Хотя внешне Цезарь продолжал делить власть со своими соправителями, поражение Луция превратило его в единодержавного правителя Италии и всех западных провинций: многие сторонники Антония, а также его полководцы со своими легионами бежали из страны. Галлию и Испанию Цезарь присоединил к себе. Одиннадцать легионов Антония, расположенных здесь, перешли на его сторону.
Обеспокоенный всем этим Антоний отправился из Египта в Италию. Когда ему не позволили высадиться в Брундизии, он заключил союз с Помпеем и начал против Цезаря неприятельские действия. Сам Антоний осадил Брундизий и занял на Италийском берегу Сипунт и Авзонии, а Помпей захватил Сардинию, причем два стоящих здесь легиона сдались ему без боя. Цезарь имел к этому времени в своем распоряжении 40 легионов, но далеко не был уверен в том, что все они сохранят ему верность, если дело дойдет до решительного сражения с Антонием. К тому же он не располагал ни одним кораблем, не располагал и возможностью построить флот, так что опасался, как бы его противники, владевшие 500 кораблей, не блокировали разоренной войной Италии и не вызвали там голода.
Все эти причины, а также то обстоятельство, что и войско и сами полководцы были утомлены бесконечными войнами, заставили обе стороны искать мира. При содействии друзей Антоний и Цезарь встретились в Брундизии и заключили между собой новый договор. Все римское государство они поделили на три части, так что Цезарю достались все провинции, западнее иллирийского города Скодра, а Антонию — все, находящиеся на востоке от него. Африка осталась за Лепидом. Цезарю предназначена была война с Помпеем, а Антонию — с парфянами. Поскольку Фульвия, жена Антония, недавно умерла, договорились, что Антоний женится на Октавии, сестре Цезаря. После этого оба триумвира отправились в Рим и отпраздновали там свадьбу.
Между тем Рим страдал от голода, так как купцов с востока удерживал страх перед Помпеем и Сицилией, а с запада — то обстоятельство, что Сардиния и Корсика были также в руках Помпея; из Африки хлеб не приходил, так как те же враги господствовали на обоих морских берегах. Цены на все продукты в Риме поднялись, и так как причину бедствия видели во вражде между вождями, то их бранили и требовали примирения с Помпеем. Но Цезарь на это не соглашался и готовился к войне. Чтобы собрать средства на нее, он издал закон всем владеющим рабами выплатить за каждого из них в казну по двенадцать с половиной драхм, а также обложил податью лиц, вступающих во владение наследством. Приказ этот был встречен взрывом негодования в народе. В Риме собралась огромная толпа возмущенных; когда же Цезарь вышел к ней, чтобы обратиться с речью, в него полетели камни. Антоний поспешил было ему на помощь, но тоже был встречен градом камней. Тогда он вызвал значительный отряд и солдаты разогнали толпу, многих при этом перебив и поранив. Трупы несчастных Цезарь велел бросить в Тибр. Так прекращена была эта смута, но голод продолжал нарастать и к зиме достиг наивысшей силы.
Цезарь принужден был уступить. Весной 39 г. до Р.Х. он согласился начать мирные переговоры с Помпеем. Помпей с флотом прибыл к Дикеархию. С рассветом вбили посреди моря на небольшом расстоянии колья, настлали на эти колья доски и устроили таким образом два настила. На один из них взошли Цезарь с Антонием, на другой — Помпей с Либоном (он был посредником при переговорах). Переговоры оказались нелегкими. На Сицилию к этому времени бежали многие из проскрибированных. Помпей требовал, чтобы к изгнанию были присуждены лишь убийцы Цезаря, а остальным была дарована амнистия и возвращено их имущество. Цезарь и Антоний согласились с трудом на возвращение им четвертой части имущества. После этого заключен был мир. Помпей обещал не препятствовать торговле, но сохранил под своей властью Сицилию, Сардинию, Корсику и Пелопоннес на тех же основаниях, на каких триумвиры владели своими провинциями. Его ветеранам обещаны были такие же награды, как и ветеранам триумвиров. Все бежавшие к нему из Италии рабы получили свободу, но тех, что бежали после заключения договора, он должен был вернуть их хозяевам. Свои чрезвычайные полномочия триумвиры продлевали еще на четыре года, а затем должны были возвратить управление народу.
