Иудеи, однако, ухватились за внешний смысл слов Христа и попытались сделать их нелепыми и неисполнимыми. Они указывали на то, что храм этот, гордость иудеев, строился 46 лет, и как же можно восстановить его в три дня? Речь здесь идет о возобновлении строительства храма Иродом. Строительство храма, было начато в 734-м году от основания Рима, то есть за 15 лет до Рождества Христова, а 46-й год приходится на 780-й год от о. Р., то есть на год первой евангельской Пасхи. Даже сами ученики Господа поняли смысл слов Его лишь тогда, когда Господь воскрес из мертвых и "отверз им ум к разумению писания".

Далее Евангелист говорит, что в продолжении праздника Пасхи Господь творил чудеса, видя которые, многие уверовали в Него, но "Сам Иисус не вверял Себя им", то есть не полагался на них, на их веру, поскольку вера, основанная на одних чудесах, не согретая любовью к Христу, не может считаться прочной. Господь "знал всех" как всемогущий Бог, "знал, что в человеке" – что сокрыто в глубине души каждого, а потому не доверял словам тех, кто, видя Его чудо, исповедовал Ему свою веру.

Изгнание торгующих из храма и чудеса, совершенные Господом в Иерусалиме, так сильно подействовали на иудеев, что даже один из "князей" или начальников иудейских, член синедриона (см. Иоан. 7:50) Никодим пришел к Иисусу. Пришел он ночью, очевидно, он очень хотел услышать Его учение, но опасался навлечь на себя злобу своих товарищей, враждебно настроенных по отношению к Господу. Никодим называет Господа "Равви", то есть учителем, тем самым признавая за Ним право учительства, которое, по воззрению книжников и фарисеев, не мог иметь Иисус, не окончив раввинской школы. И это уже показывает расположение Никодима к Господу. Далее он называет Иисуса "учителем, пришедшим от Бога", признавая, что Он творит чудеса с присущей Ему Божественной силой. Никодим говорит не только от своего имени, но и от имени всех иудеев, уверовавших в Господа, а может быть, даже от имени и некоторых членов синедриона, хотя, конечно, в основной массе эти люди были враждебно настроены к Господу.

Вся дальнейшая беседа замечательна тем, что она направлена на поражение ложных фантастических воззрений фарисейства на Царство Божье и условий вступления человека в это Царство. Беседа эта разделяется на три части: Духовное возрождение как основное требование для входа в Царство Божье; Искупление человечества крестными страданиями Сына Божья, без чего невозможно было бы наследование людьми Царства Божья; Сущность суда над людьми, не уверовавшими в Сына Божья.

Тип фарисея в то время был олицетворением самого узкого и фанатического национального партикуляризма: они считали себя совершенно отличными от всех остальных людей. Фарисей считал, будто уже только по одному тому, что он иудей и, тем более фарисей, он есть непременный и достойнейший член славного Царства Мессии. Сам же Мессия, по воззрению фарисеев, должен быть подобным им иудеем, который освободит всех иудеев от чужеземного ига и создаст всемирное царство, в котором они, иудеи, займут господствующее положение. Никодим, разделявший, очевидно, эти общие для фарисеев воззрения, в глубине души, возможно, чувствовал ложность их, и потому пришел к Иисусу, о замечательной личности Которого распространилось так много слухов, узнать, не Он ли тот ожидаемый Мессия? И потому он сам решил пойти к Господу, чтобы удостовериться в этом. Господь же с первых слов начинает свою беседу с того, что рушит эти ложные фарисейские притязания на избранность: "Истинно, истинно говорю тебе: если кто не родится свыше, не может увидеть Царствия Божья". Или, другими словами, недостаточно быть иудеем по рождению, нужно полное нравственное перерождение, которое дается человеку свыше, от Бога, и надо как бы заново родиться, стать новою тварью (в чем и состоит сущность христианства). Так как фарисеи представляли себе Царство Мессии царством физическим, земным, то нет ничего удивительного в том, что Никодим понял эти слова Господа тоже в физическом смысле, то есть что для входа в Царство Мессии необходимо вторичное плотское рождение, и высказал свое недоумение, подчеркивая нелепость этого требования: "Как может человек родиться, будучи стар? Неужели может он в другой раз войти в утробу матери своей и родиться?" Тогда Иисус объясняет, что речь идет не о плотском рождении, а об особом духовном рождении, которое отличается от плотского как причинами, так и плодами.

