Руководство Ставки Верховного главнокомандующего пыталось затормозить реализацию указания новых петроградских властей. Исполняющий обязанности начальника штаба ВГК генерал Владислав Наполеонович Клембовский представил военному министру доклад, в котором подчеркивал, что, хотя жандармские офицеры не пользовались уважением в военной среде, за неимением других специалистов они «являются пока незаменимо полезными работниками в сфере преследования и обнаружения неприятельских шпионов». Однако это обращение осталось без какого-либо ответа.
Руководители штабов фронтов и армий докладывали, что реализация указания министра приведет к тяжелым последствиям. Генерал-квартирмейстер штаба Западного фронта в докладе в Ставку ВГК относительно состояния КРО предупреждал о неминуемом прекращении деятельности контрразведки в случае одномоментного увольнения указанных в телеграмме А. И. Гучкова лиц.
К подобному выводу пришло командование Румынского фронта, отдельной Кавказской армии и многих других войсковых объединений.
Проанализировав поступившие из подчиненных штабов доклады, второй генерал-квартирмейстер Ставки ВГК генерал-майор Сергей Леонидович Марков направил на места циркулярную телеграмму, разрешавшую в необходимых случаях оставлять на службе наиболее квалифицированных сотрудников из числа бывших жандармов на период реорганизации контрразведывательных отделений, но не позднее чем до 15 июля 1917 года.
Однако все эти действия опытных военных руководителей явно запоздали. Подавляющее большинство жандармских офицеров-контрразведчиков к этому времени уже были уволены, а некоторые даже подверглись репрессиям. Типичную обстановку тех дней обрисовал в своем докладе руководству начальник КРО штаба Двинского военного округа. Он, в частности, сообщал, что деятельность отделения практически парализована, поскольку офицеры и другие сотрудники неоднократно задерживались, к ним применялись меры физического воздействия, им угрожали расстрелом. Прямо в Таврическом дворце был арестован и начальник КРО штаба Петроградского военного округа полковник Владимир Михайлович Якубов, прибывший с рапортом о своей готовности добросовестно служить новой власти. В отсутствие начальника отделение прекратило работу, а в начале марта было полностью разгромлено толпой. Большинство сотрудников почти месяц провели в тюрьме.
Несмотря на заслуги в деле борьбы со шпионажем и ходатайства высших военных чинов, был уволен от должности начальника Центрального военно-регистрационного бюро (контрразведки) Главного управления Генерального штаба полковник князь Василий Георгиевич Туркестанов, откомандированный из Отдельного корпуса жандармов в военное ведомство еще в 1911 году для организации КРО штаба Московского округа.
По решению Временного правительства арестовали и бывшего начальника контрразведывательного отделения Генерального штаба полковника Василия Андреевича Ерандакова. Не найдя ничего предосудительного в его работе на указанном посту, председатель особой следственной комиссии сенатор Владимир Александрович Бальц возбудил уголовное дело по фактам «злоупотреблений» в контрразведке вообще. Не зная существа расследования, «демократическая» пресса поспешила обвинить Ерандакова в совершении преступлений против народа.
Вопросу о якобы имевших место серьезных нарушениях со стороны офицеров КРО придавали все больше и больше значения, а 11 октября его рассматривали даже на заседании правительства. В газетном отчете сообщалось, что упомянутый выше сенатор Бальц убеждал участников заседания: «…область злоупотреблений по борьбе со шпионажем требует образования особого органа власти для расследования, т. к. такого рода следственная организация обнимет деяния должностных лиц, извращавших задачи борьбы со шпионажем и служивших в действительности борьбе с общественностью, отдельными национальностями и промышленностью страны».
В итоге Временное правительство учредило Особую следственную комиссию под председательством сенатора Николая Николевича Чебышева при участии представителей адвокатуры и военного ведомства.
Не отставали от центральных и местные революционные власти. Есть много свидетельств их «компетентных» решений относительно контрразведки и ее кадров.
