В декабре 1863 года Бутков официально направил Д. Н. Замятнину проекты Судебных уставов. В соответствии с высочайшим повелением, министерство должно было представить все имеющиеся замечания по проектам в Государственный совет. Со своей стороны Замятнин получил согласие императора на то, чтобы направить в Государственный совет как письменные, так и устные замечания, чтобы все материалы поступили также на заключение обер-прокуроров и Сенаторов, как «лиц, обладающих обширными юридическими познаниями и практическою в судебных делах опытностью», и, наконец, чтобы его товарищ Стояновский присутствовал на всех заседаниях Государственного совета и имел право «представлять свои объяснения по проектам».

Д. Н. Замятнин близко к сердцу принял дело великой реформы. Вот что писал по этому поводу А. Ф. Кони: «Когда повеяло новым духом и вокруг Замятнина заговорили о необходимости реформы, он чуткой совестью почувствовал и здравым умом ясно представил себе, в чем должна состоять его задача, и, несмотря на влиятельные предостережения из среды «умеренности и аккуратности», решительно склонился в сторону смелого проведения в наш суд широких и новых начал… По трудным и новым вопросам реформы он прямодушно пользовался советами и указаниями счастливо сгруппированных им около себя честных и знающих подчиненных и сотрудников. Далекий от ложного самолюбия и не боясь уронить свое официальное достоинство, он, действуя таким образом, давал своим противникам повод злобно заявлять, что он «дает себя начинять департаментским либералам». В этом умалении своего министерского «я», в готовности участия, как надо служить делу, благому значению которого веришь, состоит высокая заслуга Замятнина пред выработкою основоположений русского правосудия».

Проекты Судебных уставов и замечания на них рассматривались в Государственном совете до 2 октября 1864 года. В начале ноября уставы были одобрены общим собранием Совета. 20 ноября 1864 года последовал высочайший указ об их утверждении.

Судебные уставы включили в себя 4 основных закона: Учреждение судебных установлений, определяющее порядок судоустройства; Устав гражданского судопроизводства; Устав уголовного судопроизводства и Устав о наказаниях, налагаемых мировыми судьями, — своеобразный кодекс о незначительных уголовных и административных правонарушениях.

19 октября 1865 года император подписал указ Правительствующему Сенату о введении уставов в округах Санкт-Петербургской и Московской судебных палат в течение 1866 года. Наряду с этим он утвердил Положение о введении в действие Судебных уставов, а также временные штаты кассационных департаментов Правительствующего сената и судебных установлений в тех же округах.

Судебная реформа коренным образом изменила судоустройство, процессуальное и, в определенной части, материальное право Российской империи. Составной частью реформы стало и преобразование прокурорского надзора.

В Учреждении судебных установлений прокуратуре посвящен третий раздел, озаглавленный «О лицах прокурорского надзора». Статья 124 устанавливала: «Прокурорский надзор вверяется обер-прокурорам, прокурорам и их товарищам под высшим наблюдением министра юстиции как генерал-прокурора». Прокуроры учреждались при всех судебных палатах и окружных суда х. Обер-прокуроры состояли при кассационных (уголовном и гражданском) департаментах Правительствующего сената и общем собрании Сената. Закон устанавливал, что «при заявлении судебным местам своих по делам заключений лица прокурорского надзора действуют единственно на основании своего убеждения и существующих законов».

Не все прогрессивные юристы были согласны с ликвидацией губернской прокуратуры. Вот что писал по этому поводу А. Ф. Кони: «Должность эта (губернского прокурора. — Авт.), составляя наследие петровских времен и одно из лучших украшений екатерининских учреждений, имела огромное значение в нашем дореформенном строе. Упразднение связанных с нею прав и обязанностей по надзору за ходом несудебных дел следует признать большою ошибкою составителей Судебных уставов. Совершенное изменение в характере деятельности прокурора, придавая ему «обвинительную обособленность», может быть, и выходило красивым с теоретической точки зрения, но противоречило условиям нашей административной жизни и шло вразрез с внутренними потребностями нашего губернского строя. В торопливом осуществлении страстного желания поскорее расчистить для новых насаждений место, поросшее бурьяном и полусгнившими деревьями, был срублен дуб, стоявший на страже леса…»

