Наряду с подъемом объединительных идей в Москве, росло и идеологическое сопротивление ей отдельных русских областей. Чем круче была политика Москвы, тем ожесточеннее было это сопротивление. Но знаменательно, что, противопоставляя Москве свои политические теории, области вынуждены были считаться с достижениями исторической мысли Москвы и безоговорочно принимали некоторые из ее идей. Чем ярче разгоралась борьба Москвы с Новгородом и Тверью, тем яснее становилась победа идеи общерусского единства.

Под конец борьба шла уже не между центробежными и центростремительными силами в русской жизни: боролись областные центры с Москвою за возглавление того общерусского единства, которое уже всеми считалось одинаково необходимым. В идейной борьбе Новгорода и Твери с Москвою рождались новые исторические произведения, необычайно рос интерес к родной истории. Так, в самом сопротивлении Москве рождались предпосылки для объединения с нею.

Объединительная политика Москвы встретила чрезвычайно сильное сопротивление новгородского боярства, опасавшегося потерять свои обширные земельные владения, и крупного новгородского купечества, боявшегося конкуренции Москвы в торговле с Западом. Новгородское государство становилось всё более и более реакционной силой в русской жизни, сопротивлявшейся объединительной политике московских великих князей. Новгородское ушкуйничество нарушало московскую торговлю севера и северо-востока; неспокойная новгородская политика грозила постоянными неожиданностями. Однако в самом Новгороде, как и в других русских областях, увеличивалось «в населении количество таких элементов, которые прежде всего желали, чтобы был положен конец бесконечным, бессмысленным войнам, чтобы прекращены были раздоры феодалов, приводившие к тому, что внутри страны шла непрерывная война даже в том случае, когда внешний враг был в стране, чтобы прекратилось это состояние непрерывного и совершенно бесцельного опустошения, которое неизменно продолжало существовать в течение всего средневековья».

Демократические низы Новгорода явно тяготели к Москве, к сильной великокняжеской власти, в которой надеялись найти опору против боярства. В разное время сторонники подчинения Москве находили себе в Новгороде путь к власти, но в полной мере ни партия новгородских сепаратистов (так называемая литовская), ни партия сторонников Москвы не смогли возобладать на зыбкой почве новгородского «народоправства».

Конец XIV в. характеризуется крайним обострением борьбы Москвы с Новгородом. Эта борьба стала особенно напряженной в 90-х годах XIV в., в связи с отказом новгородцев выезжать на суд к московскому митрополиту. По старому, испытанному еще в XII в. пути, новгородское боярство посылало послов с жалобой в Константинополь, угрожало Москве переходом в латинство, клялось на вече не судиться у митрополита. Только после того, как войска великого князя захватили Торжок и начали опустошать новгородские волости, новгородцы изъявили покорность.

Новый перевес дало новгородской литовской партии замешательство в церковных делах первой половины XV в., приведшее к образованию двух враждебных митрополий: московской и киевской. Оно позволило новгородскому боярству вести двойную политику и постоянно добиваться от Москвы уступок угрозами подчиниться киевскому митрополиту. С этой поры церковный вопрос в Новгороде приобрел первостепенное политическое значение. Пользуясь смутою в церковных делах, Евфимий II Новгородский получил «поставление» в Смоленске у киевского митрополита Герасима, и это дало Новгороду независимость от московской церкви. В Новгороде приобрели значительную силу антимосковские настроения. Архиепископ Евфимий II активно способствовал западному влиянию и оказывал покровительство иностранцам. «От странных же или чуждых стран приходящих всех любовию приимаше, всех упокоиваше, всех по достоинству миловаше», — говорит о нем Пахомий Серб. Показателем новгородской политики служит то, что в Новгороде находили убежище противники московского великого князя — Дмитрий Шемяка и Василий Гребенка.

