При всем недовольстве теми или иными мероприятиями Людовика IX открытых вооруженных выступлений против него не было. Последняя антикоролевская коалиция действовала в 1240-1242 гг., когда он еще не занялся реформаторской деятельностью и когда была еще жива его мать. С этой коалицией ему пришлось бороться лично, хотя Бланка Кастильская, конечно, помогала ему. Это феодальное движение производило тогда внушительное впечатление, ибо оно охватило почти весь юго-запад и некоторые центральные области Франции и солидарность с ним открыто выразили король Арагона, император Фридрих II и король Англии Генрих III, который переправился через Ла-Манш с войском, правда небольшим, и вступил в область Пуату, которая ранее принадлежала английской короне и бароны которой изъявили желание вернуться под ее власть. Но как и ранее, в годы правления Бланки Кастильской, коалиция была очень непрочной, ибо ее участники были солидарны друг с другом преимущественно на словах. Людовик IX возглавил тогда армию, двинувшуюся в Пуату, где он быстро нанес поражение и восставшим баронам, и англичанам, а на Юге движение было подавлено его сенешалями. И, как писал французский хронист Гийом де Нанжи, «с этого времени бароны Франции перестали предпринимать что-либо против короля».

Королю приходилось защищать и утверждать свои права перед лицом не только светской феодальной знати, но и Церкви. На первый взгляд, при его чрезвычайной набожности между ним и церковью должно было царить полное согласие, и король Франции, как писали в его время, «всегда является щитом церкви». Действительно, он считал себя верным слугой и защитником церкви, но это вовсе не означало, что он готов был поступиться какими-либо своими правами в ее пользу. Он придерживался хорошо уже известной тогда доктрины двух мечей (меч духовной и меч светской власти), предполагавшей четкое разделение властей. И поскольку духовные сеньоры, епископы, обладали светской властью и светскими сеньориями, то по отношению к ним король выступал в качестве сюзерена и имел право требовать принесения вассального оммажа и выполнения вассальных повинностей, вплоть до несения военной службы – если не личной (а бывало и такое), то предоставлением вооруженных отрядов. Иначе говоря, все то, что принадлежало церкви от мира, было подвластно королю как сюзерену. В письме к Папе Римскому Людовик IX выразил это в наиболее радикальной форме: «Право короля таково, что он может взять, как свои собственные, все сокровища церквей и все их доходы для своих нужд и для нужд королевства».

Он ясно различал церковь небесную и церковь земную. Ради небесной он готов был пожертвовать всем, но что касается земной, представленной духовенством, то несмотря на выказываемое им уважение к нему, он знал, что оно подвержено тем же страстям и порокам, что и миряне (каков мир, таков и клир). Он облагал церкви налогами, требуя особенно много денег при подготовке крестовых походов. Французское духовенство жаловалось на короля Римским Папам, но безуспешно, и в его свите ходила поговорка: «Нынче клирики закабалены сильнее, чем миряне». Насколько известно по сохранившимся документам, к концу правления Людовика IX многие епископы и монастыри были в долгах, которые они делали у ломбардских ростовщиков, чтобы удовлетворить требования короля, как, впрочем, и Пап.

В отношениях с Папами король отнюдь не был послушным сыном Церкви и руководствовался политическими соображениями. Но в одном он сделал большую уступку Риму: он согласился на введение во Франции папской инквизиции. Инквизиция католической церкви была создана по решению одного из Соборов еще в конце XII в. для расследования дел о ереси и ее искоренения. Тогда этим занимались особые комиссии при епископах, которые рвения не проявляли и к суровым наказаниям не прибегали. Но в начале XIII в. по Европе стала быстро распространяться ересь катаров, которая достигла наибольших успехов на юге Франции, в Лангедоке, где получила название альбигойской (по городу Альби, главному центру еретиков). Явно враждебная Католической Церкви, эта ересь вынудила Рим принять самые энергичные меры: с согласия французского короля Филиппа II Августа был объявлен крестовый поход, в котором приняли участие главным образом северофранцузские феодалы. Он положил начало так называемым Альбигойским войнам (1209-1229 гг.), последние эпизоды которых приходятся на время правления Людовика IX. Антикоролевское движение в Лангедоке в 1240-1242 гг., которое возглавил Тулузский граф Раймонд VII, было напрямую связано с этими войнами, благодаря которым французская монархия наложила свою тяжелую руку на эту ранее независимую от нее область. Кстати, последний оплот альбигойцев, крепость Монсегюр, был взят только в 1244 г. после десятимесячной осады.

