монастыря в монастырь, в Лавру Сергиеву и в иные Святые Обители, вместе с супругою, провождаемою знатнейшими Боярынями и целым полком особенных Царицыных телохранителей (пышность новая, изобретенная Годуновым, чтобы вселить в народ более уважения к Ирине и к ее роду)… в то время Правительство уже неусыпно занималось важными делами государственными, исправляло злоупотребления власти, утверждало безопасность внутреннюю и внешнюю. Во всей России, как в счастливые времена Князя Ивана Бельского и Адашева, сменили худых наместников, Воевод и судей, избрав лучших; грозя казнию за неправду, удвоили жалованье чиновников, чтобы они могли пристойно жить без лихоимства; вновь устроили войско и двинули туда, где надлежало восстановить честь оружия или спокойствие отечества. Начали с Казани. Еще лилась кровь Россиян на берегах Волги, и бунт кипел в земле Черемисской: Годунов более умом, нежели мечем, смирил мятежников, уверив их, что новый Царь, забывая старые преступления, готов, как добрый отец, миловать и виновных в случае искреннего раскаяния; они прислали старейшин в Москву и дали клятву в верности. Тогда же Борис велел строить крепости на Горной и Луговой стороне Волги, Цывильск, Уржум, Царев-город на Кокшаге, Санчурек и другие, населил оные Россиянами, и тем водворил тишину в сей земле, столь долго для нас бедственной.

Усмирив Казанское Царство, Годунов довершил завоевание Сибирского. Еще не зная о гибели Ермака, но зная уменьшение его сил от болезней и голода, он немедленно послал туда Воеводу Ивана Мансурова с отрядом стрельцов, а вслед за ним и других, Василия Сукина, Ивана Мясного, Данила Чулкова с знатным числом ратников и с огнестрельным снарядом. Первый встретил наших Сибирских витязей, Атамана Матвея Мещеряка с остатком Ермаковых сподвижников, на реке Type. «Доблие Козаки ожили радостию», — говорит Летописец: не боясь новых опасностей и битв, ужасаясь единственно мысли явиться в отечестве бедными изгнанниками, с вестию о завоевании утраченном, они, исполненные мужества и надежды, возвратились к устью Тобола, но не могли взять Искера, где властвовал уже не старец Кучюм, а юный, бодрый Князь Сейдяк, его победитель: сведав о бегстве Козаков, он собрал толпы ногаев, преданных ему Татар Сибирских, выгнал Кучюма и, слыша о новом приближении Россиян, стоял на берегу Иртыша с войском многочисленным, готовый к усильному бою. Козаки предложили Мансурову плыть далее Иртышом, несмотря на осеннее время, холод и морозы. Там, где сия река впадает в Обь, они вышли на берег и сделали деревянную крепость: пишут, что Остяки, думая взять оную, принесли с собою славного Белогорского идола, или Шайтана, начали ему молиться под деревом и разбежались от ужаса, когда Россияне пушечным выстрелом сокрушили сей кумир обожаемый. — Воеводы Сукин и Мясной остановились на берегу Туры, и на месте городка Чингия основали нынешний Тюмень. Чулков же, не находя сопротивления или преодолев оное, заложил Тобольск, и в нем первую церковь Христианскую (в 1587 году); известил о том Воеводу Мансурова, Атамана Мещеряка, соединился с ними, разбил Князя Сейдяка, дерзнувшего приступить к Тобольской крепости, взял его в плен раненного, весь обоз, все богатство, и сею победою, которая стоила жизни последнему Ермакову Атаману, Никите Мещеряку, довершил падение Ногайского Иртышского Царства. Искер опустел, и Тобольск сделался новою столицею Сибири. Другое же, менее вероятное предание славит не мужество, а хитрость Воеводы Чулкова, весьма не достохвальную: узнав, как пишут, что Сейдяк, друг его, Царевич Киргизский Ураз-Магмет, и Мурза-Карача вышли из Искера с пятьюстами воинами, и на Княжеском лугу, близ Тобольска, увеселяются птичьею ловлею, Воевода пригласил их к себе в гости, связал и послал в Москву. — Еще изгнанник Кучюм держался с шайками Ногаев Тайбугина Улуса в степи Барабинской, жег селения, убивал людей в волостях Курдацкой, Салынской, в самых окрестностях Тобола: чтобы унять сего разбойника, новый Сибирский Воевода, Князь Кольцов-Мосальский, ходил во глубину пустынь Ишимских и близ озера Чили-Кула (1 Августа 1591) истребил большую часть его конницы, захватив двух жен Ханских и сына, именем Абдул-Хаира. Тщетно государь, желая водворить тишину в своем новом, отдаленном Царстве, предлагал Кучюму жалованье, города и волости в России; обещал даже оставить его Царем в земле Сибирской, если он с покорностию явится в Москве. О том же писал к отцу и пленник Абдул-Хаир, славя великодушие Феодора, который дал ему и Царевичу Маметкулу богатые земли в собственность, любя живить смертных и миловать виновных. Оставленный двумя сыновьями, Ногайскими союзниками и знатным Чин-Мурзою (который выехал к нам вместе с матерью Царевича Маметкула), Кучюм гордо ответствовал на предложения Феодоровы: «Я не уступал Сибири Ермаку, хотя он и взял ее. Желая мира, требую Иртышского берега». Но бессильная злоба Кучюмова не мешала Россиянам более и более укрепляться в Сибири заложением новых городов от реки Печоры до Кета и Тары, для безопасного сообщения с Пермию и с Уфою, тогда же построенною, вместе с Самарою, для обуздания Ногаев. В 1592 году, при Тобольском Воеводе Князе Федоре Михайловиче Лобанове-Ростовском, были основаны Пелым, Березов, Сургут; в 1594 — Тара, в 1596 — Нарым и Кетский Острог, неодолимые твердыни для диких Остяков, Вогуличей и всех бывших Кучюмовых Улусников, которые иногда еще мыслили о сопротивлении, изменяли и не хотели платить ясака: так в грамотах Царских упоминается о мятеже Пелымского Князя Аблегирима, коего велено было Воеводе нашему схватить хитростию или силою и казнить вместе с сыном и с пятью или шестью главными бунтовщиками Вогульскими. Кроме воинов, стрельцов и Козаков, Годунов посылал в Сибирь и земледельцев из Перми, Вятки, Каргополя, из самых областей Московских, чтобы населить пустыни и в удобных местах завести пашню. Распоряжениями благоразумными, обдуманными, без усилий тягостных, он навеки утвердил сие важное приобретение за Россиею, в обогащение Государства новыми доходами, новыми способами торговли и промышленности народной. Около 1586 года Сибирь доставляла в казну 200000 соболей, 10000 лисиц черных и 500000 белок, кроме бобров и горностаев.

