Так оно на первых порах и было, но по мере возмужания царя, приобретавшего в военных походах новых советников и помощников, а также по мере «бронзовения» патриарха, наживавшего своим деспотизмом недоброжелателей и врагов, ситуация стала меняться. Она усугублялась еще и тем, что Никон и Алексею Михайловичу не очень-то уступал, обращаясь с ним как старший с младшим и не считаясь с его мнением. Так, он, с легкостью проклявший купца за представление в патриархию неправильного счета за поставленный товар, отказал царю (!) и не отлучил от церкви двух дворян, изменивших тому в Польском походе. Алексей Михайлович терпел-терпел, а потом его перестало устраивать положение послушного ученика, и он, конечно же не без подстрекательства бояр, захотел восстановить верховенство монаршей власти над всеми сферами жизни в своем царстве, в том числе и над церковной. Но, в отличие от патриарха, царь не бросался в бой сломя голову, так как был сторонником постепенного развития событий. Начал он с нелицеприятных замечаний по поводу нарушения патриархом некоторых церковных обрядов, потом он устроил ему разнос за то, что тот отказался назначить своею властью на Киевскую митрополию московского ставленника и тем самым усилить мирскую власть Москвы духовной властью Московской патриархии над вновь приобретенными верноподданными. За этим последовали мелкие, но обидные уколы патриаршего самолюбия: то его забудут пригласить на официальный прием, то обнесут за столом, то не пошлют традиционного подарка от царских щедрот.

Скандал разразился в июле 1658 года во время приезда в Москву кахетинского царя Теймураза. Патриарх не был приглашен на эту встречу. Тогда он послал своего приближенного князя Дмитрия Мещерского узнать, что происходит в Кремле. Однако того ждала неласковая встреча. Ответственный за проведение этого «саммита» окольничий Богдан Хитрово не только не допустили его в палаты, но и нанес побои. Никон потребовал наказать виновного, но Алексей Михайлович разбираться в этом конфликте не стал. Хуже того, вслед за этим инцидентом последовал отказ царя присутствовать на двух патриарших богослужениях, в которых он традиционно принимал участие, и запрет властолюбивому иерарху называть себя Великим Государем. Последнее, видимо, и должно было указать первосвятителю на истинные причины охлаждения отношений.

Трудно судить об истинных мотивах последующих действий патриарха, главное, что они не принесли ему ожидаемых им же результатов. А сделал он буквально следующее: то ли по примеру митрополита Геронтия (1473–1489), то ли подражая Ивану Грозному, он, не слагая с себя патриаршего звания, взял да и удалился в свой Новый Иерусалим, после чего наступило более чем восьмилетнее (!) церковное нестроение. К разочарованию царя, Никон, уходя из Москвы, не отказался от сана и продолжал считать себя действующим главой Русской церкви. Получилась парадоксальная ситуация: нового патриарха невозможно было избрать без участия Никона, так как могло наступить двупатриаршество, но и допускать Никона к участию в выборе преемника тоже было опасно из-за реальной угрозы появления на патриаршем престоле его двойника. Оставался последний путь – найти законные основания для отрешения патриарха от сана, чем царь и его окружение были заняты все последующие годы.

Сначала – в феврале 1660 года – была предпринята попытка доказать, что Никон по собственной инициативе покинул престол, а поэтому он уже не может считаться патриархом, принимать участие во внутрицерковных делах, в том числе и в выборе своего преемника. Созванный для этого специальный Церковный собор с участием греческих священнослужителей согласился с доводами обвинения, однако киевский монах Епифаний Славинецкий, самый известный в то время из русских ученых-богословов, представил возражения, с которыми Алексей Михайлович не мог не считаться, и отрешение не состоялось. Никон предложил свой вариант выхода из кризиса, сводившийся к неукоснительному соблюдению церковных канонов на предстоящих выборах, а также на своем личном участии в процедуре передачи высшей церковной власти. Но, как предполагают исследователи, бояре, боясь, что при личной встрече царь вновь может подпасть под влияние опального патриарха и попросит его остаться на престоле, убедили Алексея Михайловича обратиться за разрешением этой проблемы к восточным патриархам.

