Однако, несмотря на некоторую зависимость от Москвы, постепенно возраставшую, несмотря на развивавшееся у казаков социальное неравенство, их жизнь, быт, порядки в глазах народных низов были очень привлекательными. Простые люди с надеждой смотрели на Дон и «Запороги», на Терек и Яик, многие стремились пробраться туда и стать вольными казаками. Те, кто не мог это сделать (а таких было, конечно, большинство), видели в казаках своих союзников в борьбе с феодальным гнетом, с господами. Во время народных восстаний, очень частых в XVII—XVIII веках, их участники называли себя казаками, вводили в районах, освобожденных от контроля царских властей, казацкие порядки (круги, выборы атаманов и т. д.). Особенно это характерно для четырех крестьянских войн. Все подневольные мечтали о том, чтобы получить, как и казаки, волю, свободу от крепостного ярма. В 1648 году в разгар городских восстаний в Европейской России, житель города Козлова Андрей Покушелов, рассказывал друзьям о том, что «на Дону и без бояр живут и в Литве панов больших побили и повывели ж» (имеется в виду восстание во главе с Богданом Хмельницким в Запорожской Сечи на Украине, которая входила в состав Польско-Литовского государства — Речи Посполитой).
Московские правители (Иван III, Иван IV, Борис Годунов и др.) стремились ограничить «буйства» казаков, прекратить приток к ним беглых из внутренних русских областей. Принимали суровые меры — натравливали на них соседей (например, ногайцев, казахов, калмыков и др.), требовали от своих воевод в пограничных районах хватать казаков и беглых людей, сажать их в тюрьмы и казнить. Особенно жестоко расправлялись власти с участниками восстаний. Так, в ходе Второй крестьянской войны от рук карателей погибло более 100 тысяч повстанцев. То же творилось и в других случаях.
Жизнь казаков была нелегкой. В суровой борьбе с внешними и внутренними врагами приходилось отстаивать свое право на существование. Военные походы, тяжелый труд, опасности, угрожавшие со всех сторон, закаляли характер казака измлада, делали его суровым, отважным, вольнолюбивым. С ранних лет он должен был быть прекрасным наездником, хорошо владеть оружием — саблей, копьем, ружьем и, если необходимо, стрелять из пушки. Географ И. Георги, посетивший Яик в 1770 году, писал о тамошних казаках, что они «здоровые, бодрые и сильные люди…, необузданы…, решительны и храбры». За год до него здесь же побывал П. Паллас, по словам которого казаки «добронравный и чистоту наблюдавший народ», «ростом велик и силен, да и в женском поле немного находится малорослых».
Яицкие казаки, как и донские и другие, попали под контроль Москвы, правда, не сразу. Предания, сохранявшиеся в XVIII веке, связывали это с именем царя Михаила Федоровича — первого из династии Романовых (1613—1645). Уже упоминавшийся атаман Ф. Михайлов в «распросных сказках» (показаниях) поведал, что в свое время их предки были «людьми вольными», «жили они… немалое время своевольно, ни под чьею державою». Но однажды они, «собравшись, думали, у кого им быть под властию». Думали долго, наконец «послали от себя двух казаков — русского да татарина — к государю Михаилу Федоровичу с челобитьем, чтоб он, великий государь, их пожаловал, принял под свою протекцыю». Тот согласился и приказал дать казакам грамоту — им во владение жаловались-де Яик и земли около него «с вершин той реки до устья», они получали право «набираться на жилье вольными людьми», «служить казачью службу по обыкновению».
Трудно сказать, насколько рассказ атамана соответствовал действительности. Во всяком случае, яицкие казаки исходили в своей повседневной жизни из тех норм, которые упоминаются в условиях помянутой «протекцыи». Главное из них, конечно, — это неограниченный прием беглых, всякого рода вольных, охочих людей; это право формулировалось в известной тогда поговорке: «С Дона выдачи нет», одинаково применявшейся во всех казачьих областях. Правда, право это все больше стеснялось, особенно в XVIII веке. Петр I, например, послал в 1707 году на Дон карательный отряд князя Ю. Долгорукого, начавший жестокий розыск и возвращение беглых их владельцам. Но донцы во главе с К. Булавиным перебили всех карателей (около тысячи человек), и так началась Третья крестьянская война в России, продолжавшаяся до 1710 года. После ее подавления независимость Войска Донского была сильно стеснена.