Этот договор Цезарь заключил с большой неохотой под давлением обстоятельств. Продемонстрировав свое миролюбие, он вместе с тем продолжал тайно враждовать с Помпеем. Пелопоннес, который следовал тому по договору, он соглашался передать не иначе, как по выплате греками всех наложенных на них податей. Возмущенный этим Помпей вновь начал разбои на море, голод в Италии возобновился, но Цезарь всецело возлагал вину за это на коварного Помпея, а также на нерадивость римлян, которые вместо того, чтобы оружием завоевать себе моря, предпочли получать подачки из рук врагов. И действительно, ему удалось переломить в свою сторону общественное мнение: римляне громко говорили, что мир не принес с собой облегчения, а только посадил им на шею четвертого тирана. В это время Менодор, которому Помпей сначала доверил управление Корсикой и Сардинией, а потом стал подозревать без всякого основания в измене, поспешил перейти на сторону Цезаря вместе со своим флотом, обоими островами и тремя легионами пехоты. Цезарь принял его, и мир оказался окончательно разорван.
Поскольку Помпея нельзя было победить иначе как на море, Цезарь приказал строить корабли в Риме и в Равенне. В 38 г. до Р.Х., когда все было готово, он переправился из Тарента в Регий. Помпей ждал его у Мессены всего с 40 кораблями (нападение произошло неожиданно, и главные силы еще не успели к нему подойти). Цезарь, однако, не решился завязывать сражение в узком проливе. К тому же он поджидал флот Менодора. От Регия он поплыл на север вдоль берегов пролива. Между тем Помпей, успевший собрать большую часть своих кораблей, настиг флот Цезаря у Схиллея и прижал его к скалистому неприступному берегу. Корабли стали наталкиваться друг на друга, налетать на скалы и наполняться водой. Ночь и подход кораблей Менодора не позволили Помпею довершить разгром, но и без того положение флота Цезаря было отчаянное.
Сам он соскочил с корабля на прибрежные скалы, принимал выплывавших из моря и провожал их на ближайшую гору. Спасшиеся провели ночь на голом скалистом берегу, без пищи и слуг, испытав все лишения. Цезарь, находившийся в таком же положении, обходил их, убеждая потерпеть до зари. Все его рабы разбежались, и у него поначалу даже не было палатки, где бы он мог отдохнуть. На другой день разразилась сильнейшая буря. Помпей успел укрыться со своими кораблями в Мессене, а флот Цезаря был почти полностью уничтожен непогодой (Аппиан: 17; 3, 12, 19, 22, 24, 30-34, 47-52, 56, 65-69, 71-72, 77, 80, 84-90).
Среди этих несчастий произошло радостное для Цезаря событие — после многих неудач, он наконец нашел себе спутницу жизни. В юности он был помолвлен с дочерью Публия Сервилия Исаврика. Однако после первого примирения с Антонием, когда их воины потребовали, чтобы оба полководца вступили в родственную связь, Цезарь взял в жены Клавдию, падчерицу Антония, дочь Фульвии от Публия Клодия, хотя она едва достигла брачного возраста. Поссорившись со своей тещей Фульвией, Цезарь, не тронув жены, отпустил ее девственницей. Вскоре он женился на Скрибонии, которая уже была замужем за двумя консулами и от одного имела детей; но и с нею он развелся в самый день рождения дочери Юлии, как он сам писал, «устав от ее дурного нрава». Теперь же Цезарь увлекся Ливией Друзиллой, женой Тиберия Нерона. Он отнял ее беременной у мужа, женился на ней, и любил ее, как никого, почитая до самой смерти (Светоний: «Август»; 62).
В следующем году война с Помпеем продолжалась. В крайности Цезарь вынужден был обратиться за помощью к Антонию. В начале весны 37 г. до Р.Х. Антоний приплыл для переговоров в Тарент. Поначалу отношения между соправителями были натянутые: Цезарь жаловался, что Антоний задержал свою помощь на такой долгий срок. Антоний послал вперед себя жену, и Октавия сумела смягчить брата. Триумвиры встретились вполне дружелюбно. Цезарь один без телохранителей переплыл в лодке реку Тарент и провел в доме Антония ночь. На следующий день такое же доверие выказал со своей стороны Антоний. Договорились, что Антоний даст Цезарю 120 боевых кораблей для войны с Помпеем, а Цезарь уступит ему 20 000 легионеров для похода против парфян. Свою чрезвычайную власть они продлили еще на пять лет и не старались придать этому решению даже той видимости законности, о которой заботились в первый раз (Аппиан: 17; 93-95).