Наследуя своему учителю Иосифу Волоцкому, митрополит Даниил был полностью проникнут верой в то, что церковь должна исполнять организующую роль в обществе и своими трудами привести людей ко спасению. Поэтому в богословских вопросах он вполне традиционен, ведь своей задачей он видел не развитие, а утверждение канонов православной веры. Причем церковь, по его вполне «иосифлянскому» убеждению, воплощает в себе неразрывное единство догматов и обрядов. Митрополиту Даниилу было столь важно подчеркнуть единство догматической и обрядовой стороны православного вероучения, что нередко преданиям обрядовым он приписывал такую же важность, как и догматическим. В одном из слов он утверждает, что задача Православной Церкви состоит в неуклонном сохранении всех писаных и неписаных преданий. Кстати, интересная деталь — по некоторым свидетельствам, именно митрополит Даниил нашел богословские основания практике двуперстного крещения, утвержденного в 1551 году Стоглавым Собором. Как известно, сто с лишним лет спустя вопрос о том, как креститься — двумя или тремя перстами, — послужит одним из поводов к расколу Русской Церкви.

Главная цель деятельности церкви, по мнению митрополита Даниила, — вселение в сердца людей любви к Богу и к ближним своим, ибо только тот, кто постиг сущность евангельской любви, поистине может спастись. А возможность познания Христовой любви заключается в соблюдении Божественных заповедей: «Преблагий Бог сотворил нас из небытия в бытие и даровал нам все блага, обещал и будущая неизреченные блага, но только если мы соблюдем заповеди Его и будем совершать угодная Ему».

Однако и отдельный человек, и все общество в целом охвачено грехами и скверной. Митрополит Даниил вообще рассматривает земную жизнь как временное пребывание, более того, как «изгнание», наказание людей за грехи: «Здесь не отечество наше, но временное пребывание и, больше того, если истинно говорить — изгнание. Ибо в изгнании мы здесь, все люди, как сказано: здесь пришельцы мы и странники».

Причина тому — плотское начало, торжествующее в земном мире. И для митрополита Даниила была очень важна идея очищения человека и общества от скверны, исходящей от плотского начала. В одном из своих посланий он вообще призывает «возненавидеть мир», ибо мир — это совокупность зла. Близка ему была и идея «истязания плоти». Говоря о плотской греховности, искушающей людей, он прямо призывает истязать и умерщвлять плоть, приводит многочисленные примеры из жизни святых и подвижников, истязавших себя в борьбе с дьявольскими соблазнами, пишет, что истинный христианин обязан «распинать свою плоть со страстьми и похотьми, умерщвлять своя уды», вплоть до оскопления.

Поэтому единственным средством, которым можно исправить мир, Даниил называет страх Божий. В трактовке митрополита Даниила, страх Божий учит людей удаляться от грехов, побуждает к подвигам добродетели, является началом спасения и источником жизни. Поэтому всякий искренне верующий человек должен постоянно пребывать в страхе Божием, руководиться этим страхом всегда и везде.

Страхом Божиим обязан руководствоваться не только один человек, но и церковь в целом. Многие сочинения митрополита Даниила наполнены рассуждениями о пользе наказаний и о необходимости преследования тех, кто не подчиняется церковным законам. Ведь тезис о страхе Божием в отношении церкви реализовывался и в том, что церковь должна была сама очиститься от еретиков и от иных нарушителей канонов. Именно поэтому митрополит Даниил прилагал максимум усилий к тому, чтобы достичь внутрицерковного единства, и без пощады расправлялся с теми, кто мог этому единству помешать.

Он считал, что с еретиками недопустимы никакие отношения, даже за один стол с ними садиться нельзя. А в сердце православных не должно быть никакого чувства, кроме «совершенной ненависти». И Даниил призывает обрушиться на еретиков с «божественною ревностию» и «проявлять к ним праведную ярость».

