Вполне естественно, что все эти процессы свое самое яркое выражение нашли и в религиозно-философской мысли. Здесь можно выделить несколько основных идейных направлений, которые оказали решающее значение как на историю XVII века, так и на всю последующую отечественную историю.
Прежде всего, свое завершение находят религиозно-мистические учения, возникшие в XVI веке и определявшие собой целевые установки развития Российского государства. С этой точки зрения крайне важным стало утверждение в России в 1589 году патриаршества. Следовательно, к началу XVII века Россия вплотную подошла к тому, чтобы реализовать в действительность те «идеалы-образы», которые были определены усилиями русских мыслителей XVI века как цель исторического развития России — «Москва — Новый Царьград», «Москва — Новый Иерусалим», Россия как «Третий Рим».
Осмысление русского народа, России и Москвы как новых избранных Господом народа, государства и города становится общепринятым в общественной и, в частности, в религиозно-философской мысли. Об этом свидетельствуют многочисленные произведения, созданные уже в период Смутного времени, в которых к России применяются самые высокие эпитеты. В частности, появляются новые, ранее неиспользуемые образы-понятия, призванные показать богоизбранность Российского государства — «Москва — Новый Сион» и «Россия — Новый Израиль», а сам русский народ иногда называется «истинными израильтянами новообращенными».
Таким образом, новые образы-понятия, с одной стороны, развивают практику подобных именований России, сложившуюся в течение XVI века. С другой стороны, их появление показывает и новый уровень в развитии отечественной религиозно-философской мысли — богоизбранность России признается уже свершившимся фактом, а сама Россия должна была теперь исполнять историческую функцию «Нового Израиля» и быть единственным светочем правой веры по всему свету.
Позднее, уже во второй половине XVII столетия, «идеалы-образы» России как «Нового Израиля», «Нового Сиона» и «Нового Иерусалима» найдут свое завершение в деяниях патриарха Никона и поддерживавшего эти деяния царя Алексея Михайловича (1629–1676). А зримым воплощением образа «Нового Иерусалима» станет подмосковный Воскресенский монастырь на реке Истра, который, по указанию патриарха Никона, был точной копией храма Воскресения Господня в Иерусалиме. Уже в 1657 году царь, посетив монастырь, дал ему имя — «Новый Иерусалим» (или Ново-Иерусалимский монастырь). Да и архитектурные начинания, предпринятые по строительству Москвы в XVII веке, во многом были связаны с построением столицы России как центра вселенского православия. Иначе говоря, Москва превращалась не только в мистический, но в географический и политический центр истинно-православной веры, в место, избранное Самим Господом для Своего присутствия и благословения.
Впрочем, уже в середине XVII столетия среди сторонников представлений о России как об избранной Богом державе возникли серьезные разногласия, вызванные целым комплексом причин как социально-политического, так и чисто богословского характера. Немалую роль сыграли и различные религиозно-философские воззрения противоборствующих сторон. Главное было в том, что по-разному виделся ответ на традиционный вопрос: какое место занимает Россия во всемирно-историческом процессе?
В итоге нарастающих противоречий произошел раскол Русской. Православной Церкви, одно из самых трагических событий в отечественной истории.
В понимании царя Алексея Михайловича, патриарха Никона и других «придворных боголюбцев» Россия как «Новый Иерусалим», как центр вселенского православия должна была стать примером абсолютного православного благочестия. Только в этом случае можно было говорить об объединении всех православных церквей под покровительством России. А ведь в будущем подразумевалось и государственное соединение православного Востока с Россией — путем отвоевания Константинополя у турок.
Но, как известно, во многих догматических и обрядовых вопросах Русская Православная Церковь к этому времени уже значительно расходилась с церквами греческого обряда, что, с одной стороны, как бы свидетельствовало о ее «недостаточном» благочестии, а с другой — становилось помехой к объединению всех православных церквей.
Поэтому с середины XVII века и правительством и руководством церкви был взят совершенно новый для России духовно-политический курс — отказ от традиционного многовекового религиозно-политического изоляционизма России и проведение церковной реформы с целью сближения русского православия с греческой церковью. Такая унификация русской церковной жизни с греческой была осуществлена в 1653–1667 гг. — введено троеперстное крещение, исправлены богослужебные книги по «древним славянским и греческим образцам», изменено богослужение и т. д.
Религиозно-философской базой всех этих изменений стало «грекофильство» — идейное направление, известное в России еще с 20-х годов XVII века. В основе «грекофильства» лежали представления о том, что истинным православием может считаться только греческое православие. Традиционное же русское православие, слишком далеко отошедшее от общепринятых канонов, требует серьезного исправления. Поэтому ориентиром было избрано греко-византийское духовное и культурное наследие. Наиболее яркие представители «грекофильства» — Епифаний Славинецкий, Арсений Грек, Евфимий Чудовский, Афанасий Холмогорский, патриарх Иоаким.
Реформа Русской Православной Церкви по греческим канонам проводилась еще и для того, чтобы ослабить все более усиливающееся влияние западноевропейской культуры, или, как тогда говорили, «латинства». Однако немалую часть работы по «исправлению книг» было поручено проводить выученикам латинских и униатских учебных заведений, знавших иностранные языки (чаще всего это были украинские «справщики»). Поэтому в ходе церковной реформы возникло еще одно идейное направление, получившее особое влияние во второй половине XVII века, которое условно можно обозначить термином «латинство». Своего рода идейными лидерами «латинства» стали Симеон Полоцкий и Сильвестр Медведев.
«Латинствующие» мыслители в первую очередь ориентировались на западноевропейскую философию, литературу, культуру в целом. Большую роль сторонники этого направления сыграли в развитии просвещения в России: по их инициативе было открыто первое русское высшее учебное заведение по типу западноевропейских университетов — Славяно-греко-латинская академия (основана в 1687 г. как «эллино-греческие схолии»). Немалое значение деятельность «латинствующих» имела и для развития отечественной светской культуры — поэзии, театра, книгопечатания. Именно латинство привнесло в русскую религиозно-философскую мысль и первые элементы западноевропейского рационализма.
Однако именно сторонники «латинства» поставили под сомнение истинность почти двухвековой русской религиозно-философской традиции — считать Россию особой, богоизбранной державой, «Третьим Римом». И подобная идейная позиция сыграла значительную роль в общественном сознании того времени, став, по сути дела, идейной подоплекой будущих реформ Петра I.
Церковная реформа середины XVII века стала первым шагом к сближению культуры России не только с православным Востоком, но и с западноевропейской культурой. В частности, один из результатов этой реформы заключался в том, что на русскую почву были привнесены элементы западноевропейской рационалистической философии, а религиозно-мистические учения о «богоизбранности» России начали постепенно терять свою актуальность.
Многочисленные нововведения, связанные с церковной реформой, вызвали резкое неприятие как у части священнослужителей, так и у простых верующих. Так возникло движение защитников «древлего благочестия», которое со временем стало именоваться старообрядчеством. Самыми яркими представителями движения в защиту «древлего благочестия» в XVII веке были протопоп Аввакум Петров, Иван Неронов, Федор Иванов, Никита Добрынин (Пустосвят) и другие.