Уже самый первый слух о бегстве расстриги встревожил Московскую чернь, которая, три дня терзав мертвого лжецаря, не знала, верить ли или не верить его спасению: ибо думала, что он, как известный чародей, мог ожить силою адскою или в час опасности сделаться невидимым и подставить другого на свое место; некоторые даже говорили, что человек, убитый вместо Лжедимитрия, походил на одного молодого Дворянина, его любимца, который с сего времени пропал без вести. Действовала и любовь к чудесному и любовь к мятежам: “чернь Московская (пишут свидетели очевидные) была готова менять Царей еженедельно, в надежде доискаться лучшего или своевольствовать в безначалии” — и люди, обагренные, может быть, кровию Самозванца, вдруг начали жалеть о его днях веселых, сравнивая их с унылым царствованием Василия! Но легковерие многих и зломыслие некоторых не могли еще произвести общего движения в пользу расстриги там, где он воскрес бы к ужасу своих изменников и душегубцев, — где все, от Вельмож до мещан, хвалились его убиением. Клевреты Шаховского в столице желали единственно волнения, беспокойства народного и вместе с слухами распространяли письма от имени Лжедимитрия, кидали их на улицах, прибивали к стенам: в сих грамотах упрекали Россиян неблагодарностию к милостям великодушнейшего из Царей, и сказывали, что Димитрий будет в Москве к Новому году. Государь велел искать виновников такого возмущения; призывали всех Дьяков, сличали их руки с подметными письмами и не открыли сочинителей.

Еще Правительство не уважало сих козней, изъясняя оные бессильною злобою тайных, малочисленных друзей расстригиных; но сведав в одно время о бунте южной России и Сендомирском Самозванце, увидело опасность и спешило действовать — сперва убеждением. Василий послал Крутицкого Митрополита Пафнутия в Северскую землю, образумить ее жителей словом истины и милосердия, закона и совести: Митрополита не приняли и не слушали. Царица-Инокиня Марфа, исполненная ревности загладить вину свою, писала к жителям всех городов украинских, свидетельствуя пред Богом и Россиею, что она собственными глазами видела убиение Димитрия в Угличе и Самозванца в Москве; что одни Ляхи и злодеи утверждают противное; что Царь великодушный дал ей слово покрыть милосердием вину заблуждения; что не только возмущенные, но даже и возмутители могут жить безопасно и мирно в домах своих, если изъявят раскаяние; что она шлет к ним брата, Боярина Григория Нагого, и святый образ Димитриев, да услышат истину, да зрят Ангельское лице ее сына, который был рожден любить, а не терзать отечество смутами и злодействами. Ни грамоты, ни посольства не имели успеха. Бунт кипел; остервенение возрастало. Действуя неусыпно, Шаховской звал всю Россию соединиться с Украйною; писал указы именем Димитрия и прикладывал к ним печать государственную, которую он похитил в день Московского мятежа. Рать изменников усиливалась и выступала в поле, с Воеводою достойным такого начальства, холопом Князя Телятевского, Иваном Болотниковым. Сей человек, взятый в плен Татарами, проданный в неволю Туркам и выкупленный Немцами в Константинополе, жил несколько времени в Венеции, захотел возвратиться в отечество, услышал в Польше о мнимом Димитрии, предложил ему свои услуги и явился с письмом от него к Князю Шаховскому в Путивле. Внутренно веря или не веря Самозванцу, Болотников воспламенил других любопытными о нем рассказами; имея ум сметливый, некоторые знания воинские и дерзость, сделался главным орудием мятежа, к коему пристали еще двое Князей Мосальских и Михайло Долгорукий.

Видя необходимость кровопролития, Василий велел полкам идти к Ельцу и Кромам. Предводительствовали Боярин Воротынский, сын отца столь знаменитого, и Князь Юрий Трубецкой, Стольник, удостоенный необыкновенной чести иметь мужей думных под своими знаменами. Воротынский близ Ельца рассеял шайки мятежников; но чиновник Царский, везя к нему золотые медали в награду его мужества, вместо победителей встретил беглецов на пути. Где некогда сам Шуйский с сильным войском не умел одолеть горсти изменников и где измена Басманова решила судьбу отечества, там, в виду несчастных Кром, Болотников напал на 5000 царских всадников: они, с Князем Трубецким, дали тыл; за ними и Воротынский ушел от Ельца; винили, обгоняли друг друга в срамном бегстве и, как бы еще имея стыд, не хотели явиться в столице: разъехались по домам, сложив с себя обязанность чести и защитников Царства.