Д. Н. Замятнин сумел подобрать на новые должности, особенно председателей судов и прокуроров, значительное число квалифицированных юристов, и что самое главное, — людей с высокими нравственными качествами, беззаветно преданных делу судебной реформы. Многие из них стали украшением российской юстиции. Обер-прокурорами кассационных департаментов Правительствующего сената одними из первых были назначены М. Е. Ковалевский (уголовного), Д. Г. Дервиз (гражданского). Первым прокурором Санкт-Петербургской судебной палаты стал Я. Я. Чемадуров, а Московской судебной палаты — Д. А. Ровинский.

…К весне 1866 года все подготовительные работы по устройству новых судов были завершены. 14 апреля император Александр II лично посетил здание Санкт-Петербургской судебной палаты. Замятнин представил ему недавно назначенных судебных деятелей. После осмотра здания, на встрече с судьями и прокурорами, император сказал: «Я надеюсь, господа, что вы оправдаете оказанное вам доверие и будете исполнять новые ваши обязанности добросовестно, по долгу чести и верноподданической присяги, что, впрочем, одно и то же. Итак, в добрый час, начинайте благое дело».

Через два дня здание Санкт-Петербургских судебных установлений было освящено. 17 апреля 1866 года в столице состоялось торжественное открытие новых судов. Впоследствии Дмитрий Николаевич не раз повторял, что это был лучший день в его жизни.

23 апреля 1866 года в торжественной обстановке были открыты и Московские судебные установления, а в ноябре и декабре того же года — все 14 окружных судов Санкт-Петербургской и Московской судебных палат. Новые суды почти сразу же завоевали доверие и уважение самой широкой общественности. Многие газеты с восторгом писали об их деятельности, рассказывали о первых гласных судебных процессах. Публика забивала залы судебных заседаний до отказа.

После открытия новых судов в Петербурге и Москве Замятнин не смог долго удерживать за собой пост министра юстиции и генерал-прокурора. Самостоятельный и независимый суд устраивал далеко не всех в правительстве Александра II. Переход от старых порядков к новым оказался слишком резким и крутым. Исподволь начались нападки не только на недавно зародившиеся судебные установления, но и на одного из активнейших проводников судебной реформы — Д. Н. Замятнина. По мнению Г. А. Джаншиева деятельность Замятнина стала «неприятной и даже ненавистной» для партий, враждебных реформам.

В самом начале 1867 года неожиданно для Замятнина у него забрали надежного помощника и единомышленника, товарища министра юстиции Н. И. Стояновского. На его место был назначен псковский губернатор граф К. И. Пален, известный своими консервативными взглядами, один из противников судебной реформы. При этом Замятнину было недвусмысленно заявлено, чтобы он готовил Палена в министры.

Когда А. Н. Куломзин (зять и будущий биограф Замятнина), узнав об этом, сказал, что не следовало ли бы ему немедленно подать рапорт об отставке, Дмитрий Николаевич возразил: «Я воспитан в старых правилах и буду служить моему государю, доколе это будет ему угодно, но, не беспокойся, к Пасхе Пален будет готов».

И действительно, в марте 1867 года Замятнин доложил императору, что граф Пален подготовлен к занятию должности министра юстиции. Однако рапорт об отставке не подавал. Своей принципиальностью он все более и более раздражал Александра II. Однажды императору не понравилась позиция по одному делу Сенатора Любошинского. Государь потребовал от Замятнина его увольнения. На это Дмитрий Николаевич спокойно сказал, что члены судов, в том числе и Сенаторы, пользуются правом несменяемости. «Но не для меня», — резко оборвал его Александр II. Указ был составлен и подан императору, однако тот вернул его неподписанным.