В Японии известие о капитуляции Сингапура было встречено как национальный праздник. Со времени падения Порт-Артура, который сопротивлялся много месяцев, подобных побед над европейскими армиями Япония не одерживала. Каждая семья по этому случаю получила от правительства по пакетику красных бобов, а каждый ребенок до 13 лет — кулек с леденцами. На заседании парламента премьер-министр Тодзио сообщил, что после победы над союзниками Бирма и Филиппины получат независимость, а Малайя, Сингапур и Гонконг войдут в состав Японской империи, так как нужны ей как военные базы.

На следующий день генерал Ямасита приказал разделить остров на четыре зоны и подчинить их дивизионным командирам. Начальникам зон вменялось в обязанность проверить лояльность китайцев, живущих на острове, и ликвидировать тех из них, кто принимал участие в обороне или высказывал антияпонские убеждения. В течение нескольких недель после этого в Сингапуре шло массовое истребление китайского населения (по японским данным, было убито 5 тыс. человек, в действительности — в несколько раз больше). Процедура была упрощена до предела. У согнанных китайцев спрашивали адрес и род занятий, затем одним из них разрешали вернуться домой, других на грузовиках отвозили на берег моря. Там их связывали, выводили на несколько метров в воду и расстреливали из пулеметов. Европейцев и индийцев сгоняли в концлагеря. Расстрелы и грабежи в Сингапуре продолжались весь март. Некоторые из руководителей и исполнителей массовых казней в Сингапуре были арестованы и осуждены после войны. Был повешен и командир «кэмпейтай» в Сингапуре генерал-майор Кавамура, известный своим садизмом.

23 марта 1942 г. японское генеральное консульство в Сингапуре было закрыто и военная администрация объявила, что отныне Малайя — неотъемлемая часть империи. Малайя была разделена на десять провинций, г. Сингапур (с 1942 г. Сёнан) стал отдельной административной единицей. Каждой провинцией правил японский офицер или генерал со штатом военных администраторов, которые руководствовались системой, «существовавшей в провинциях Японии». Государственные советы при султанах были уничтожены, и японцы даже обсуждали, не лишить ли вообще султанов власти. В конце концов было решено оставить их на прежних постах при условии, что реально никакой властью султаны пользоваться не будут и даже лишатся выдававшихся англичанами окладов. В школах страны было введено обязательное обучение японскому языку, английский язык активно, хотя и неэффективно, изгонялся из употребления. Для того чтобы жители Малайи и Сингапура осознали, что они теперь прямые подданные империи, 29 апреля во всех городах Малайи была проведена торжественная церемония празднования дня рождения императора. Все жители Сингапура и других городов должны были выйти на улицы, повернуться лицом к северо-востоку и минуту простоять в полном молчании со склоненными головами. Командующий оккупационными войсками Ямасита поздравил малайцев с тем, что они отныне являются гражданами Японии. Поскольку в городах, особенно в крупных, малайцев жило не так уж и много, в церемонии участвовали в основном перепуганные китайцы и индийцы, жившие в обстановке террора. Они не получили японского гражданства и оставались для японцев подданными враждебных стран. Японская администрация извлекала из этого максимальные выгоды. В частности, 25 июня Ямасита сообщал в Токио, что им собрано 50 млн. малайских долларов от китайцев Сингапура в качестве «добровольного дара».

Захват Малайского архипелага начался с британских владений на севере о-ва Калимантан: Британского Борнео (Сабаха), Саравака, протектората Бруней и королевской колонии — о-ва Лабуан. Стратегическое положение этого района было исключительно важным: тот, кто господствовал над ним, держал в руках пути из Тихого океана в Индийский. Поэтому операция по захвату Северного Калимантана началась всего через восемь дней после высадки японских войск на п-ове Малакка. Для ее осуществления из состава Южной армии было выделено в общей сложности около двух полков. Противостоявшие им подразделения англичан уступали японским в численности и к тому же были разбросаны, охраняя аэродромы, города, нефтяные промыслы и складские сооружения. Силы англичан состояли из одного пенджабского батальона, местных добровольческих отрядов, береговой охраны и отряда полиции.

