Еще в то время, когда патриарх Афанасий находился в Москве, произошло первое открытое столкновение у Никона с его противниками, и прежде всего с протопопом Нероновым. Столкновение это описал сам Неронов довольно подробно в своей "Росписи", которую и послал царю Алексею Михайловичу, и несколько короче в своей челобитной, которую подал впоследствии патриархам. В июле 1653 г. Никон созвал в своей крестовой Собор, на который приглашен был и протопоп Неронов, и слушал на Соборе отписку муромского воеводы на протопопа муромского Логгина, будто он похулил образ Спасителя и образа Пресвятой Богородицы и всех святых. Логгин, находившийся тут же, против отписки дал объяснение: "Я не только словом, но и мыслию не хулил св. образов, которым поклоняюсь со страхом, а сказал только жене воеводы муромского у него в дому, когда она подошла ко мне на благословение: не белена ли ты? Слово мое подхватили гости и сам воевода и заговорили: ты, протопоп, хулишь белила, а без белил не пишутся и образа. Я отвечал: какими составами пишутся образа, такие и составляют писцы, а если на ваши рожи такие составы положить, то вы не захотите. Сам Спас, и Пресв. Богородица, и все святые честнее своих образов". Никон, выслушав Логгина и "не испытав истины, по отписке того воеводы осудил Логгина в мучение злому приставу, мстя себе прежде бывшее обличение от того Логгина протопопа в его Никонове небрежном, и высокоумном, и гордом житии" (значит, не Никон первый начал вражду, а его первого оскорбил муромский протопоп, позволивши себе резко укорять своего патриарха в небрежности и гордости). Неронов не вытерпел и сказал Никону: "За что отдавать Логгина жестокому приставу? Нужно прежде произвести розыск... Тут дело великое, Божие и царево, и самому царю поистине следует быть на сем Соборе". На это Никон будто бы отвечал: "Мне-де и царская помощь не годна и не надобна, да таки-де на нее и плюю и сморкаю". А Неронов завопил: "Патриарх Никон! Взбесился ты, что такие хульные слова говоришь на государское величество... все св. Соборы и благочестивые власти требовали благочестивых царей и князей в помощь себе и православной вере". И в тот же день Неронов с ярославским протопопом Ермилом, ссылаясь и на Ростовского митрополита Иону, будто бы слышавшего те недостойные слова Никона о царе, донесли о них государеву духовнику Стефану и самому государю. Никон через несколько дней вновь созвал духовные власти на Собор и жаловался им на Неронова как на своего клеветника пред государем и утверждал, что таких слов про государя не говорил. Ростовский митрополит Иона сперва молвил: "Было-де так, как Иоанн протопоп говорит", да тотчас же заперся и произнес: "Патриарх Никон таких слов не говаривал". Тогда рассерженный Неронов начал изрыгать на Никона в присутствии всего Собора целый поток укоризн, едва давая Никону сказать несколько слов. Никон: "Я сужу только по Евангелию". Неронов: "В Евангелии сказано: Любите враги ваша, добро творите ненавидящим вас, а ты и тех, кто добра тебе хочет, ненавидишь, а которые клеветники и шепотники, тех ты любишь, и жалуешь, и слушаешь. Кто тебе огласит кого хоть за пятьсот или за тысячу верст, ты веришь, а про богомольцев говоришь, послушав клеветы: вот что они делают, нечестивцы, а протопопы Стефан (Вонифатьев) и Иоанн (Неронов) им, ворам, потакают..." Никон: "Я сужу по правилам св. апостолов и св. отцов". Неронов: "В правилах написано не верить клеветникам, проверять их истинными свидетелями, уличенных же клеветников наказывать без пощады, а тебе клеветники явно клевещут на добрых людей, и ты им веришь". Тут прервал было Неронова протодиакон патриарха Григорий своими укоризнами против жены его и сына, но Неронов с новою дерзостию продолжал к Никону: "Доселе ты называл протодиакона Григория и прочих, которые ныне у тебя в крестовой советники, врагами Божиими и разорителями закона Господня, а ныне у тебя на Соборе то и добрые люди. Прежде ты имел совет с протопопом Стефаном и его любимыми советниками, и на дом ты к протопопу Стефану часто приезжал, и любезно о всяком добром деле беседовал, когда был игуменом, архимандритом и митрополитом. Которые боголюбцы присылаемы были государем к патриарху Иосифу, чтобы он по его государеву совету поставил одних в митрополиты, архиепископы и епископы, других в архимандриты, игумены и протопопы, и ты с государевым духовником Стефаном бывал тогда в совете, и никогда не прекословил, и при поставлении их не говорил: недостоин. Тогда все у тебя были непорочны, а ныне у тебя те