Прямые, хотя и очень краткие, свидетельства об устройстве Верхнего Набережного сада относятся уже к концу XVII ст. Больше сведений сохранилось о Нижнем Набережном саде.
Как упомянуто, он был устроен из старого сада в 1681 г. Каменное здание, над которым стали разводить этот сад, тогда же было укреплено со стороны Тайницких ворот каменным быком (контрфорсом), шириною в 3 саж. и вышиною против такого же быка, каков был у того же сада со стороны Житного двора. Самый сад был огорожен с набережной стороны каменною стеною с окошками, а с внутренней стороны — решеткою. В окна также были вставлены решетины. На углу от Тайницких ворот была построена круглая башня и возле нее четыре палаты. В саду был устроен пруд и водовзводный чердак (род беседки). Для цветников сделаны творила, столбики, репья, причелины.
Устройство сада, начатое с особою заботливостью царем Федором Алексеевичем, было остановлено по случаю его кончины 27 апреля 1682 г. и последовавшей затем стрелецкой смуты. Но в следующем году (1683) оно продолжалось без отлагательства, вероятно, по мысли покойного государя. В этом году весь сад был украшен преспективным письмом, т. е. различными картинами и другими изображениями, которыми были покрыты стены, чердаки (беседки), столбы, решетки и пр. и которые исполнял в течение всего лета дворцовый живописец иноземец Петр Энглес, получавший за эту работу кормовых денег в каждый месяц по 10 рублей. Можно предполагать, что по его же чертежу раскинут был и самый сад, что он же руководил и декоративною рассадкою растений в том порядке, как требовали его живописные работы. Стоявшие в саду каменные четыре палаты были украшены живописью еще в 1681 г.
В одно время с этим Нижним садом устраивался и украшался и Верхний сад. В 1681 г. в нем устроен был пруд, длиною около 5, шириною около 4 саж., глубиною в 2 арш., для чего все место для пруда, как равно и под садом, было выложено свинцовыми досками. Вода в пруд была проведена посредством свинцовых же труб из Водовзводной кремлевской башни, для чего в саду был построен водовзводный чердак. О местоположении этого пруда и устройстве Верхнего сада мы упоминали выше.
Этот пруд особенно достопамятен потому, что он был, кажется, самым первоначальным поприщем потешного мореходства для малолетнего царя Петра, который плавал здесь в лодках и комягах, в потешных карбусах и ошняках. В июне 1682 г. плотники делали на этот пруд лодки и тесали тес на дело карбуса, а в 1683 г. сюда же сделаны были два потешные карбуса и потешный ошняк с чердаками, или беседками, узорочно украшенные резьбою и расписанные красками. В 1684 г. эти потешные суда были починены и вновь куплены у торговых людей лодка и комяга (род лодки однодеревной) с веслами, лодка за 2 рубля, комяга за 29 алт. 4 денги. В последующие годы те же потешные карбусы, шняги, суды и стружки появились уже в Преображенском на Яузе и в Измайлове на тамошних прудах [64].
В последующие годы Набережные сады всегда поддерживались в должном порядке, заботливо обстроивались и обновлялись. В 1687 г. возобновлена и приведена в лучшее устройство водовзводная часть садоводства, для чего у Верхнего сада была выстроена особая водовзводная башня, передававшая воду в сады из Кремлевской башни. Верх ее был украшен часами, а в средине помещалась машина. В 1691 г. оба сада обнесены новыми решетками на столбах с дугами и балясами. Быть может, в эти же годы в садах были построены и ранжерейные палаты, по шести в каждом саду, которые существовали до пожара 1737 г. Они отапливались муравлеными изразцовыми печами и в летнее время от птиц защищались медными сетками.
Что касается растений, которыми была насажены оба Набережные сада, то должно заметить вообще, что старинные наши сады по преимуществу были плодовые, а потому и в Набережных садах, кроме цветов и трав, также большею частию полезных для снеди или лекарственных, собственно аптекарских, росли только плодовые деревья и кусты. В 1682 г. здесь рос виноград и посеяны были арбузы.