Одновременно Рим стал всячески активизировать деятельность инквизиции, которая в 1227 г. была окончательно изъята из рук епископов и передана недавно возникшему Ордену доминиканцев. Если раньше церковь исходила из того, что она в борьбе с ересью не может прибегать к насилию, а должна использовать лишь силу убеждения, то теперь ее взгляд на это коренным образом изменился. Инквизиционные трибуналы получили право применять пытки при расследовании дел и присуждать упорствующих в ереси или совершающих рецидив ереси к казни через сожжение. Формально, правда, такие приговоры выносились и приводились в исполнение не самим церковным судом. Церковное судопроизводство, в том числе инквизиционное, всегда придерживалось правила ни за какие преступления не выносить смертных приговоров, ибо Церковь не может позволить себе пролитие крови. От закоренелых еретиков Церковь отрекалась и передавала их в руки светского правосудия, которое выносило смертный приговор и приводило его в исполнение. Поэтому инквизиция нуждалась в поддержке светской власти. Кстати, только светская власть могла обеспечить и охрану инквизиторов, ибо случаи их убийства, по вполне понятным причинам, были не редки. Однако на введение папской инквизиции было необходимо согласие короля, и короли Англии и Швеции, например, отказались допустить ее в свои государства.

Можно легко понять, почему Людовик IX с Бланкой Кастильской ввели папскую инквизицию в 1233 г., если принять во внимание их чрезвычайную набожность и верность католицизму, а также и то, что южная часть их королевства оказалась наиболее «инфицированной» ересью. Они, конечно, не могли предвидеть, какими страшными гекатомбами будет сопровождаться деятельность папского инквизитора. Им был назначен доминиканец брат Роберт Малый, который сам был некогда катаром, за что получил прозвище Бугр, то есть болгарин. Этот этноним был в то время синонимом еретика, потому что ересь катаров пошла в Европу из Болгарии. Вернувшись в лоно Католической Церкви, Роберт Бугр, во искупление прежних грехов, проявил такую рьяность в деле истребления еретиков, что в конце концов его сместили и посадили в тюрьму как человека явно ненормального. Свою деятельность он начал в Лангедоке, а затем переместился в Шампань, Пикардию и Фландрию. В 1239 г. по его приговору в Шампани, в местечке Монт-Эме, однажды сразу было сожжено 183 человека. И как писал хронист Муске, Роберт Бугр «действовал по воле короля», и его «сопровождали королевские сержанты». Что думал по этому поводу Людовик IX, который несомненно знал о результатах действий инквизитора? Ни один из авторов воспоминаний о нем ничего об этом не сообщает. Может быть, по его настоянию Роберт Бугр, как персона слишком одиозная, был смещен, но против инквизиции как таковой король ничего не имел против, и она все шире разворачивала свою деятельность во Франции. Во второй половине его правления доминиканцы имели инквизиционные трибуналы во многих городах, особенно на юге страны, и все они подчинялись главному инквизитору Франции. О том, как они действовали, и об отношении к ним можно судить по тому, что членам одного из южных трибуналов однажды ночью была устроена засада и всех их перерезали.

На деятельности инквизиции корона неплохо зарабатывала, ибо все имущество еретиков, даже раскаявшихся, конфисковывалось в ущерб правам наследников. Церковь, конечно, претендовала на это имущество, но получала лишь небольшую его часть, в основном же оно отходило к казне. Впрочем, этот источник поступлений в казну скоро иссяк. Когда с помощью инквизиции были разорены многие сеньоры и богатые купцы Лангедока, то остались лишь нищие еретики, которые, в точности следуя учению катаров, вообще отвергали собственность. С них взять было нечего, и тогда начался закат инквизиции.