Фактически к осени 1917 года в какой-то степени дееспособными остались лишь соответствующие подразделения в Главном управлении Генерального штаба и в Московском военном округе.
Серьезнейшее ослабление кадрового состава контрразведывательных органов привело в итоге к фактическому уничтожению агентурного аппарата. Этому способствовала основанная на материалах архивов МВД кампания в прессе по разоблачению секретных сотрудников тайной полиции царской России. Чуть ли не ежедневно в газетах печатались списки выявленных в столице и на местах агентов охранных отделений. Наряду с действительными фактами негласного сотрудничества некоторых лиц с царскими властями появилась масса слухов, предположений и прямых наветов. Разыгрывались человеческие трагедии. Можно сказать определенно, что «разоблачительство» стало трагедией для всей системы отечественной контрразведки, ведь с началом войны многие опытные секретные сотрудники охранных отделений частично или полностью переключались на борьбу со шпионажем и лицами, способствовавшими военным противникам России. После революции этих секретных сотрудников изгнали из контрразведки, а впоследствии многих арестовали и уничтожили.
Один из крупных юристов, включенный Временным правительством в состав Чрезвычайной Следственной комиссии, Сергей Васильевич Завадский, вспоминал о правовом нигилизме председателя комиссии Н. К. Муравьева, который настаивал на привлечении секретных сотрудников царской политической полиции к уголовной ответственности. Муравьев прямо заявлял, что «нужно найти (!) статью закона, по которой их можно было бы судить, невзирая на амнистию». Муравьев предлагал, к примеру, использовать статью Уложения о наказаниях, предусматривающую уголовную ответственность за превышение власти.
В результате кардинальных изменений, произошедших в системе государственного и, отчасти, военного управления, стала наблюдаться тенденция со стороны руководителей контрразведывательной службы всячески уклоняться от выполнения функций, напрямую не связанных с борьбой с военным шпионажем. В этом видится вполне понятное стремление сохранить аппарат контрразведки в условиях, когда власти зачастую принимали решения под давлением ультрареволюционных общественных настроений и когда политическая целесообразность превалировала над законом. Поэтому в циркулярных телеграммах, которые направлялись в органы контрразведки по линии Ставки и ГУГШ, подчеркивалось, что их задачей является исключительно борьба с военным шпионажем.
Те, кто отвечал за контрразведку в Главном управлении генерального штаба, подготовили проект обращения к войскам Александра Керенского, сменившего Гучкова на посту военного и морского министра.
Обращение оформили в виде несекретного приказа по армии и флоту. В нем говорилось об усилившейся активности шпионских центров противника и опасности их деятельности для страны. «Для борьбы со шпионами, — отмечалось в обращении, — существуют особые секретные учреждения, именуемые контрразведывательными отделениями. Не смешивайте служащих этих отделений с агентами политического сыска старого режима… и оказывайте им полное содействие».
Ранее подобные призывы и разъяснения так же публиковались от имени различных войсковых штабов, однако они не привели к желаемому результату на фоне развернутой новыми властями кампании разоблачительства всех секретных служб старого режима. Для контрразведки не было сделано исключение, и революционные органы печати убеждали население и военнослужащих, что борьба со шпионажем — это прикрытие для военно-политической полиции.
Глава французской военной миссии генерал Ниссель, докладывая в апреле 1917 года о развитии ситуации в России своему парижскому руководству, отмечал, что «русской контрразведки больше не существует». Это обстоятельство, кстати говоря, побудило разведывательные службы союзных России государств (Англии и Франции) приступить к форсированному укреплению своих официальных представительств и созданию связанных с ними нелегальных групп. Наблюдая стремление контрразведки ГУГШ уклониться от работы по выявлению сторонников прекращения военных действий из оппозиционных Временному правительству политических сил, союзники сами развернули активную работу против большевиков. При этом всячески подчеркивалось, что многие из руководящего звена данной партии связаны с немецкими спецслужбами, действуют в их интересах, при их финансовой поддержке.