Победитель Болотников ругался над пленными: называл их кровопийцами, злодеями, бунтовщиками, а Царя Василия Шубником, велел одних утопить, других вести в Путивль для казни; некоторых сечь плетьми и едва живых отпустить в Москву; шел вперед и восстановлял державу Самозванца. Орел, Мценск, Тула, Калуга, Венев, Кашира, вся земля Рязанская пристали к бунту, вооружились, избрали начальников: сына Боярского Истому Пашкова, Веневского Сотника; Григория Сунбулова, бывшего Воеводою в Рязани, и тамошнего Дворянина Прокопия Ляпунова, дотоле неизвестного, отселе знаменитого, созданного быть Вождем и повелителем людей в безначалии, в мятежах и бурях, — одаренного красотою и крепостию телесною, силою ума и духа, смелостию и мужеством. Сие новое войско отличалось ревностию чистейшею, составленное из граждан, владельцев, людей домовитых. Быв первыми, усерднейшими клевретами Басманова в измене Феодору, они хотя и присягнули Василию, но осуждали дело Москвитян, убиение расстриги, и думали, что присяга Шуйскому сама собою уничтожается, когда жив Димитрий, старейший и следственно один Венценосец законный. Но ревность их также вела к злодействам: лилась кровь воинов и граждан, верных чести и Василию. Рязанский Наместник Боярин Князь Черкасский, Воеводы Князь Тростенский, Вердеревский, Князь Каркадинов, Измайлов, были скованные отправлены Ляпуновым в Путивль на суд или смерть. Разбойники Северские жгли, опустошали селения; грабя, не щадили и святыни церквей; срамили человечество гнуснейшими делами. Ужас распространял измену, как буря пламень, с неимоверною бысторою, от пределов Тулы и Калуги к Смоленску и Твери: Дорогобуж, Вязьма, Ржев, Зубцов, Старица предались тени Лжедимитрия, чтобы спастися от ярости мятежников; но Тверь, издревле славная в наших летописях верностию, не изменила: достойный ее Святитель Феоктист, великодушно негодуя на слабость Воевод, явился бодрым Стратигом: ополчил Духовенство, людей приказных, собственных детей Боярских, граждан, разбил многочислненную шайку злодеев и послал к Государю несколько сот пленных.

Встревоженный бегством Воевод от Ельца и Кром, бегством чиновников и рядовых от Воевод и знамен, — наконец силою, успехами бунта, Василий еще не смутился духом, имея данное ему от природы мужество, если не для одоления бедствий, то по крайней мере для великодушной гибели. Летописец говорит, что Царь без искусных Стратигов и без казны есть орел бескрылый, и что таков был жребий Шуйского. Борис оставил преемнику казну и только одного славного храбростию Воеводу, Басманова-изменника: Лжедимитрий-расточитель не оставил ничего, кроме изменников; но Василий делал, что мог. Объявив всенародно о происхождении мятежа — о нелепой басне расстригина спасения, о сонмище воров и негодяев, коим имя Димитрия служит единственно предлогом для злодейства, в самых тех местах, где жители, ими обманутые, встречают их как друзей, — Царь выслал в поле новое сильнейшее войско и, как бы спокойным сердцем, как бы в мирное, безмятежное время, удумал загладить несправедливость современников в глазах потомства: снять опалу с памяти Венценосца, хотя и ненавистного за многие дела злые, но достойного хвалы за многие государственные благотворения: велел, пышно и великолепно, перенести тело Бориса, Марии, юного Феодора, из бедной обители Св. Варсонофия в знаменитую Лавру Сергиеву. Торжественно огласив убиение и святость Димитрия, Шуйский не смел приблизить к его мощам гроб убийцы и снова поставить между царскими памятниками; но хотел сим действием уважить законного Монарха в Годунове, будучи также Монархом избранным; хотел возбудить жалость, если не к Борису виновному, то к Марии и к Феодору невинным, чтобы произвести живейшее омерзение к их гнусным умертвителям, сообщникам Шаховского, жадным к новому Цареубийству. В присутствии бесчисленного множества людей, всего Духовенства, Двора и Синклита, открыли могилы: двадцать Иноков взяли раку Борисову на плечи свои (ибо сей Царь скончался Иноком); Феодорову и Мариину несли знатные сановники, провождаемые Святителями и Боярами. Позади ехала, в закрытых санях несчастная Ксения и громко вопила о гибели своего Дома, жалуясь Богу и России на изверга Самозванца. Зрители плакали, воспоминая счастливые дни ее семейства, счастливые и для России в первые два года Борисова Царствования. Многие об нем тужили, встревоженные настоящим и страшася будущего. В Лавре, вне церкви Успения, с благоговением погребли отца, мать и сына; оставили место и для дочери, которая жила еще 16 горестных лет в Девичьем монастыре Владимирском, не имея никаких утешений, кроме небесных. Новым погребением возвращая сан Царю, лишенному оного в могиле, думал ли Василий, что некогда и собственные его кости будут лежать в неизвестности, в презрении, и что великодушная жалость, справедливость и политика также возвратят им честь Царскую?