Но турецкий флот по-прежнему превосходил русский. Опасаясь прорыва неприятельских кораблей на Ахтиарский рейд и уничтожения там эскадры, командующий войсками юга России генерал-аншеф А. В. Суворов выехал в Севастополь, чтобы на месте обследовать и обсудить проект усиления приморских укреплений. На утвержденной А. В. Суворовым карте количество орудий, обороняющих рейд, увеличивалось почти вдвое и доводилось до 110. Они размещались на двух северных и двух южных батареях. На первой южной батарее (получившей в последующие годы название Александровской) устанавливалось 44 пушки, а "другие южные батареи о 28 орудиях" располагались между Артиллерийской и Южной бухтами. Здесь на месте старого редута, возведенного солдатами первых русских батальонов, прибывших к Ахтиарской бухте, наметили строительство люнета, а по обе стороны от него — двух небольших редутов. На противоположном берегу, где ныне находится Михайловская батарея, небольшой старый редут заменили батареей на 10 орудий, с тыла ее защищали вал и ров. При этом брустверы всех батарей должны были возвышаться над уровнем моря не более 4 м, что давало возможность вести губительный настильный огонь по кораблям противника. В этих целях решили срыть берег до необходимых отметок. Основной объем работ приходился на первые северную и южную батареи. Широкие, до 4 м в верхней части, брустверы отсыпали из грунта, а крутости укрепляли плетнями из хвороста. Устройство амбразур не предусматривалось, и орудия стреляли через банк[7].

В 1789 г. командующий Севастопольской эскадрой контр-адмирал Войнович был назначен командиром Черноморского флота и портов. Его место занял Ф. Ф. Ушаков, вскоре произведенный в контр-адмиралы (через год, так и не оправдавший надежд князя Г. Потемкина граф Войнович был отправлен командовать Каспийской флотилией). Общее руководство Черноморским флотом и портами фельдмаршал принял на себя, но командующим всем наличным составом Черноморского флота назначил контр-адмирала Ушакова. Получив свободу действий, выдающийся флотоводец одержал ряд блистательных побед над турецким флотом. 8 июня 1790 г. в Керченском проливе, разгромив турецкую эскадру, он помешал высадке десанта на Крымский полуостров, а в конце августа того же года одержал победу у Тендеровской косы. И, наконец, последовали блестящий маневр русских кораблей и полное поражение турецкой эскадры, зажатой в "клещи" 31 июля 1791 г. у мыса Калиакрия. "Морской Суворов", как стали называть Ф. Ф. Ушакова, не потерпел ни одного поражения, создав новую тактику ведения морского боя. Главным в этой тактике было сочетание маневра и эффективной стрельбы на расстоянии картечного выстрела. Ушаков внезапно атаковал противника в походном порядке, не прибегая к перестроениям, и выигрывал "ветер". Сосредоточив огонь на флагманском корабле неприятеля и выводя его из строя, он расстраивал действия всей турецкой эскадры. Вопреки уставам, флотоводец выделял резерв из нескольких фрегатов своей эскадры, который использовал в решающие моменты боя. Место флагмана определялось ходом сражения, а не в центре эскадры, как происходило ранее. Личная отвага, мужество и твердость характера Ф. Ф. Ушакова поддерживали высокий моральный дух среди матросов и офицеров. Он всегда тщательно готовился к предстоящему походу: велась активная разведка сил и намерений противника, всесторонне обучались экипажи кораблей, все суда осматривали, неисправности устраняли, пополняли запасы продовольствия и боеприпасов.

Победы, одержанные над турецким флотом эскадрой флотоводца Ф. Ф. Ушакова, а также ряд успешных сражений и взятие считавшейся неприступной крепости Измаил русской армией под началом полководца А. В. Суворова заставили Турцию в конце 1791 г. подписать Ясский мирный договор. К России отошло Черноморское побережье от Южного Буга до Днестра. Состоялось становление Севастопольской крепости как порта и базы основной эскадры Черноморского флота.

