Клаусу Фуксу не помогло повторное вмешательство Макса Борна, который в письме на имя председателя «Общества по охране науки и знания» Эстер Симпсон охарактеризовал его как «одного из двух или трех наиболее одаренных физиков-теоретиков молодого поколения» и как ученого, способного внести значительный вклад в проведение научных исследований, имеющих «общенациональное значение». Несмотря на столь лестные характеристики, Фукс, равно как и тысячи других немецких эмигрантов, буквально за несколько часов был доставлен в спешно сооруженный лагерь для интернированных иностранцев на острове Мэн. В лагере Фукс, судя по всему, быстро завоевал авторитет среди заключенных и даже вошел в местное лагерное самоуправление, так как уже 13 июня Макс Борн писал ему из Эдинбурга: «…мы очень рады, что вам доверили ответственную должность старосты барака». Пытались помочь Фуксу и его бывшие коллеги из Бристольского университета, но безуспешно (Нэвилл Мотт направил письмо в министерство внутренней безопасности о том, что «глубоко сожалеет» по поводу интернирования талантливого немецкого ученого, но ответа не получил).
Лагерь для интернированных на острове Мэн просуществовал недолго. И хотя несколько тысяч интернированных безоружных людей на отдаленном острове в Ирландском море вряд ли представляли угрозу для безопасности Великобритании, страх перед «пятой колонной» оказался сильнее. Англичане решили перестраховаться и отправить всех «враждебных иностранцев» и военнопленных туда, где они уже наверняка не смогут причинить никакого вреда — в свои бывшие доминионы Австралию и Канаду.
3 июля 1940 года транспортное судно «Эттрик» с 1300 интернированными немецкими эмигрантами, в их числе Клаус Фукс и Ганс Келлерманн, 750 немецкими и 400 итальянскими военнопленными вышло из ливерпульского порта и взяло курс на Канаду. За три дня до этого другое судно с интернированными немцами на борту «Андорра стар» было торпедировано немецкой подлодкой и затонуло с тысячами людей на борту. Это был акт ничем не прикрытого вандализма по отношению к своим же соотечественникам, так как «Андорра стар» вышла в открытый океан под нацистским флагом со свастикой и командиру фашистской субмарины было совершенно ясно, что на борту находятся немецкие военнопленные. «Эттрик» также имел флаг со свастикой, но услышав новость о страшной судьбе «Андорры стар», командир приказал повернуть в Ливерпуль, откуда корабль вышел на следующий день уже в сопровождении конвоя эскадренных миноносцев.
Лагерь для интернированных располагался в старых армейских складах в пригороде Квебека Шербрук, специально переоборудованных для этих целей. Все переоборудование заключалось в том, что всю территорию обнесли двумя рядами колючей проволоки и возвели несколько уродливых вышек по периметру. Интернированные немецкие эмигранты находились на положении военнопленных, и лагерная администрация обращалась с ними соответственно этому статусу. Повседневные придирки, издевательства и унижение были нормой и образом жизни, которые выдерживал не каждый.
Лагерь в Шербруке собрал за колючей проволокой целое созвездие молодых талантов в самых различных областях, ставших впоследствии учеными мирового значения и Нобелевскими лауреатами. Был создан лагерный «университет», в котором Клаус Фукс начал читать лекции по физике, в основном, ученым в смежных областях.
По всеобщей оценке, его лекции были очень образными, наглядными и их хорошо посещали.
В Шербруке Клаус Фукс начал переписываться со своей сестрой Кристел, адрес которой нашел через американских квакеров, знавших его отца. Написав Клаусу ответное письмо, Кристел попросит вскоре брата своей университетской подруги, канадского ученого, профессора математики Кингстонского университета Израэля Гальперина связаться с ее братом и помочь ему по возможности. Гальперин запишет его имя в свою записную книжку, которая через шесть лет попадет в канадскую контрразведку. Но об этом позже.
К концу 1940 года британские страхи относительно неминуемой высадки немцев в Англии несколько поубавились и барометр общественных настроений вновь качнулся в пользу беженцев из Германии. Уже в конце июня Черчилль, выступая в парламенте, заметил, что «многие враждебные иностранцы ненавидят нацистский режим, и было бы большой несправедливостью относиться к нашим друзьям, как к врагам». В конце 1940 года около 20 тысяч интернированных немцев были выпущены на свободу так же неожиданно, как и были арестованы шесть месяцев назад. Черчилль начал понимать, что антинацистски настроенные немецкие эмигранты могут оказаться очень полезными в явной и тайной борьбе с Гитлером.
