В конце годичного обучения у этого учителя Мила был послан к одному из его коллег по имени Йеше Зунг, практика медицины и колдуна, известного также как Лхадже Нубчунг, жившего в деревне Кхулунг в Цанг-Ронге. Последний дал ему наставления по вызыванию дхармапалы Рахулы. Завершение своего отшельничества Мила посвятил умилостивлению этого божества, что принесло ему требуемое колдовское могущество. Он добился этим того, что умертвил тридцать пять человек, родственников и сторонников его тетки и дяди; дом последних обрушился во время празднества. Мила вернулся к Юнгтон Тхрогьялу, своему первому наставнику в колдовстве. Овладев также магическими методами вызывания бури с градом после месячного медитативного отшельничества, Мила затем уничтожил урожай в родной деревне Кья-нга Ца.

Прошло немного времени после последнего инцидента, как вдруг Мила начал испытывать сильное чувство раскаяния за свои акты мщения. Сочувствующий ему Юнгтон Тхрогьял посоветовал попытаться получить религиозные наставления от другого мастера Ньингма по имени Ронгтон Лхага, специализировавшегося на ати-йоге. Мила последовал этому совету и получил наставления от Ронгтона, который превозносил ати-йогу, говоря Миларепе: "Практикующий ати победоносен от корней до вершины". Однако Мила впоследствии оказался неспособным добиться прогресса, несмотря на мощь ати, и Ронгтон посоветовал ему предпринять путешествие в Лходрак и встретиться с Марпой Лоцавой, лучшим учеником сиддх Наропы и Майтрипы. Как только он получил этот совет, невыразимое чувство веры охватило Миларепу, и он немедленно отбыл в Лходрак. В ночь, предшествующую его прибытию туда, Марпе и его жене Дакмедме приснилось пророчество Наропы, что Мила будет лучшим учеником Марпы. На следующий день, осведомленный благодаря сновидению, Марпа приготовился пахать поле, когда прибудет предначертанный ему ученик. Проходя мимо пашущего Марпы, пившего пиво, Мила не смог распознать его как Марпу-Переводчика. В конце концов Марпа раскрыл себя, сказал: "Я - Марпа Лоцава". Тогда Миларепа открыл свое сердце, провозгласив: "Я великий грешник из Латода. Пожалуйста, дай мне духовные наставления, ведущие к Состоянию Будд".

Марпа позволил Миле остаться в своем поместье, но не дал ему каких-либо учений. Спустя некоторое время Марпа приказал Миле построить башню на своей земле. Каждый раз, когда Мила заканчивал свой труд, его учитель приказывал ему снести башню и строить новую. Это последовательно происходило четыре раза, пока Марпа не позволил оставить пятую башню. Хотя весь труд Милы был тщетен, поскольку Марпа упорно отказывался давать учения, с течением времени Мила смог получить наставления по Ваджрайогине и махамудре от жены Марпы Дакмедмы и абхишеку на Хеваджру от Нгок Чоку Дордже. Но, как и в случае с ати-йогой, Мила не мог достичь какой-либо реализации. Претерпевая эти великие несчастья, Мила очистился от великого накопления зла, которое он тащил с собой из более ранней жизни, и ему в конце концов было дозволено получить учения, Марпа дал ему Прибежище и обет Бодхисаттвы, а впоследствии ввел его в мандалу Чакрасамвары. Во время этой абхишеки Мила получил имя Жепа Дордже ("Хохочущий ваджра") от сонма дакинь. Вслед за этим Марпа дал Миле дальнейшие серии абхишек, включая Хеваджру, Махамайю, Буддхакапалу и Гухьясамаджу, и в заключение приказал ему удалиться в отшельничество на два последующих года. В конце этого периода был устроен торжественный пир в честь учителя Марпы Наропы. Во время этого празднества Миларепа и все собравшиеся гости видели Марпу в форме Хеваджры и Чакрасамвары.

Когда обучение закончилось и он получил практическую линию во всей ее полноте, Мила был послан Марпой для медитации в уединении. Прежде чем исполнить приказание своего гуру, Мила ненадолго посетил Ламу Нгок Чоку Дордже и затем отправился в свою собственную деревню Кья-нга Ца, где обнаружил, что его мать незадолго до этого умерла. Эта утрата усилила его понимание непостоянства и решимость уйти в отшельничество, тем самым выполняя указание своего гуру.

Мила обосновался в пещере Зубр Лошади Белой Скалы около Кья-нга Ца. После нескольких лет строгого аскетизма здоровье Милы стало ухудшаться. К счастью, в этот момент его сестра Пета и бывшая невеста Джесай пришли повидаться с ним. Встревоженные тем, что нашли Милу в чрезвычайно ослабленном состоянии, Пета и Джесай настояли на том, что он должен поесть и выпить пива. Пища и питье принесли ему восстановление здоровья, но с другой стороны расстроили ему медитацию. Мила помнил, что Марпа еще раньше дал ему запечатанный свиток, содержащий совет на случай проблем, с которыми он может столкнуться во время отшельничества. Распечатав свиток, он обнаружил подробные наставления в многочисленных упражнениях хатха-йоги, снимающих именно эти трудности. Последующая практика Милы в йоге жара вместе с хатха-йогой вызвала развязывание узла нади в чакре тайного места. Посредством дальнейшей практики в следующем году узел нади в пупочной чакре был также распутан.

Затем Мила путешествовал в южной части области Тингри, продолжая свои медитации в многочисленных пещерах. Здесь он обрел своих первых учеников Шиндормо и Бхикшу Сакьягуна. Некоторое время спустя Мила ушел в зимнее отшельничество на склоны близлежащей горы Лачи. Его ученики очень беспокоились за него, когда тот был отрезан на протяжении всей зимы исключительно глубоким снегом, но весной их страхи рассеялись, когда они обнаружили его еще живым. На вечеринке, данной учениками в ознаменование его возвращения, Мила пел и танцевал, выражая реализацию, достигнутую им в отшельничестве. Этот спонтанный танец послужил причиной того, что узлы нади в сердечной чакре развязались.

В отличие от своего гуру, у Миларепы не было физического партнера для практики ваджраяны, за исключением богини Таши Церингма, бывшей его супругой. Впервые Миларепа встретил эту богиню в Чубар Мелунге, когда она появилась, потрясая землю, в гневной форме во время его медитации. Множество злобных демонов возникли перед ним, и наиболее отвратительными из них были пять плотоядных демонесс. Главная из них, Церингма, била в солнце и луну как в цимбалы, из-за чего Миларепа увидел трясущиеся леса, колеблющиеся скалы, пылающее небо и землю, залитую наводнением. За этой первой встречей последовали другие, во время которых Миларепа смог постепенно покорить Церингму с помощью силы своей медитативной реализации. Когда в конце концов она стала его супругой, узлы нади в чакре гортани Миларепы развязались.