При царе Иване Васильевиче, в 1547 г., 21 июня, московский дворец сделался жертвою нового, ужаснейшего пожара, который равным образом истребил и всю Москву. «Загореся храм Воздвижения Честнаго Креста, — говорит летописец, — за Неглинной, на Арбатской улице, на Острове, и бысть буря велика, и потече огнь якож молния, и пожар силен промче во един час Занеглименье. И обратится буря на град больший (Кремль) «[27]. Здесь, на царском дворе, вспыхнули кровли на палатах и деревянные избы государя. Потом занялись и каменные палаты, украшенные златом; сгорели также Казенный двор с царскою казною, Оружничья палата с воинским оружием, Постельная палата, царская конюшня и даже в погребах под палатами выгорело все, что только было в них деревянного. Не устояла и церковь Благовещения Златоверхая. В ней погибли невозвратно деисус письма знаменитого иконописца Андрея Рублева, обложенный золотом, и все иконы греческого письма древних великих князей, собранные от многих лет и украшенные также златом и бисером многоценным, то есть дорогими каменьями. Летописец снова замечает, что «таков пожар не бывал на Москве, как она стала именоватися великими князьями, славна и честна быти по государству их». Опустошив весь Кремль, пожар перешел и в другие части города и свирепствовал с такою силою, что, по выражению летописца, «железо яко олово разливашеся и мед яко вода растаяваше». Государь выехал в село Воробьеве, и жил там все время, пока в Кремле ставили для него новые деревянные хоромы и возобновляли распавшиеся от огня палаты. Для украшения Благовещенского собора иконами и царских палат стенописанием собраны были из Новгорода, Пскова и других городов иконописцы, которые и восстановили прежнее благолепие царского дворца.

Возобновив дворец, царь увеличил его впоследствии новою пристройкою. В 1560 г. он повелел устроить для своих детей «особный двор и хоромы позади большой Набережной полаты, на взрубе», с храмом Сретения Господня. Потом, в 1565 г., учреждая опричнину, царь задумал было свой особый Опричный дворец выстроить позади дворцовой церкви Рождества Богородицы, там где были хоромы великой княгини и где стоял Поваренный дворец с разными приспешными палатами, с погребами и ледниками, по самые Куретные ворота, которые вели на Поваренный дворец. Но предположение это осталось предположением потому, вероятно, что не совсем согласовалось с духом опричнины, который требовал совершенного удаления от старого порядка, между тем как предполагаемый дворец должен был стоять подле кремлевских палат, оставленных за земщиною. По крайней мере известно, что царь повелел выстроить себе дворец вне Кремля, за Неглинною, на Воздвиженке, против кремлевских Ризположенских (ныне Троицких) ворот, на месте, где был двор князя Михаила Темрюковича Черкасского. В этот дворец он и переехал 12 января 1567 г.[28], но жил в нем недолго, потому что любимым его местопребыванием с этого времени была Александрова слобода, откуда он приезжал только для приема иноземных послов, и весьма редко для других каких-либо дел. Покинутый царем, этот Опричный дворец вскоре сгорел, именно во время нашествия крымского хана Девлет-Гирея, истребившего Москву ужаснейшим пожаром, жертвою которого был также и дворец Кремлевский. Это было в мае 1571 г. Летопись с прежними сетованиями описывает страшные бедствия этого пожара; его испугался даже сам Девлет-Гирей и удалился в село Коломенское. Для нас любопытные известия собственно о Кремлевском дворце. Летописец говорит, что «в Грановитой, и в Проходной, и в Набережной, и в иных полатах прутье железное толстое что кладено крепости для, на связки, перегорело и переломалось от жару». Само собою разумеется, что царский дворец не оставался в таком положении и вскоре был возобновлен, хотя об этом не говорят ни летописи, ни акты, доселе известные. За остальные годы царствования Ивана Васильевича Грозного о дворце имеем мало сведений. Из известий уже XVII ст. узнаем только, что его хоромы стояли позади Средней Золотой палаты и заключали в себе передние сени, переднюю и две комнаты.