Начало 1792 г. на юге России отмечалось большими переменами. Незадолго перед этим скончался всесильный князь Г. Потемкин. Его противники и недоброжелатели сразу приступили к изменению установленных фельдмаршалом порядков. Председателем Черноморского Адмиралтейского правления вновь был назначен адмирал Н. С. Мордвинов, а выдающийся флотоводец контр-адмирал Ф. Ф. Ушаков оставлен в должности члена этого правления. Он стал командующим Севастопольской эскадрой и, по его выражению, "попал в подчинение к кабинетному адмиралу".

Наступил мирный период на флоте и в крепости. Боевой адмирал Ф. Ф. Ушаков оказался в роли администратора, хозяйственника и строителя и будучи незаурядным, истинно талантливым человеком, блестяще справлялся с этими обязанностями. Да и работал адмирал с большой охотой, так как забота о подчиненных ему людях и доверенных ему кораблях была сутью его понятий о воинском долге и службе. Справедливый, требовательный, заботливый командующий эскадрой вызывал доверие, понимание и любовь со стороны подчиненных.

В казне, как всегда, денег не хватало, а последняя война привела финансовую систему государства в полное расстройство. На строительство порта и города отпускалось крайне мало средств, и без участия моряков работы продвигались бы столь медленно, что не обеспечили бы минимальных потребностей эскадры. На полученные ассигнования нанимали вольных мастеров, закупали инструмент и самые необходимые материалы. Матросы в свободное от учений и корабельных работ время трудились на стройках за небольшую плату. Среди них находились специалисты, освоившие строительные профессии до службы на флоте. Вот они и вольные мастера вели каменную кладку, производили столярные и другие работы, требующие высокой квалификации. Матросы выполняли при них роль подсобных рабочих, но одновременно учились у них мастерству и в скором времени становились полноправными членами артелей и бригад.

Всеми работами умело руководил контр-адмирал Ушаков, который еще будучи в должности командира корабля освоил основы строительства различных сооружений. Была создана система четкой организации и контроля за ходом работ: флотские офицеры, возглавлявшие строительные команды, ежедневно получали задания и отчитывались за предыдущий день; адмирал следил за своевременным обеспечением строек материалами и всем необходимым, выделял баржи для перевозки камня из Инкерманского карьера и не давал спуску подрядчикам.

Главной заботой Ф. Ф. Ушакова стало развитие Севастопольского порта, который был официально учрежден в 1789 г. Следовало создать надлежащую береговую базу и службы. По предложению Ушакова морские казармы стали возводить на холме у Южной бухты — там было значительно суше, чем у береговой черты, а в случае тревоги моряки быстро спускались по откосу к стоящим внизу кораблям. В связи с тем, что доставка леса в Севастополь обходилась очень дорого и его постоянно не хватало, стены казарм делали из камня, кровлю в основном из грунта, а полы глинобитными; по этой же причине в казармах отсутствовали чердачные перекрытия. Но, несмотря на такие упрощения, конструкции выполнялись очень добросовестно, а содержание помещений было безукоризненным. Все проводившиеся на эскадре инспекции отмечали, что в морских казармах сухо и опрятно.

Однако этим мирным заботам чуть было не положили конец агрессивные устремления Турции. Там восприняли отсутствие в Таврии А. В. Суворова и вручение командования Черноморским флотом поклоннику английских порядков адмиралу Мордвинову как сигнал для реванша. Порта стала усиленно вооружаться и строить укрепления. Отношения между Оттоманской империей и Россией резко обострились. В ноябре 1792 г. последовал рескрипт Екатерины II об укреплении южных границ и назначении командующим войсками на юге генерал-аншефа А. В. Суворова, который в это время завершал возведение и реконструкцию крепостей в Финляндии на границе со Швецией. А уже в декабре того же года императрица повелела содержать армию на юге в состоянии боевой готовности.