В Соловецком монастыре за Арсением внимательно следили, подробно его расспрашивали и составили о нем краткое биографическое известие. Оказывается, что он в молодые годы, когда обучался в латинских училищах, действительно переменял веру и был в унии, как сознался на исповеди духовнику своему священнику Мартирию, потому что иначе не принимали в те училища. Но, возвратившись в Грецию, снова принял православие и даже посвящен был во священника, постригшись в монашество. В Соловках прожил Арсений около трех лет "в добром послушании у инока Никодима" и успел научиться славянской грамоте и русскому языку. После столь продолжительного испытания иноки соловецкие убедились, что Арсений вовсе не еретик и "что в нем обрели здраво, в том его и похвалили: обрели в нем здравое исповедание веры, без приложения и без отъятая". Но заметили, что он плохо исполнял внешние обряды: поклоны, посты и пр. Он даже будто бы молился не тремя, а двумя перстами, как молились тогда иноки соловецкие, и вообще восхвалял русские церковные обряды, а о греках говорил: "У нас много потеряно в неволе турецкой... нет ни поста, ни поклонов, ни молитвы келейной..." Такие добрые отзывы о вере Арсения Грека Никон мог услышать в самом Соловецком монастыре, когда приходил туда за мощами святителя Филиппа, и потом мог передать и государю. Да и власти монастырские обязаны были донести в Москву, каким нашли Арсения, который прислан был оттуда в их обитель собственно на испытание. Наконец, и сам Арсений Грек бил челом государю: сослан-де он в Соловецкий монастырь, и, по правилам св. отец, урочные лета в запрещении ему прешли, по Второму Поместному Собору, и государь бы пожаловал велел его из-под начала свободить и быти в монастыре, где государь укажет. Неудивительно, если Никон, основываясь на свидетельстве соловецких иноков о правоверии Арсения после трехлетнего его испытания, лишь только сделался патриархом, решился с соизволения государя вызвать Арсения к себе как человека ученого, правоверного и способного послужить своими знаниями на пользу Церкви; дал ему келью в своем патриаршем доме, сделал его библиотекарем своей патриаршей библиотеки и одним из справщиков и переводчиков книг с греческого языка. А Неронов, может быть не зная об этом свидетельстве о правоверии Арсения или по одному лишь озлоблению против Никона, уже в 1654 г. ставил ему в укор, зачем он взял к себе в справщики книг грека Арсения, которого патриарх Паисий назвал будто бы еретиком. Надобно присовокупить, что для удобнейшего наблюдения за печатанием новоисправленных книг царь приказал еще в 1654 г. передать Печатный двор со всеми его учреждениями и справщиками книг, доселе находившийся в ведении Приказа Большого дворца, патриарху Никону в его непосредственное и полное распоряжение.

Весьма важным обстоятельством для Никона в деле исправления книг послужило последовавшее тогда прибытие в Москву двух новых патриархов: Антиохийского Макария и Сербского Гавриила. Макарий еще в 1653 г. от 15 марта писал царю Алексею Михайловичу, что прибыл в Молдавию и проживает у молдаванского воеводы Иоанна - Василия, а после Пасхи, если даст Бог здоровье, намерен отправиться в Россию, почему и просил, чтобы государь разрешил ему это и приказал путивльским воеводам принять его и проводить к Москве. В феврале следующего года в Москве получена была весть, что патриарх Макарий находился уже в Мутьянской земле у воеводы Матфея, что туда же прибыл патриарх Сербский и Болгарский, архиепископ Пекский Гавриил и оба патриарха живут в одном монастыре. Здесь они познакомились и положили между собою, чтобы прежде ехал к царю Сербский патриарх. К 1 мая 1654 г. он уже приехал в Путивль и, называя себя ватопедского Вознесенского монастыря архиепископом, патриархом Сербским и Болгарским, объявил, что едет в Москву за милостынею по жалованной грамоте царя Михаила Федоровича, данной означенному монастырю еще в 1641 г., почему немедленно и был отпущен из Путивля в Москву воеводою Степаном Пушкиным. Но когда известие об этом получено было в Москве, то отсюда послан был путивльскому воеводе указ, чтобы он впредь никого из греческих властей в Москву не пропускал, потому что