В отношении простых мирян церковь должна была строго следить за соблюдением обрядности, ибо, по убеждению митрополита Даниила, путь от внешнего порядка к внутреннему убеждению был самым коротким путем к торжеству православных истин. И во множестве своих слов, посланий и поучений Даниил стремится воздействовать на паству словом и делом, убеждая любовью и грозя казнями Божиими, желая отвратить людей от греха и наставить на путь истинный.

Достойным наследником Иосифа Волоцкого выступал Даниил и в вопросах об имущественных правах церкви. Конечно, он призывал к строгому личному аскетизму черного духовенства. Интересно, что он не настаивал на преимуществах какой-либо одной разновидности монастырей, но требовал соблюдения уставов, канонов вероучения и богослужения от всех них.

Сама же церковь, чтобы иметь влияние в обществе, обязательно должна быть богатой. В этом отношении митрополит Даниил не знал никаких компромиссов. Когда дело дошло до реальных столкновений со сторонниками «нестяжания» церкви, он не остановился до тех пор, пока «нестяжатели» не были окончательно «испровергнуты».

Еще в 1525 году по его инициативе был затеян судебный процесс против Максима Грека, обвиненного в нарушении православной догматики. В 1531 году Максим Грек был осужден вторично, но уже с привлечением новых обвинений — в «нестяжательстве». Сразу же после вторичного осуждения Максима Грека осужден был и главный «нестяжатель» Вассиан Патрикеев. Митрополит Даниил лично готовил и проводил суд над Вассианом, обвинив его в еретичестве и в том, что Вассиан хочет лишить церковь ее прав на владение землей и селами.

Митрополит Даниил, несомненно, сыграл важную роль в том, что «иосифлянство» превратилось всего лишь из одного из направлений в отечественной религиозно-философской мысли в основную идеологию Русской Церкви. По сути дела, с тех пор «иосифлянство» занимало самые ведущие позиции в Русской Церкви на протяжении двух веков.

Одним из первых, кто вступил в открытую борьбу с «иосифлянами», был Вассиан Патрикеев, по прозванию Косой (ок.1470–1532). В миру он носил имя Василия Ивановича, был князем и происходил из знатного литовского рода Гедиминовичей. В 90-е годы XV века князь Василий Патрикеев был очень влиятельной фигурой в высших московских кругах. Однако в 1499 году он попал в опалу и был пострижен под именем Вассиана в Кирилло-Белозерском монастыре. Здесь он познакомился с Нилом Сорским, который и стал наставником нового инока.

В монастыре, выполняя наставления своего учителя, Вассиан знакомится с богословской литературой, изучает Священное Писание. Однако несмотря на все влияние Нила Сорского, Вассиан не смог следовать до конца его заповеди отречения от мира и сосредоточения на внутреннем самосовершенствовании. Активно вторгаясь в общественную жизнь, весь смысл своей последующей деятельности он видел в необходимости преобразования церкви на усвоенных им принципах «нестяжания».

Примерно в 1509 году он возвратился в Москву, где стал пользоваться расположением нового великого князя Василия III Ивановича. В 1512 году произошло первое открытое столкновение Иосифа Волоцкого и Вассиана Патрикеева. Волоколамский игумен призвал великого князя провести «обыск» новых еретиков в Нило-Сорском скиту. Тогда Вассиан написал «Слово ответное», в котором доказывал неканоничность призывов Иосифа к «казням» еретиков, а самого Иосифа сравнил с еретиком Новатом. Спор был решен государем, — Василий III занял сторону Вассиана и запретил Иосифу письменную полемику с ним.

Влияние на великого князя Вассиан Патрикеев сохранял до начала 30-х годов. Именно в этот период и сформировались два направления в отечественной религиозно-философской мысли, которые стали называться «нестяжательством» и «иосифлянством». Полемика между сторонниками разных направлений проходила с переменным успехом, а предметом споров стали уже не только вопросы о еретиках, но и разнообразные стороны церковной жизни. И именно Вассиану Патрикееву принадлежит ведущая роль в том, что «нестяжательство» стало рассматриваться не как монашеское учение, а как средство решения церковных, социальных и даже политических проблем.