Та же угроза надвигалась и на Яицкое войско. Так, в 1718 году на Яик прибыли поручик Темецкий и Кротков. Многих выявленных беглецов они вернули помещикам; непослушных, возражавших казаков били «смертным боем», выполняя царский указ — «с Яику пришлых помещиковых людей и крестьян отдавать по-прежнему помещикам с того году, как таковых отдавать велено с Дону» (то есть выдавать всех бежавших после 1695 года). Тогда же, по указу 3 марта 1721 года, казаков передали из ведения Коллегии иностранных дел в Военную коллегию.
Положение яицких казаков сильно ухудшается. Они протестуют, посылают станицы в Петербург, возлагая надежды на «доброту» царя, сетуя на его «неосведомленность», но всякий раз терпят неудачу. Их наивные иллюзии, вера в «хорошего» царя наталкивались на жестокость и непримиримость власть имущих во главе с их императорами и императрицами.
Правительства, одно за другим, шлют на Яик следственные комиссии, арестовывают челобитчиков, понуждают казаков к повиновению, неуклонно вводят новые порядки и правила, подчиняя Яик своему жесткому контролю. В этом они находили поддержку со стороны яицкой старшины, богатых казаков (домовитые, «послушная сторона»), которые стремились к сговору с властями в ущерб интересам основной массы бедных казаков (непослушные, «войсковая сторона»).
В марте 1723 года комиссия во главе с полковником Захаровым при содействии войскового атамана Мер-кульева в ходе розыска арестовала и приговорила к казни предводителей непослушных казаков, в том числе Ф. Рукавишникова, который незадолго перед этим ездил в столицу с челобитной. Он был арестован и выслан на Яик, где и погиб. В этом и следующем году на Яике провели перепись. После нее годными к службе признали только около 3,2 тысячи человек, остальные (а их было намного больше) потеряли казачьи права. Атаман и старшины стали, по существу, назначаться властями. Заменили старые воинские знаки: войсковой атаман вместо прежней насеки (посох в виде булавы, олицетворявший его власть) получил из столицы новую, «с надписью и государственным гербом»; оттуда же поступили новые клейноты — знамена, трубы.
Всем этим остались довольны лишь войсковой атаман и старшина — распоряжения Петербурга если и не избавляли их полностью от контроля круга, то, во всяком случае, значительно его ослабляли. В 30—40-е годы царские власти назначали войсковыми атаманами своих ставленников — Прыткова, И. Бородина, А. Бородина (его даже произвели в подполковники). Последний, управляя Яицким войском два десятилетия — с 1748 по 1768 год, допускал такие злоупотребления и издевательства над рядовыми казаками, что даже правительство вынуждено было его сместить и назначить нового атамана — Тамбовцева. Впрочем, он оказался ничуть не лучше своего предшественника.
Наступление правительства на Яицкое войско шло и по другим линиям. Со всех сторон оно постепенно окружалось крепостями, точнее, целыми линиями крепостей, городов с гарнизонами. В 30-е годы возводят крепости от Волги до Яика в районе города и реки Самары; так кладется начало Самарской линии, или дистанции. С основанием (в 1744 году) Оренбургской губернии с центром в Оренбурге также строятся многие крепости у северо-восточных и восточных пределов Яицкого войска. Последнее как бы берут в клещи с востока (Оренбург) и запада (Астрахань, Царицын, Саратоз, Самара). Возникает Оренбургское казачье войско, ставшее ядром Оренбургского корпуса, организованного в 1753 году. Численность последнего должна быть по указу, изданному два года спустя, «не только не менее, но и более Яицкого». Его, как и Яицкое войско, подчинили оренбургскому губернатору. Земли для поселения корпуса отхватывали у того же Яицкого войска. В ход шли земли и угодья по среднему течению реки. Более того, власти нацелились и на южные земли — появился проект поселения дворян по реке от Яицкого городка до Гурьева, а в последнем хотели разместить Казанский драгунский полк. Казаки быстро поняли, чем это грозит, и предложили свой план — они сами будут охранять Яик, выстроив здесь укрепления. Правительство согласилось. К 1745 году к югу от столицы Яицкого войска они построили семь крепостей и одиннадцать форпостов. Крепости отстояли друг от друга в 20—30 верстах и тянулись на 700 верст, составляя Нижнюю Яицкую линию (дистанцию). Вверх по течению реки от Яицкого городка до Оренбурга стояли крепости и форпосты Верхней Яицкой линии (дистанции). Гарнизоны во всех форпостах и крепостях насчитывали одну тысячу человек.