Новгородское боярство обращалось к прошлому Великого Новгорода, чтобы в нем найти опору в борьбе против Москвы. Так же, как и в Москве, это обращение к прошлому сказалось в усиленном развитии летописания, в целом ряде реставрационных работ, в попытках оживить историческое предание, связанное с героическими страницами в жизни родного города. Во второй четверти XV в. началась беспокойная строительная деятельность архиепископа Евфимия II. Он обстроил новыми зданиями владычный двор Детинца, строил на Софийской и Торговой сторонах, строил в Старой Руссе, в Вяжищах, в Хутыне и т. д. Ко времени Евфимия II относятся здания светского и промышленного назначения, церкви и правительственные палаты.

Особое место в строительной деятельности Евфимия II занимало возрождение новгородских архитектурных форм XII в. — века наибольшего расцвета новгородской торговли и внешнего могущества. В 1454 г. Евфимий II реставрировал церковь Ивана на Опоках (братчины Иванщины), первоначальной постройки 1127–1130 гг. В 1455 г. он строил «на старой основе» церковь Ильи на Славне, первоначальное здание которой относилось к 1198–1202 гг. В 1442 г. Евфимий II «на старой основе» 1198 г. ставил Преображенский собор в Старой Русое. На старой же основе XII в. восстанавливались церкви Бориса и Глеба (1445), Жен-мироносиц (1445), Борогодицы на Торгу (1458) и др. Евфимий II возродил строительные приемы монументальной архитектуры XII в., напоминавшие своими выразительными и внушительными формами о былом величии Новгорода. Разнообразной строительной деятельностью Евфимия II восхищался Пахомий Серб, в восторженных выражениях описавший выстроенные Евфимием храмы Детинца, которые «яко звезды или горы» стоят вокруг Софии.

Массовое восстановление Евфимием II старых церквей XII в. связано с одновременным установлением культа «преждеотшедших» новгородских архиепископов, с возрождением летописного дела, с созданием цикла литературных произведений об архиепископе Иоанне, при котором новгородцы в 1170 г. отбили от стен Новгорода войска северо-восточных княжеств, что в XV в. служило как бы символом неприступности Новгорода для посяганий Москвы. Около 1432 г. был составлен в Новгороде обширный летописный свод «Софийского временника», который должен был дать новую историческую концепцию, поставив в центр русской истории историю Великого Новгорода. Однако, вскоре после составления свода 1432 г. «Софийского временника», в Новгороде стал ясен и его основной недостаток, не позволявший ему конкурировать с обширными московскими летописными сводами начала XV в. В то время как московское летописание было в подлинном смысле этого слова общерусским, объединяло в своем составе известия самых разнообразных областей и освещало историю всего русского народа в целом, новгородский «Софийский временник» но составу своих известий оставался все же летописью узко новгородской. Поэтому при том же Евфимии II в 1448 г. было предпринято составление нового летописного свода.

Свод 1448 г. был первым новгородским сводом с ярко выраженным общерусским характером. Это далеко уже не узкая местная летопись, редко выходящая за пределы родного города, какой была новгородская летопись в предшествующие столетия. Свод 1448 г. описывает судьбу русского народа в целом, хотя преимущество попрежнему отдает Новгороду и в нем видит, очевидно, центр событий русской истории. Знаменательно, что в основном этот общерусский характер свод 1448 г. приобретает в результате заимствования общерусских известий из московского летописного свода Фотия 1418 или 1423 г. Стремясь создать историческую и политическую концепцию, противостоящую московской, Новгород все же опирался на Москву, на ее книжность, считался с достижениями ее исторической мысли и принимал общерусский характер ее трактовки предшествующего летописания. Так, идеи Москвы находят себе признание даже у ее врагов. Однако, в противоположность московским летописцам конца XIV — начала XV вв., нередко оценивавшим события с точки зрения демократических городских слоев населения, составитель свода 1448 г. во многих случаях проявил себя как представитель интересов боярской партии — владычнего двора. Он с осуждением отнесся к черному люду — к «голодникам», «ябедникам» и к городским волнениям.