же люди стали недостойны. И протопоп Стефан за что тебе враг стал? Везде ты его поносишь и укоряешь, а друзей его разоряешь, протопопов и попов с женами и детьми разлучаешь. Доселе ты друг наш был - на нас восстал. Некоторых ты разорил и на их места поставил иных, и от них ничего доброго не слыхать. Других ты обвинил за то, что они людей мучат, а сам беспрестанно мучишь: старца соловецкого и в воскресный день велел бить немилостиво. Властям зазираешь, а сам беспрестанно мучишь. Вот ты укоряешь новоуложенную книгу (т. е. Уложение), посохом ее попираешь и называешь недоброю, а ты и руку к ней приложил, когда ее составляли, - в те поры называл ее доброю. Приложил руку из земного страха, ныне же на Соборе дерзаешь против той книги, потому что государь дал тебе волю. А любящие Бога не боялись нищеты, скорби и смерти, за истину страдали и стояли крепко, как ныне от тебя боголюбцы терпят скорби, и беды, и разорения". Никон: "На тебя мне подали челобитную за руками священники и диаконы и все причетники твоего собора". Неронов: "Вели прочитать на Соборе, в чем меня обвиняют. Воистину, патриарх, лжешь; разве тебе извещал на меня вдовый поп Лаврентий, которого прежде ты послал под начало в Иосифов монастырь, а ныне освободил, чтоб на меня ложь составил". Тут опять не выдержал протодиакон и начал кричать в крестовой с своими советниками: "Ты-де великого святителя кощунником, и празднословцем, и мучителем, и лжесоставником называешь". Неронов: "Попустил сам патриарх всякие нелепые слова говорить пред собою на истинных рабов Божиих, и я не знаю, чем назвать сей Собор ваш... Что вы, Григорий, кричите и вопите? Я не во Св. Троицу погрешил и не похулил Отца и Сына и Св. Духа, но похуляю ваш Собор..."

Что же показывает это первое публичное столкновение протопопа Неронова с патриархом Никоном, которое мы изложили со слов самого же Неронова? Неронов сначала заступился за одного из своих сторонников, муромского протопопа Логгина, еще прежде дерзко укорявшего Никона в гордости, и упрекнул Никона в жестокости. Потом донес царю на Никона, будто бы сказавшего о царе неприличные слова. А потом резко укорял Никона, что он верит одним только клеветникам без всякого расследования; что прежде был он другом Вонифатьева и его друзей, советовался с ними о всем, а теперь сделался врагом Вонифатьева, везде поносит его, а друзей его, протопопов и попов, разоряет, мучит, на их места ставит других, избрал себе новых советников, которых прежде называл врагами Божиими; что прежде из страха подписал Уложение, а теперь порицает его; что, наконец, лжет на него, Неронова, и сам настроил на него клеветника. И среди всех этих укоризн Никону нет ни слова против исправления им церковных обрядов, которое уже начиналось тогда; не видно и тени какой-либо привязанности к старым обрядам, на которые будто бы посягнул Никон. Во всем видна одна лишь личная вражда, ненависть, озлобление Неронова и его друзей против Никона за то, что он изменил им, лишил их прежней власти, стал их врагом, преследует их. Этою-то ненавистию более всего руководились они и впоследствии, когда начали ратовать будто бы за старые обряды.

Озлобление Неронова не имело границ, и он совершенно забылся, когда позволил себе на Соборе и так дерзко порицать в глаза и позорить своего патриарха, а наконец, похулил и весь Собор. Неудивительно, если святой Собор на основании 55-го правила святых апостолов, которое гласит: "Аще кто из клира досадит епископу, да будет извержен", определил послать протопопа Неронова на смирение в монастырь. Или, как подробнее об этом рассказывает он сам: "И за те мои слова сослан я был в Спасский монастырь на Новое под начало и того же дня переведен из Спасского монастыря в Симонов и отдан под крепкое начало: мне не велено было ходить в церковь, а ночью сторожа меня со свечами держали и семь дней никого из людей не пущали ко мне, ни домашних, ни сторонних. В осмой день привезли меня в город на цареборисовский двор и тут били немилостивно, а когда везли меня из монастыря, то быстро скакали на телеге, хотели тряскою меня уморить. И привезли меня в соборную церковь, и патриарх Никон велел Крутицкому митрополиту Сильвестру снять с меня скуфью. И как сняли скуфью, опять послал меня патриарх в Симонов монастырь, и на шею наложили мне большую цепь. В 4-й день августа послал меня в Вологодский уезд на Кубенское озеро, в Каменской монастырь, под крепкое начало, а в грамоте о мне ко властям было писано: за великое бесчиние велено в черных службах ходить".