Это – рождение "от воды и Духа". Вода – средство или орудие, а Дух Святой – Сила, производящая новое рождение, и Виновник нового бытия: "Если кто не родится от воды и Духа, не может войти в Царствие Божье". "Рожденное от плоти есть плоть", – когда человек рождается от земных родителей, то наследует от них первородный грех Адама, гнездящийся во плоти, мыслит сам по плотски и угождает своим плотским страстям и похотям. Эти недостатки плотского рождения можно исправить рождением духовным: "Рожденное от Духа есть дух". Тот, кто принял возрождение от Духа, тот сам вступает в жизнь духовную, возвышающуюся над всем плотским и чувственным. Видя, что Никодим все же не понимает, Господь начинает объяснять ему, в чем именно состоит это рождение от Духа, сравнивая способ этого рождения с ветром: "Дух [в данном случае Господь подразумевает под духом ветер]дышит, где хочет, и голос его слышишь, а не знаешь, откуда приходит и куда уходит: так бывает со всяким, рожденным от Духа". Иными словами, в духовном возрождении человеку доступна наблюдению только перемена, которая происходит в нем самом, но возрождающая сила и способ, которым она действует, а также пути, по которым она приходит, – все это для человека таинственно и неуловимо. Также мы чувствуем на себе действие ветра: слышим "голос его", но не видим и не знаем, откуда приходит он и куда несется, столь свободный в своем стремлении и ничуть на зависящий от нашей воли. Подобно этому и действие Духа Божья, нас возрождающего: очевидно и ощущаемо, но таинственно и необъяснимо.

Однако, Никодим продолжает оставаться в непонимании, и в следующем его вопросе "Как это может быть?" выражены и недоверие к словам Иисуса и фарисейская гордыня с претензией все понять и все объяснить. Это-то фарисейское высокомудрствование и поражает в Своем ответе Господь с такой силой, что Никодим не смеет потом уже ничего возражать и в своем нравственном самоуничижении мало-помалу начинает подготавливать в своем сердце почву, на которой Господь сеет потом семена Своего спасительного учения: "Ты – учитель Израилев, и этого ли не знаешь?" Этими словами Господь обличает не столько самого Никодима, сколько все высокомерное фарисейское учительство, которое, взяв ключ от понимания тайн Царства Божья, ни само не входило в него, ни других не допускало войти. Как же было фарисеям не знать учения о необходимости духовного возрождения, когда в Ветхом Завете так часто встречалась мысль о необходимости обновления человека, о даровании ему Богом сердца плотного вместо каменного (Иезек. 36:26). Ведь и царь Давид молился: "Сердце чистое сотвори во мне, Боже, и дух правый обнови внутри меня" (Псал. 50:12)

Переходя к откровению высших тайн о Себе и о Царстве Своем, Господь в виде вступления замечает Никодиму, что в противоположность фарисейскому учительству, Он Сам и ученики Его возвещают новое учение, которое основывается непосредственно на знании и созерцании истины: "Мы говорим о том, что знаем, и свидетельствуем о том, что видели, а вы свидетельства Нашего не принимаете", – то есть вы, фарисеи – мнимые учителя Израилевы.

Далее, в словах: "Если Я сказал вам о земном, и вы не верите, – как поверите, если буду говорить вам о небесном?" – под земным Господь подразумевает учение о необходимости возрождения, так как и потребность возрождения, и его последствия происходят в человеке и познаются его внутренним опытом. А говоря о небесном, Иисус имел в виду возвышенные тайны Божества, которые выше всякого человеческого наблюдения и познания: О предвечном совете Троичного Бога, о принятии на Себя Сыном Божьим искупительного подвига для спасения людей, о сочетании в этом подвиге Божественной любви с Божественным правосудием. Что совершается в человеке и с человеком, об этом, может быть, знает отчасти сам человек. Но кто из людей может взойти на небо и проникнуть в таинственную область Божественной жизни? Никто, кроме Сына Человеческого, Который и сойдя на землю, не покинул небес: "Никто не восходил на небо, как только сошедший с небес Сын Человеческий, сущий на небесах". Этими словами Господь открывает тайну Своего воплощении, убеждает его в том, что Он – больше, чем обыкновенный посланник Божий, подобный ветхозаветным пророкам, каким считает Его Никодим, что Его явление на земле в образе Сына Человеческого есть схождение от высшего состояния в низшее, уничиженное, потому что Его истинное, вечное бытие не на земле, а на небе.