После капитула 1221 года, на котором был принят новый устав ордена, поражающий прежде всего своею обширностью, так как он занимал 10 страниц in folio, между тем как первый устав был написан на трех, эволюция ордена совершалась уже с необычайной быстротой. Ничто уже не могло задержать естественное течение вещей. Установление иерархии ордена повело за собой учреждение резиденций и монастырей, при которых оказалось необходимым иметь свои собственные церкви и т. д. Папство содействовало всеми зависящими от него средствами такому превращению францисканской общины, так как в своем новом виде францисканский орден мог быть очень полезен римской курии приобретенным им влиянием и репутацией. Но сам Франциск уже совершенно отступил на задний план. Его заменил в управлении орденом сначала Петр Катанский, а затем, по смерти Петра, на место его был поставлен честолюбивый и умный францисканец Илья, сделавшийся окончательным преемником Франциска после его смерти.

Покорившийся тому, что оказалось сильнее его, Франциск сошел со сцены и стал большую часть времени проводить в уединении, в горах своей любимой Умбрии. В центральной Италии нет ни одной местности, где бы не сохранилось о нем воспоминания. Между Флоренцией и Римом то и дело встречаются холмы, хижины и гроты, носящие его имя или имя кого-нибудь из его учеников. Однако его продолжали посещать верные ученики, недовольные новым духом, воцарившимся в общине. Случалось, что Франциск, вероятно подавленный нравственно таким искажением его идеала и искавший успокоения своей души в чувстве смиренной покорности, говорил им о таком смирении и послушании, которое должно быть идеалом каждого монаха. Он предлагал им взять за образец бездыханный труп, который не противится ничему.

Такое стремление к безусловному пассивному послушанию, к уничтожению в себе всякого протеста, ясно указывает на угнетенное душевное настроение Франциска, так как оно отчасти напоминает стремление к самоуничтожению, желание лишиться способности чувствовать и страдать, которое овладевает человеком во время сильных нравственных и душевных мук.

И действительно, Франциск должен был глубоко страдать нравственно, наблюдая, как постепенно “плотский дух” вторгается в его учреждение и облекает его в земные формы. Обет нищенства постепенно терял свое значение, и на сцену выступали властолюбие и забота о мирских интересах. Простой и бесхитростный Франциск был врагом схоластической учености, хотя и питал трогательную почтительность ко всякому писанному слову, поднимая и убирая каждый исписанный листок бумаги, “так как ведь на нем, может быть, начертано имя Господне”. Но, уступая духу века, община его невольно становилась центром учености, и Франциск с горем видел, что в ней, вместе с расширением ее знаний и учености, возникает худший из пороков: высокомерие и гордость, заменившие прежнее смирение, бывшее основной добродетелью францисканцев. Франциск особенно возмутился, когда францисканский настоятель в Болонье учредил в монастыре нечто вроде коллегии. Апостол когда-то высказал ему свое неудовольствие по этому поводу, но, по-видимому, настоятель не обратил на его слова никакого внимания, и кроткий Франциск пришел в такое сильное негодование, что даже проклял настоятеля; этот поступок указывает, как терзалась душа Франциска всем, что делалось вокруг него.

Многие из богословских авторов желают уверить, что Франциск ничего не имел против превращений, которым подвергся его орден, так как он сам желал его умножения и процветания, но это совершенно противоречит тем данным, которые можно найти у его биографов и в сочинениях его современников. Он, несомненно, был недоволен и даже сказал следующее: “Придет время, когда наш орден настолько уже потеряет свою хорошую репутацию, что его членам будет совестно показываться на свет”.