В декабре 1940 года все закончилось и для лагеря в Шербруке. Канадские власти и лагерная охрана вдруг стали чрезвычайно предупредительными и внимательными. Немецким эмигрантам разрешили остаться в Канаде или США, или же возвратиться в Англию. Подавляющее большинство коммунистов и левых социалистов решили вернуться в Англию, на передний, как они считали, фронт борьбы с фашизмом. Клаус Фукс, благодаря вмешательству Макса Борна, попал в первую партию из 287 бывших интернированных, направлявшихся в Англию. Отбыл 17 декабря из Галифакса на бельгийском судне «Тусвилль» в Ливерпуль, он уже в первых числах января нового 1941 года смог сам поблагодарить Макса Борна за большое участие в своей судьбе. Клаусу Фуксу только исполнилось 29 лет. Он был в расцвете своих творческих сил и научного таланта.
Подключение Клауса Фукса к сверхсекретным работам по созданию английского атомного оружия произошло при следующих обстоятельствах. В начале 1941 года Рудольф Пайерлс лишился Отто Фриша, которого перевели в Ливерпульскую исследовательскую группу профессора Чедвика, где он занялся исследованием нового загадочного элемента 94, или плутония, который оказался более делимым, чем уран-235 и, следовательно, более перспективным в качестве возможной ядерной взрывчатки. Встал вопрос о замене Фриша, и Пайерлс вспомнил о Клаусе Фуксе, которого несколько раз встречал в Эдинбурге у Макса Борна и чьи работы он уже успел по достоинству оценить. Пайерлс вспоминал позже, что хотя Фукс не занимался до сих пор ядерными исследованиями, его ранние работы, написанные у Нэвилла Мотта и Макса Борна, обнаруживали такую гибкость и глубину математического анализа и научную интуицию, что он решил, несмотря на ограничения военного времени, пригласить Клауса Фукса, который после возвращения из интернирования в Эдинбург продолжал формально оставаться «враждебным иностранцем», в свою лабораторию. Связавшись с Максом Борном и Нэвиллом Моттом, Пайерлс получил самые лестные рекомендации молодому немецкому физику. Оставалось получить «clearance», то есть «допуск» у министерства авиационной промышленности, которое в ответ на просьбу Пайерлса разрешить ему привлечь к работе в Бирмингемской лаборатории Клауса Фукса запросило о нем контрразведывательную службу «МИ-5». В его досье к тому времени имелись два документа: письмо немецкого консула в Бристоле Хартли-Ходдера, датированное августом 1934 года, о том, что Фукс является коммунистом, и недавнее сообщение осведомителя «МИ-5» из числа немецких эмигрантов, подтверждающее эту информацию. Это уже было серьезно, так как коммунисты в то время, когда пакт Молотова — Риббентропа оставался еще в силе, были «подозрительными элементами» и потенциальными «саботерами» военных усилий Великобритании.
В конце концов, соображения практической целесообразности победили, и уже 10 мая 1941 года Пайерлс направил Фуксу официальное письмо с предложением принять участие в «одном военном проекте». Клаус Фукс, не подозревавший, что речь идет о сверхсекретной программе создания атомной бомбы против Гитлера, неизвестно как существовавший на нищенскую аспирантскую стипендию, после недолгих раздумий согласился. Позднее он вспоминал, что даже если бы он знал о том, чем ему придется заниматься, он все равно бы согласился на предложение Пайерлса. 23 мая он написал Нэвиллу Мотту в Бристоль, что переезжает вскоре в Бирмингем, а уже в июне, после получения долгожданного «допуска», он подписал официальное обязательство о соблюдении Закона о защите государственных секретов (Official Secrets Act). Кстати, «допуск», подписанный английской службой безопасности, был образчиком бюрократического недомыслия, так как предписывал Пайерлсу следить за тем, чтобы Фукс как можно меньше мог узнать об общем характере исследований. Создать математический аппарат, не зная физической природы исследуемых явлений, было абсурдом, и поэтому еще до получения формального «допуска» Фукс принял активное участие в «доводке» теоретической расчетной части доклада исследовательской группы Пайерлса о величине критической массы урана-235 и проблеме разделения изотопов природного урана. Одновременно он начал самостоятельные и очень важные исследования в области гидродинамики газодиффузионного процесса.