Вот что писал о работе отдела Бокия Георгий Агабеков: «Специальный отдел работает по охране государственных тайн от утечки к иностранцам, для чего имеет штат агентуры, следящей за порядком хранения бумаг. Другой важной задачей отдела является перехватывание иностранных шифров и расшифровка поступающих из-за границы телеграмм. Он же составляет шифры для советских учреждений внутри и вне СССР. Шифровальщики всех учреждений подчиняются непосредственно Специальному отделу. Работу по расшифровке иностранных шифров Спецотдел выполняет прекрасно и еженедельно составляет сводку расшифрованных телеграмм для рассылки начальникам отделов ГПУ и членам ЦК».

Одно из отделений Спецотдела занималось созданием технических приспособлений — локаторов, пеленгаторов — и усовершенствованием передвижных станций, отслеживавших передающие источники. Их оборудование обеспечивал небольшой заводик в Мертвом переулке. Отдел обладал и собственной радиостанцией в поселке Кучино.

Огромную роль в перехвате шпионских радиосигналов играла контрольная сеть Наркомата связи. Ее радиоприемники были разбросаны по всей территории Москвы и находились в ведении Спецотдела. Сеть таких «маяков» фиксировала все сигналы, и если они не входили в систему «Русский код», разработанную в 5-м отделении Спецотдела и включающую 82 шифра, информация об источнике тут же поступала на Малую Лубянку. Процедуру действия в подобных случаях наглядно иллюстрирует один курьезный эпизод, происшедший с Генрихом Ягодой, заместителем начальника ОГПУ, руководителем оперативно-секретного управления.

Однажды через сеть Наркомсвязи были перехвачены сообщения, отправленные неизвестным шифром. Как только этот код попал в криптографическое отделение, он был мгновенно прочтен — составить такой шифр мог, пожалуй, учащийся 8-го класса. Один из двух источников сигналов был передвижным, и уже в первые минуты стало ясно, кто посылал многочисленные сообщения: «Пришлите,, пожалуй ста, еще ящик водки». Отправителем шифровок был Генрих Ягода, развлекавшийся на теплоходе с женой сына Максима Горького. Когда стало очевидно, кто хозяин радиостанций, Бокий решил пошутить и поступил в соответствии с инструкцией: информация была передана в Особый отдел, начальником которого являлся сам Ягода, и вскоре из ворот здания на Лубянке выехала пеленгационная машина, а за ней «воронок» с вооруженной группой захвата. Вычислить передатчик не составило труда, и вскоре особисты ломились в дверь «базы», откуда уходили спиртные напитки на теплоход, плывший по Москве-реке. Обитатели «базы» отвечали на угрозы группы захвата резким тоном, и дело едва не кончилось перестрелкой между сотрудниками.

Специфика работы учреждения коренным образом отличалась от всего того, что творилось в ОГПУ, и требовала привлечения в аппарат людей, обладающих уникальными навыками.

По информации историка Льва Разгона, "Бокий подбирал людей самых разных и самых странных. Как он подбирал криптографов? Это ведь способность, данная от Бога. Он специально искал таких людей. Была у него странная пожилая дама, которая время от времени появлялась в отделе. Я также помню старого сотрудника охранки, статского советника (в чине полковника), который еще в Петербурге, сидя на Шпалерной, расшифровал тайную переписку Ленина. В отделе работал и изобретатель-химик Евгений Гопиус. В то время самым трудным в шифровальном деле считалось уничтожение шифровальных книг. Это были толстые фолианты, и нужно было сделать так, чтобы в случае провала или других непредвиденных обстоятельств подобные документы не достались врагу. Например, морские шифровальные книги имели свинцовый переплет, и в момент опасности военный радист должен был бросить их за борт. Но что было делать тем, кто находился вдали от океана и не мог оперативно уничтожить опасный документ? Гопиус придумал специальную бумагу, и стоило только поднести к ней в ответственный момент горящую папиросу, как толстая шифровальная книга превращалась через секунду в горку пепла.