В делах внешней Политики Борис следовал правилам лучших времен Иоанновых, изъявляя благоразумие с решительностию, осторожность в соблюдении целости, достоинства, величия России. Два Посла были в Москве свидетелями Феодорова воцарения: Елисаветин и Литовский. «Кончина Иоаннова (пишет Баус) изменила обстоятельства и предала меня в руки главным врагам Англии: Боярину Юрьеву и Дьяку Андрею Щелкалову, которые в первые дни нового Царствования овладели Верховною Думою. Меня не выпускали из дому, стращали во время бунта Московского, и Щелкалов велел мне сказать в насмешку: «Царь Английский умер! Борис Годунов, наш доброжелатель, еще не имел тогда власти». В начале Маия объявили Баусу, что он может ехать назад в Англию; представили его Царю, отпустили с честию, с дарами и с дружелюбным письмом, в коем Феодор говорил Елисавете: «Хотя дело о сватовстве и тесном союзе с Англиею кончилось смертию моего родителя, однако ж искренно желаю твоей доброй приязни, и купцы Лондонские не лишаются выгод, данных им последнею жалованною грамотою». Но Баус в безрассудной досаде не хотел взять ни письма, ни даров Царских; оставил их в Колмогорах, и вместе с медиком Робертом Якоби уехал из России. Удивленный такою дерзостию, Феодор послал гонца Бекмана к Королеве; жаловался на Бауса; снова предлагал ей дружбу, обещая милость купцам Английским, с условием, чтобы и наши могли свободно торговать в Англии. Сей гонец долго жил в Лондоне, не видя Елисаветы; наконец увидел в саду, где и вручил ей письмо Государево. «Для чего нынешний Царь (спросила Королева) не любит меня? Отец его был моим другом; а Феодор гонит наших купцев из России». Слыша от Бекмана, что Царь не гонит их, но жалует, и что они платят казне вдвое менее иных чужеземных купцев в России, Елисавета написала в ответ к Феодору. «Брат любезнейший! с неизъяснимою скорбию узнала я о преставлении великого государя, отца твоего, славныя памяти, и моего нежнейшего друга. В его время смелые Англичане, открыв морем неизвестный дотоле путь в отдаленную страну вашу, пользовались там важными правами, и если обогащались, то не менее и Россию обогащали, благодарно хваляся покровительством Иоанновым. Но имею утешение в печали: гонец твой уверил меня, что сын достоин отца, наследовав его правила и дружество к Англии. Тем более сожалею, что посол мой Баус заслужил твое негодование: муж испытанный в делах государственных, как здесь, так и в иных землях, — всегда скромный и благоразумный. Удивляюся, хотя и верю твоим жалобам, которые могут быть изъяснены досадами, сделанными ему одним из твоих Советников Думных (Дьяком Щелкановым) явным доброхотом гостей Немецких. Но взаимная наша любовь не изменится от сей неприятности. Требуешь свободной торговли для купцев Российских в Англии: чего никогда не бывало, и что несовместно с пользою наших; но мы и тому не противимся, если ты исполнишь обещание Иоанново и дашь новую жалованную грамоту, для ислючительной торговли в своем Царстве обществу Лондонских купцев, нами учрежденному, не позволяя участвовать в ее выгодах другим англичанам». Не весьма довольный ответом Елисаветы, ни холодным приемом Бекмана в Лондоне, но желая сохранить полезную связь с ее Державою, Царь велел (в Сентябре 1585 года) ехать к Королеве Английскому купцу, Иерониму Гросею, чтобы объясниться с нею удовлетворительнее и выбором такого посланника доказать ей искренность нашего доброго расположения. «Пределы России, — писал Феодор к Елисавете с Горсеем, — открыты для вольной торговли всех народов, сухим путем и морем. К нам ездят купцы Султановы, Цесарские, Немецкие, Испанские, Французские, Литовские, Персидские, Бухарские, Хивинские, Шамахинские и многие иные, так что можем обойтися и без Англичан, и в угодность им не затворим дорог в свою землю. Для нас все равны; а ты, слушаясь корыстолюбивых гостей Лондонских, не хочешь равнять с ними и других своих подданных! Говоришь, что у вас никогда не бывало наших людей торговых — правда: ибо они и дома торгуют выгодно; следственно, могут и впредь не ездить в Англию. Мы рады видеть купцев Лондонских в России, если не будешь требовать для них исключительных прав, несогласных с уставами моего Царства». Сии Феодоровы мысли о вольной торговле удивили Английского Историка, Юма, который находил в них гораздо более истины и проницания, нежели в Елисаветиных понятиях о купечестве.