Тактика, избранная англичанами еще до начала войны, заключалась в уничтожении нефтяных промыслов и прочих сооружений и стягивании подразделений к аэродрому в Кучинге, который представлялся единственным достойным обороны объектом. В соответствии с этим планом в первый же день войны были взорваны нефтепромыслы на побережье Саравака и уничтожены портовые сооружения, а пенджабские пехотинцы отведены в Кучинг. Японские транспорты высадили десант у нефтяных промыслов, а затем с двумя батальонами на борту направились к Кучингу. 19 декабря одной ротой японцев была без сопротивления захвачена столица Британского Борнео Сандакан, и британский губернатор со всем своим штатом попал в плен. Он отказался работать на оккупантов и был переправлен в концлагерь, став одним из первых его обитателей (строительство концлагерей было предусмотрено заранее — они открывались в ближайшие дни после падения того или иного города или страны).

Когда японские транспорты подходили к Кучингу, голландские бомбардировщики, базировавшиеся в Синкаванге, получили приказ потопить их, но японцы предусмотрели такую возможность и перед самым вылетом бомбардировщиков совершили налет на аэродром Синкаванга. Затем конвой пытались остановить голландские подводные лодки; им удалось потопить несколько катеров, однако большинство их благополучно достигло цели. Англичане, не дожидаясь высадки десанта, начали срочно уничтожать посадочную полосу аэродрома в Кучинге. 24 декабря японцы высадились у Кучинга. После недолгой перестрелки пенджабцы отступили к аэродрому и в течение следующего дня держались в районе аэродрома, отправив раненых и семьи европейцев в Нидерландскую Индию, граница с которой проходила в нескольких десятках километров. Ночью было решено отвести туда же и защитников Саравака.

31 декабря остатки английских подразделений и беженцы прибыли в г. Синкаванг, где находился голландский гарнизон в составе 750 человек. Беженцы были эвакуированы на одном из последних кораблей, а солдаты присоединились к голландцам.

25 января, почти через месяц после захвата Саравака и Северного Борнео, пять японских рот ударили по защитникам Синкаванга, приютившего англичан. Часть пенджабцев была окружена японцами, но сражалась до последнего патрона. После того как боеприпасы у них кончились, японцы взяли в плен и замучили всех пенджабских солдат. Остатки пенджабского батальона были вынуждены отступить в глубинные районы огромного гористого, заросшего лесами Калимантана. Отсюда им пришлось совершить тысячекилометровый многодневный путь на юг острова, где они надеялись соединиться с голландскими войсками. Никто, насколько известно, не описал этого удивительного путешествия горстки индийских солдат через совершенно не изведанные раньше горы и болота Калимантана — сначала пешком, потом на плотах вниз по бурным рекам, добывая себе пропитание в лесу. 6 марта оборванные, босые пенджабцы достигли г. Сампит и, выйдя из леса, были встречены выстрелами японцев, которые захватили этот порт за день до появления пенджабцев. Несгибаемые пенджабцы окопались близ городка, но 8 марта им стало известно, что Ява пала и все английские и голландские войска капитулировали. После совещания, на котором высказывались пожелания уйти вновь в джунгли, чтобы продолжать борьбу, командир пенджабцев все же решил капитулировать: все солдаты были больны дизентерией и лихорадкой и вряд ли кто-либо из них мог выжить, вернувшись в лес. 9 марта остатки гарнизона Британского Борнео сложили оружие. Японцы были поражены, увидев, что пенджабцы пронесли через горы и болота не только винтовки, но и пулеметы и запас боеприпасов, ничего не бросив в пути. Эпопея этих пенджабских солдат — один из наиболее ярких моментов первого периода войны в Юго-Восточной Азии.