Да, Бокий был очень самостоятельный и информированный человек, хотя он и не занимался тем, чем занималась иностранная разведка. К работе других отделов ОГПУ он относился с пренебрежением и называл их сотрудников «липачами»".

Подразделения Спецотдела вели обширную научно-техническую и исследовательскую работу. Но были в его структуре также подразделения, информация о которых считалась особо секретной, и лишь узкий круг людей был посвящен в эти тайны. Здесь имелись должности экспертов и переводчиков. Их численность колебалась, но также не превышала 100 человек. Половину составляли криптоаналитики и филологи, большей частью бывшие сотрудники Департамента полиции Российской империи. Во вторую группу засекреченных входили ученые самых разных специальностей. Все рни формально находились в подчинении заведующего лабораторией Спецотдела Е. Е. Гопиу-са [Гопиус Евгений Евгеньевич. Родился в 1897 году в Москве. Русский. Жил в Арзамасе. Окончил реальное училище. С 1915 года участвовал в революционных кружках. Член компартии с 1917 года. С 1918 — секретарь Арзамасского уездного исполкома. Затем работал в Самаре и Нижнем Новгороде. Последняя должность — руководил Нижегородским губернским политпросветом. С 1921 года — в органах ВЧК-ОГПУ. Заведовал химической лабораторией, одновременно окончил 1-й МГУ. Арестован 4 июня 1937 года, расстрелян 30 декабря 1937 года], который имел статус заместителя Бокия по научной работе.

Это было самое элитарное подразделение из всех советских спецслужб. Здесь, можно сказать, концентрировался интеллект. Круг вопросов, что изучались работавшими на лабораторию подразделениями, был необычайно широк: от изобретения всевозможных приспособлений, связанных с радиошпионажем, до исследования солнечной активности, земного магнетизма и проведения различных научных экспедиций. Здесь изучали все имевшее оттенок таинственности. Все — от НЛО до «снежного человека»…

В качестве официальной «крыши» чекистской структуры использовалась сначала Биофизическая лаборатория Московского Политехнического музея, затем аналогичная лаборатория Московского энергетического института и, наконец, с 1935 года — Лаборатория нейроэнергетики Всесоюзного института экспериментальной медицины. Научным руководителем лаборатории был уже упомянутый нами выше Александр Васильевич Барченко.

Жизнь Барченко была полна таинственных событий. Идеалист по характеру, мистик по убеждениям и в то же время дотошный ученый-практик, он подчас оказывался в центре таких запутанных политических интриг, что вряд ли мог адекватно оценить в них свою роль.

Александр Васильевич Барченко родился в 1881 году в городе Елец в семье нотариуса окружного суда. С юности он увлекался оккультизмом, хиромантией и астрологией. Это стимулировало его естественнонаучные интересы, связанные с изучением таинственных человеческих способностей — телепатии и парапсихологии. Решив изучать медицину, молодой Барченко в 1904 году поступил на медицинский факультет Казанского университета, а в 1905-м перевелся в Юрьевский университет.

Особое значение для Барченко имело знакомство в 1905 году с профессором римского права Кривцовым, преподававшим в Юрьевском университете. Кривцов поведал своему юному другу о встречах в Париже с известным оккультистом Ивом Сент-Д'Альвейдером. Тот верил в существование в глубинах Азии страны Агарты-Шамбалы, населенной медиумами. Таинственная территория якобы лежала на границе Афганистана, Тибета и Индии. Д'Альвейдер утверждал, что общался с ее посланцами, и предлагал правительству Франции связь с могущественными магами. В недоступных горных долинах и пещерах, по его словам, находились мощные лаборатории, где совершенствовался научный опыт древних цивилизаций — Лемурии и Атлантиды. Также он считал, что в Северо-Западном Тибете в доисторические времена существовал очаг величайшей культуры, которой был известен особый синтетический метод, представлявший собой высшую степень универсального знания, и что постулаты европейской мистики и оккультизма, в том числе и масонства, представляют собой искаженные перепевы и отголоски древней науки.