Весною 1683 г. (апреля 20-го) в сады потребовались следующие садовничьи предметы, растения и семена: из московских садов велено было взять на выбор 11 яблоней, 40 кустов смородины красной доброй; потребовано 100 кустов гвоздики и семян: 2 фунта анису; гороху грецкого и бобов по фунту; полфунта моркови, фунт семени огуречного; шафеи (шалфею), темьяну, марьяну по полуфунту, фунт тыковного семени. Для садовничьих работ требовалось: три лотка да корыто, три ушата, 5 шаек, пучок мочал, 5 лубов москворецких, два заступа, топор, лейка жестяная, две пилы, 10 гривенок вару, 3 фунта воску, 10 метел, веников тож, да переменить 3 лейки. В то же время на крышку всяких трав от птиц взято 10 саж. сетей неводных, а в 1693 г. для покрышки дыней и арбузов употреблено 60 рогож.
Пред самою кончиною царя Федора Алексеевича садовники его верхового комнатного сада, работавшие и в Набережных садах, русские люди Давыдко Васильев Смирнов и Дорофейко Дементьев, стали спорить с новым садовником Турченином Степаном Мушаковым, который также был приставлен к дворцовому садоводству. 31 марта 1682 г. они подали государю челобитную, где описывали следующее: «В прошлом, Государь, в 187 (1679) г. марта 21-го взяты мы, холопи твои, по твоему В. Государя имянному указу в твой Государев новой в Красный сад в садовники к садам разводить; а садили мы всякой овощ, яблони и груши, виноград и сереборинник (шиповник) красной и белой, и смородину, и дыни, и огурцы, и тыквы, и всякие цветы, и сеяли с Немчином с Кондратьем Филиповым да с Петром Гавриловым (Энглесом), а ево Степана Турченина розводу было: арбузы садил, анис сеял. Да мы же садили с ним Степаном в Нижнем Саду 12 пучков винограду. А он Степан Турченин, опричь тех арбузов и анису ничего не знает и иных розных и трав не знает. А он Степан тут же к нашей работе пристает, а взят он в твой Государев сад только в прошлом в 189 (1681) году». «Милосердый Государь, — оканчивали челобитчики, — пожалуй нас, холопей своих, вели Государь нам быть у своей старой работишки, у твоего Государева садового строенья, кои мы сады разводили в твоем новом Красном каменном саду (Нижнем Набережном) и на Денежном Старом Дворе (в Верхнем Набережном), а с ним Степаном не вели нам быть, и вели Государь ему Степану разводить вновь, что он знает». В тот же день велено было «допросить Турченина: те сады он строит и во всем один надзирать и разводить умеет ли, и силу в деревьях и цветах и травах знает ли?»
Для челобитчиков дело приняло совсем неожиданный оборот. Они заведовали только Нижним Набережным садом и намеревались овладеть заведованием и других двух садов, удалив оттуда Турченина. Но Турченин, наименованный садовником Красного Верхнего и Нижних садов, по допросу сказал, «что ему Набережного сада садовники Давыдко и Дорофейко не надобны, потому что-де они ничего не знают и со всякое огородное дело их не стало б; а он Степан в садах, которые писаны выше сего, всякие дерева и коренья и цветы и семяна и иные статьи, которые принадлежат к аптекарским Великого Государя делам, все и силу их знает и во всех садах он Степан один может во всем надзирать и разводить. Ему Степану надобно в три сада шесть человек работников добрых, не пьющих, только в лето, и в зиму не надобны».
Так как это дворцовое садоводство находилось в ведении Аптекарского приказа, то начальник его, боярин князь В. Ф. Одоевский, имевший для того должные основания, приказал: у тех садов быть в садовниках Степану Мушакову, а Давыду и Дорофею отказать, и дать ему, Степану, на лето работников 4 человека [65].
По дворцовой отчетности 1702 г. в Верхнем Набережном саду было садового строенья: сто тридцать яблоней наливу, скруту, аркату; двадцать пять груш сарских, волоских; восемь кустов винограду, один куст байбарису, двадцать три куста серебориннику, красного и белого; четыреста десять кустов смородины красной, шесть кустов пиона красных, девять ящиков гвоздики. В 1737 г., когда дворец был уже оставлен, в известный пожар, в Верхнем Набережном саду сгорело: «дерев яблонных 95, дульных 15, грушных 26, грецкого ореха 1; смородины 285 кустов, крыжовнику 98, байбарису 8, серенья 15, розену красного 20, желтого розену 4, белого розену 24, и сто горшков с разными деревьями и цветами, «которые вынесены были сюда из ранжерей».