При царе Федоре Ивановиче, судя по отзывам иностранных путешественников, дворец был в цветущем состоянии; все приемные палаты в это время были великолепно украшены стенописью. При царе Федоре устроена [29], вероятно, и приемная Золотая палата для его супруги, царицы Ирины, отчего эта палата и называлась Палатою царицы Ирины, Золотою Царицыною палатою и Меньшею Золотою, в отличие от Большой Грановитой и Средней Золотой. Прежде она именовалась просто Наугольною от Пречистой, т. е. со стороны Успенского собора.

Царь Борис Федорович Годунов, во время голода, бывшего в 1601 и 1602 гг., повелел, «чтобы людем питатися», воздвигнуть большие каменные палаты на взрубе[30], «где были царя Ивана хоромы», построенные им для детей. Это было здание Запасного двора, фасад которого опускался по взрубу под гору и над которым в XVII ст. находим уже Набережный Красный сад. Здесь же, кажется, были и деревянные жилые хоромы царя Бориса, сломанные по повелению Самозванца.

При Самозванце больших перемен в составе дворца не могло произойти по его кратковременному пребыванию в царских палатах. Известно только, что он выстроил для себя новые хоромы, вероятно, на месте годуновских, весьма красивые, по свидетельству современников, в польском вкусе; они находились возле Сретенского собора, на верху упомянутого здания Запасного двора, и лицом обращены были к Москве-реке [31]. О постройке этих хором современник и очевидец их Исаак Масса рассказывает следующее: «Над большою Кремлевскою стеною (т. е. над зданием Запасного двора) Лжедимитрий велел построить великолепное здание, откуда была видна вся Москва. Оно было построено на высокой горе, под которою протекала река Москва, и состояло из двух строений, расположенных одно подле другого и сходившихся под углом. Одно предназначалось для будущей царицы, а другое для царя. (Следует изображение дворца.) Так стоял дворец на верху высоких тройных стен [32]. В этом дворце Димитрий велел позолотить очень дорогие балдахины, стены обить дорогою парчою и рытым бархатом; все гвозди, крюки, цепи и петли дверные покрыть очень толстым слоем позолоты; внутри сделать превосходные печи и украсить их разнообразными произведениями искусства (по дневнику Марины, печи были зеленые и некоторые обведены серебряными решетками); занавесы у окон сделать из отличной ткани алого цвета. Он приказал выстроить роскошные бани, красивые башни и конюшню рядом со своим дворцом, хотя в нем уже была одна большая конюшня. В вышеописанном дворце царь велел устроить множество потаенных дверей и ходов…» [33]

Из этого дворца Самозванец любовался не только видами Москвы, но и разными потехами, которые зимою устраивал на льду Москвы-реки.

Тот же Исаак Масса рассказывает, что «Лжедимитрий, любя воинские упражнения, приказывал строить крепости для осады и обстреливания их пушками и однажды велел сделать для образца крепость, двигавшуюся на колесах, с несколькими небольшими пушками и разного рода огнестрельными снарядами. Он хотел употребить эту подвижную крепость против татар и этим испугать как их самих, так и их лошадей. И действительно, это изобретение было очень остроумно. Зимою Димитрий приказал для пробы выставить на льду реки Москвы эту крепость, и рота польских всадников должна была ее осаждать и брать приступом. Это зрелище царь мог отлично видеть сверху, из своего дворца, и ему казалось, что крепость вполне удовлетворяет его желанию. Она была прекрасно сделана и всяраскрашена: на дверях были изображены слоны, на окнах — вход в ад, извергавший пламя; в нижней части на небольших окнах, имевших вид чертовых голов, были поставлены маленькие орудия». Наивный Масса верил, что от такого остроумно придуманного изобретения татары тотчас пришли бы в замешательство и обратились бы в бегство! «Москвитяне, — оканчивает он, — назвали эту крепость адским чудовищем, и после смерти Димитрия, которого они называли чародеем, говорили, что он на время запер там черта, впоследствии сожженного вместе с этой крепостью (и с трупом Самозванца) «.