Пока жив был слабый патриарх Иосиф, Неронов и Вонифатьев с товарищами чувствовали силу на своей стороне. Но 15 апреля 1652 года Иосиф умер. В сущности, вопроса о личности нового кандидата на патриарший престол не могло и возникнуть, так как он всецело разрешался всем известною любовью царя к Никону. Однако кружок Неронова сделал, кажется, попытку выставить кандидатуру человека, которого он мог бы с полной и безусловной уверенностью считать своим, именно протопопа Стефана Вонифатьева. Правда, рассказ Аввакума, от которого мы только и имеем сведения об этой попытке, несколько спутан: в одном месте он говорит, что Неронов с приятелями, в том числе и сам он, вместе с казанским митрополитом Корнилием, подали царю челобитную с просьбой назначить патриархом Вонифатьева, но последний сам отказался от этой чести и указал на Никона; в другом месте Аввакум рассказывает, что протопопы, и сам он в числе их, прямо просили о назначении патриархом Никона и были непосредственными виновниками этого назначения. Трудно сказать, которая из этих двух версий справедливее, но общий смысл их обеих соответствует действительному положению вещей, если только принять некоторые необходимые ограничения. Протопопы не были прямыми виновниками возведения Никона в сан патриарха, так как намерения Алексея Михайловича на этот счет уже вполне сложились без их участия, но, зная эти намерения, они, в полном ли своем составе или в лице Вонифатьева, могли и со своей стороны указать на Никона, рассчитывая таким способом действий обеспечить себе благодарность со стороны будущего главы русской церкви. Тем легче могли они это сделать, что Никон, хотя и не связанный с ними тесными узами личной дружбы, был для них все-таки в известной мере своим человеком, теми же глазами, как и они, смотревшим на русскую церковную жизнь, мечтавшим об исправлениях ее в том же духе и направлении. Поэтому протопопы и их друзья могли рассчитывать и в патриаршество Никона удержать ту власть и влияние в церковных делах, какими они пользовались раньше. Если патриарх Иосиф подчинялся им, то от Никона они могли ждать, что он будет действовать совместно с ними во имя общей их цели и, идя по одной с ними дороге, не захочет лишить себя их поддержки.

Но на деле эти ожидания не оправдались. Крутой, самолюбивый и самовластный Никон менее всего способен был кому-либо подчиняться. Сознавая за собою сильную поддержку царя, он мечтал сам начать и вести дело церковных исправлений. К тому же в нем зародилось и сомнение насчет справедливости тех взглядов, которые он еще недавно разделял с московскими протопопами. Беседы с приезжими в Москву греческими иерархами и собственное знакомство с русскими церковными древностями убедили его, что некоторые московские обычаи сами представляют новшество в церковной жизни, противное и русской старине, и современной вселенской практике, а отсюда невольно уже появлялось сомнение, действительно ли эта последняя заражена такими ересями, как это думали на Руси, и не представляет ли она скорее источника, к которому следует обратиться ради восстановления истинного правоверия. Для непосредственной и страстной натуры Никона этого сомнения оказалось достаточно, чтобы решительно толкнуть его на другой путь. Сделавшись патриархом, он уже не с полным доверием смотрел на деятельность лиц, окружавших Неронова и Вонифатьева. Он стал прислушиваться и к другим голосам, раздававшимся из кружка малороссов, ближе сошелся с Епифанием Славинецким и скоро окончательно перешел на сторону киевских ученых, решив привлечь к делу церковного исправления опыт иных церквей. С этой минуты в его руках само дело исправления церковных обрядов приблизилось к их реформе. Это изменение программы повлекло за собою и соответственное изменение способа действий патриарха: начатое при Иосифе дело исправления церковных книг было поставлено на новых основаниях, иосифовские справщики книг, набранные из русского духовенства, были удалены от должности, а на их место назначен начальником печатного двора Славинецкий, вокруг которого собрана была комиссия из ученых киевских монахов.