Больше всего его огорчало, конечно, что его последователи отказались совершенно от прежней апостольской жизни. Вначале братья минориты ради куска хлеба поступали иногда служителями. Это обыкновение также претерпело известное превращение. Под предлогом службы братья поступали к самым знатным лицам папского двора и делались их доверенными, становясь, таким образом, не ниже, а выше всех прочих. Мало-помалу между ними выработался какой-то особый класс придворных, и они принимали участие в различных интригах, на которые всегда были так падки римские прелаты. Франциск не мог протестовать против этого, но глубоко скорбел. Сам он до такой степени дорожил своей независимостью, что не мог пользоваться ничьим гостеприимством, и всегда чувствовал непреодолимое стремление к свободе, как только поселялся у кого-нибудь из своих доброжелателей-прелатов. Однажды, чувствуя потребность в покое, он принял предложение одного кардинала, любившего его, и поселился у него на время, но не выдержал даже нескольких дней, сказав, что демоны выгоняют его из “тюрьмы”. Это сравнение гостеприимства кардинала с тюрьмой весьма характерно для Франциска.

Неурядицы в его ордене и проявление несимпатичных сторон, заставляли Франциска все чаще и чаще искать уединения и утешения в беседе с Богом. Он чувствовал, что конец его близок, так как силы его падали, зрение слабело, и он почти не мог переваривать пищу. В это время он все больше и больше обращался мыслью к страданиям Спасителя, и постепенно чувство любви к Христу и жалости к его страданиям так охватило Франциска, что заставило его переживать с необыкновенной яркостью и реальностью все отдельные моменты жизни Иисуса Христа. Заветом всей жизни Франциска было подражание Христу, и Франциск действительно ни разу не уклонился от этого принципа. Но раньше он только стремился провести его в жизнь, стараясь, чтобы ни один шаг его не противоречил идее смиренного, страждущего проповедника мира и любви; когда же он стал вести более созерцательную жизнь и начал всецело отдаваться помышлениям о страданиях Спасителя, то его все сильнее стало охватывать желание разделить муки Христа, испытать ощущение его ран. Проводя в молитве целые дни и ночи, Франциск, в том душевном и физическом состоянии, в котором он находился, легко, конечно, мог достигнуть экстаза. Поглощенный мыслями о страданиях Христа, он целые часы проводил у подножья алтаря в маленькой уединенной часовне на горе, читая и перечитывая главы Евангелия, посвященные страстям Господним, после чего удалялся в лес и там опять-таки мысленно переживал прочитанное. Когда Франциск раскрывал Евангелие, то непременно, вследствие частого чтения этих глав, оно само собою открывалось на описании страстей Господних. В этой простой, легко объяснимой случайности Франциск видел как бы указание свыше.

Однажды, проведя целую ночь в молитве и скорби о страданиях Христа, Франциск впал в состояние экстаза. Согласно одной из легенд, овладело им чувство неизъяснимого блаженства, причем ему представился лучезарный серафим, пригвожденный ко кресту. По другой легенде, апостолу нищеты представился сам распятый Христос, и когда Франциск простер к Небу руки, то почувствовал, что на его теле запечатлелись раны Христа. Эти знаки – “стигматы” – явились, так сказать, венцом всей жизни Франциска, они довершили его сходство с Христом в глазах его последователей. Существовали ли эти стигматы на самом деле, или же предание о них вызвано стремлением последователей Франциска еще более уподобить его божественному Учителю, по стопам которого он шел всю жизнь, – очень трудно решить положительным образом. Стигматизация Франциска вскоре после его смерти считалась неоспоримым фактом всеми его последователями. Но биограф Франциска, Фома Челано, называет Илью, преемника Франциска в управлении орденом, и Руфина единственными счастливцами, удостоившимися при жизни Франциска видеть его раны. Действительно, ничто не указывает, чтобы о стигматах Франциска шла речь еще при его жизни, и это дает повод немецкому историку Карлу Газе, написавшему очень подробное исследование о Франциске Ассизском, предположить, что стигматы представляют вымысел честолюбивого Ильи, преемника Франциска, упомянувшего в окружном послании, извещающем о смерти основателя ордена и о ранах на его теле, напоминающих раны Христа.