Тем временем кое-кто догадывался, чьих рук это дело. Семья Дженовезе прямо указывала на Джона Готти и обещала ему отомстить. Но Готти окружил себя стеной телохранителей и никого к себе не подпускал. И тогда киллеры из Семьи Дженовезе подложили бомбу в машину его помощника - Франки де Чико. Вполне вероятно, что рано или поздно добрались бы и до самого Готти, но тот применил хитроумный ход: в мае 1986 года по обвинению в рэкете он сел в тюрьму на 10 месяцев.
Весной 1987 года Готти вышел на свободу и слава о всесильном главаре мафии облетела уже всю страну. Его портрет красовался на обложке журнала "Тайм", в журнале "Пипл" о нем была напечатана пространная статья. И это при том, что официально Готти числился торговцем сантехнической компании с окладом всего лишь в 25 тысяч долларов в год.
Между тем Семья Дженовезе не собиралась отменять смертный приговор и ждала удобного случая, чтобы привести его в исполнение. Наконец в августе 1987 года решено было убить Готти, но тут в дело вмешалось... ФБР.
Агентам СИ-16 стало известно об этом заговоре и было принято решение предупредить Готти, дабы не становиться невольными соучастниками. Так он избежал смерти в августе 1987 году. Через несколько месяцев он заключил мир с Семьей Дженовезе, а в феврале 1990 года выиграл очередной судебный процесс. И все-таки его дни на свободе были уже сочтены.
Установив "жучки" в клубе "Равенайт" на Тутовой улице, где была штаб-квартира Семьи Гамбино, агентам СИ-16 удалось-таки вычислить "крота" в своей среде. Им оказался сотрудник разведуправления по организованной преступности Уильям Пейст. В 1984 году его сбила автомашина, и в госпитале ему ампутировали ногу. Он стал инвалидом, но службу не бросил. Однако эта трагедия вынудила его пойти на сотрудничество с мафией как ради денег, так и ради удовлетворения собственного тщеславия. Д. Готти платил ему за информацию 500 долларов в неделю и 10 тысяч за особо важные сведения.
Кроме этого, ФБР удалось завербовать одного из людей Готти - Сэмми Гравано, который согласился выступить на суде против своего Босса. В результате 11 декабря 1990 года Джон Готти был арестован и 2 марта 1992 года предстал перед судом. Его признали виновным по всем 14 пунктам обвинения (19 убийств) и приговорили к пожизненному заключению. На данный момент он находился в федеральной тюрьме "Мэрион" штата Иллинойс.