В таких действиях патриарха протопопы должны были увидеть личную измену прежнего приятеля, но вместе с тем, эта измена приобретала для них особенное значение благодаря той почве, на которой она совершилась. Патриарх предпочел чуждую науку русскому правоверию, сошелся с еретиками, которых сам прежде хулил; очевидно, он готовится внести ересь в русскую церковь. Такое впечатление породили действия Никона в его бывших приятелях и единомышленниках, и они с враждебной подозрительностью смотрели на патриарха, готовясь увидеть в его дальнейших распоряжениях признаки еретической новизны. Ожидания не замедлили оправдаться.

Великим постом 1653 года Никон разослал по церквам указ не творить земных поклонов в четыредесятницу, исключая лишь четырех больших при чтении молитвы Ефрема Сирина, и креститься тремя перстами, а не двумя. Для подозрительно и враждебно настроенного кружка Неронова этот указ явился началом ожидавшейся “еретической зимы”. “Мы же задумалися, сошедшеся между собою, – рассказывал впоследствии Аввакум, – видим, яко зима хощет быти: сердце озябло и ноги задрожали. Неронов мне приказал церковь, а сам един сокрылся в Чудов, – седмицу в палатке молился. И там ему от образа глас бысть во время молитвы: время приспе страдания! Подобает вам неослабно страдати!” Сильный ропот поднялся среди всего кружка Неронова. Аввакум и Даниил задумали выступить с протестом и, составив “выписку” о поклонах и о крестном знамении, подали ее Алексею Михайловичу. Этот шаг не имел последствий, но и протопопы решили не подчиняться распоряжениям патриарха и, не стесняясь, громко осуждали их. Между двумя партиями завязывалась решительная борьба, и как характеры лиц, принявших в ней участие, так и глубокое различие борющихся сторон должны были сделать ее упорной и ожесточенной.

Никон был не таким человеком, чтобы оставить без ответа брошенный ему вызов на борьбу и смиренно проглотить оскорбление. Решив показать противникам свою власть, он выжидал для этого только удобного случая, который скоро ему и представился. В июне того же года пришел от муромского воеводы донос на тамошнего протопопа Лонгина, будто он хулит иконы и лик Спасов. Обвинение было вздорное, но оно пригодилось Никону, и он, распорядившись отдать Лонгина за “жестокого пристава”, созвал для суда над ним собор из низших духовных властей – архимандритов, игуменов и протопопов. На этом соборе разразилось уже открытое столкновение между патриархом и Нероновым с товарищами. Последние горячо вступились за Лонгина, доказывая, что Никон не имел права подвергать его такому тяжелому наказанию, особенно до полного расследования дела. Всех ревностнее выступил на защиту муромского протопопа сам Неронов, который попутно подверг резкой критике все действия патриарха. “Прежде сего, – говорил он Никону, – ты имел совет с протопопом Стефаном (Вонифатьевым), и на дом ты к протопопу Стефану часто приезжал, и о всяком деле советовал, когда ты был в игуменах, в архимандритах и в митрополитах, и которые боголюбцы посланы государем блаженныя памяти к патриарху Иосифу, чтобы ему поставити по его государеву совету оных в митрополиты и в архиепископы и епископы, иных в архимандриты, игумены и протопопы, а с государевым духовником Стефаном ты тогда был в советех, и не прекословил нигде, и на поставлении их не говорил: анаксиос, а ныне у тебя те же люди недостойны стали, и протопоп Стефан за что тебе враг стал? Везде ты его поносишь и укоряешь, а друзей его раззоряешь, протопопов и попов с женами и детьми разлучаешь: доселе ты друг нам был, а ныне на нас восстал”. По словам раздраженного протопопа, Никон всему верил, в чем бы ни обвиняли их друзей, повторяя, “так-де они делают, такие-де нечестивые, а Стефан-де протопоп и Иоанн им ворам потакают”... При всем преобладании в этой критике личных мотивов, за ними слышался и более общий протест, направленный не против каких-либо отдельных действий Никона, а против всей принятой им системы, против замены благоверных московских людей “иностранными иноками, ересей вводителями”, и такой протест не мог быть удовлетворен частичными уступками.