государя нет в Москве, он пошел на войну против своего недруга, польского короля, а навстречу Сербскому патриарху Гавриилу отправлен был толмач Посольского приказа Афанасий Букалов, чтобы остановить его и воротить в Путивль. Из Путивля Гавриил обратился с просьбою к патриарху Никону и только по его ходатайству получил позволение ехать в Москву, куда и прибыл к 28 мая. Затем 5 июня в Посольском приказе патриарх Гавриил объявил, что в области его было 8 митрополитов и 32 епископа; выехал он из своей земли от насилия неверных на житье в Россию, и теперь место его никем не занято; привез он с собою грамоты к царю и патриарху Никону от Антиохийского патриарха Макария и от гетмана Хмельницкого да кроме того привез письменные книги - Типик и Сборник патриарха Цареградского Михаила Кавасилы на латинскую ересь да жития и повести святых сербских царей и патриархов с целию, не найдет ли патриарх Никон полезным напечатать эти книги; еще привез три книги, которыми кланяется латриарху Никону: свиток житий святых сербских, тетради Кирилла, философа и учителя славян, и книгу святого Василия Великого с тремя напечатанными литургиями. Государя в Москве Гавриил действительно уже не застал, а через полтора месяца с небольшим по случаю открывшегося в Москве морового поветрия удалился из нее и Никон с царским семейством. Гавриилу пришлось здесь быть свидетелем того страшного опустошения, какое производила свирепствовавшая эпидемия. В числе других жертв она похитила и многих из духовенства, так что некоторые церкви оставались без пения. За отсутствием Никона стали обращаться с просьбами к Сербскому первосвятителю, чтобы он ставил новых попов и диаконов. Он отнесся к Никону, и Никон прислал ему (в декабре 1654 г.) грамоту, которой уполномочивал его рукополагать ставленников в попы и диаконы согласно с действовавшими в Москве патриаршими указами. К 20-му числу июля того же 1654 г. прибыл в Путивль и Антиохийский патриарх Макарий и чрез несколько дней отправился далее. Но когда он проехал уже Калугу, его встретил присланный из Москвы переводчик Посольского приказа Иван Боярчиков, объяснил ему, что в столице свирепствует поветрие и от имени государя просил остановиться на время в Коломне, а между тем от 4 августа государь дал указ приготовить в Коломне для помещения Антиохийского патриарха и его свиты "Коломенского епископа двор" и давать патриарху и его свите "хлебные и рыбные запасы из запасов Коломенского епископа". Прожить в Коломне патриарху пришлось более пяти месяцев. И так как в городе этом не было тогда своего епископа (Павел был уже сослан в заточение), то патриарх Макарий часто совершал службы в коломенских церквах, а по прекращении эпидемии, которая опустошила и Коломну с ее округом, рукоположил многих священников и диаконов для Коломенской епархии. В Москву прибыл Макарий только 2 февраля 1655 г., за восемь дней до возвращения в нее государя из Литовского края. По назначению царя Алексея Михайловича оба патриарха представлялись ему в один и тот же день - 12 февраля. Сначала представился Антиохийский Макарий, и принят был в Золотой палате с величайшими почестями, как прежде принимались Иерусалимские патриархи Паисий и Феофан, и тут же получил от государя разрешение идти для представления к патриарху Никону. После Макария представился государю и патриарх Сербский Гавриил, но принят был так, как прежде принимались митрополиты и архиепископы, и такие же получил от государя дары, а затем пошел также явиться Никону и еще застал у него Макария. Здесь все трое вместе приглашены были они к царскому столу по случаю бывших в тот день именин царевича Алексея Алексеевича. Антиохийскому патриарху, естественно, оказывали у нас полное предпочтение пред Сербским, так как последний не был признаваем в патриаршем достоинстве всею Восточною Церковию. Оба патриарха, Антиохийский и Сербский, оставались у нас долго; оба с позволения государя путешествовали в Троице-Сергиев и другие монастыри, а также в Новгород; оба весьма часто приглашаемы были Никоном совершать с ним богослужения. Но, самое важное, оба, особенно же Антиохийский, послужили Никону как могли в деле исправления церковных книг и обрядов.