А пока суд да дело, на Никона было организовано массированное давление со всех сторон. Его имя перестало упоминаться во время церковных богослужений, а общение со светскими и духовными лицами резко ограничилось. Ранее приостановленные статьи Соборного уложения о Монастырском приказе заработали с новой силой, что привело к отмене ряда приказаний Никона об управлении церковными землями, вплоть до возвращения некоторых владений государству. Со стороны соседствующих с Воскресенским монастырем (Новым Иерусалимом) землевладельцев посыпались бесконечные жалобы по обвинению Никона в утаивании беглых крестьян и присвоении их земель. Для рассмотрения жалоб была создана специальная следственная комиссия во главе с князем Одоевским, которая в конечном итоге ограничила Никону свободу передвижения, заключив в келье Воскресенского монастыря. Без царя это, естественно, не обошлось.

Тем временем восточным патриархам были направлены новые «вопрошения», где в обезличенной форме излагалась московская ситуация и испрашивалось их мнение о том, как должны поступить Собор и царь с церковным иерархом, обвиняемым в оставлении своей паствы, незаконном стяжательстве, вмешательстве в мирские дела, чрезмерном честолюбии, оскорблении монарха. Всем было известно, о ком идет речь, поэтому мнения разделились. Патриархи Константинопольский (вскоре умерший Дионисий) и Иерусалимский (Нектарий) были настроены относительно миролюбиво. Они считали, что Никон был вправе защищать свои патриаршие права и протестовать против вмешательства светских властей в дела церкви, а потому предлагали царю помириться с патриархом. Иной точки зрения придерживались патриархи Александрийский (Паисий) и Антиохский (Макарий), которые в ожидании хороших подарков от царя не только признали Никона виновным во вмешательстве в государственные дела, но и согласились лично приехать в Москву на Церковный собор для участия в суде над ним. Их позиция не устроила нового Вселенского (Константинопольского) патриарха Парфения IV, и он данной ему властью объявил их отрешенными от власти, а их патриаршие престолы – вакантными, вследствие чего Паисий и Макарий на Московском соборе, по существу, представляли лишь самих себя, но никак не свои патриархии.

Собор-суд над Никоном проходил в период с 1 по 12 декабря 1666 года в царской трапезной. Допрос вели присутствовавшие на нем восточные патриархи, как мы уже знаем, с сомнительными полномочиями. По итогам дебатов, в ходе которых подсудимого всячески ограничивали, он был признан виновным в том, что, вмешиваясь в дела, находящиеся вне патриаршей юрисдикции, оскорблял царя; что по своей воле, отказавшись от сана патриарха, оставил свою паству; что основал монастыри с противозаконными названиями и называл себя «патриархом Нового Иерусалима». Кроме того, ему было поставлено в вину присвоение чужой собственности с целью обогащения своих монастырей, препятствование назначению нового патриарха в Москве, оскорбление Собора своими обличениями, жестокость по отношению к епископам в его бытность патриархом. Его лишили не только патриаршего сана, но и священства, объявив простым монахом и сослав «до кончины жизни» в Ферапонтов монастырь, «чтобы ему беспрепятственно плакаться о грехах своих». Никон переживет своего друга и гонителя. В 1676 году он за отказ отпустить грехи умершего царя будет переведен на более строгий режим содержания в Кирилло-Белозерский монастырь. Затем новый царь Федор Алексеевич, внемля просьбам доброжелателей разжалованного патриарха, разрешит ему возвратиться в Воскресенский монастырь, но туда он уже не доедет. Никон скончается 17 августа 1681 года в Ярославле, на 76-м году жизни, и будет погребен в Новом Иерусалиме по патриаршему чину.