После бурного заседания съезда 16 марта Дыбенко встретился со своими "братишками" и призвал их к выступлению против решения съезда и к протестам против назначения Троцкого наркомом военных и морских дел. В Москве запахло матросским бунтом, который могли поддержать и другие матросские и анархистские отряды. Их в столице было предостаточно.

17 марта глава ЧК Ф. Дзержинский приказывает арестовать Дыбенко за его прошлые "грехи" и подстрекательство к бунту матросов. Следствие поручалось Николаю Крыленко, бывшему члену Коллегии по военно-морским делам и будущему сталинскому прокурору, пославшему на смерть тысячи старых большевиков. Крыленко тогда состоял членом следственной комиссии при ВЦИК Советов и был очень влиятельным лицом. Дыбенко определили в подвалы Кремля, где угрожали расстрелом и несколько дней не давали пищи.

В это роковое для Дыбенко время Коллонтай развернула бешеную деятельность по спасению своего любимого. Она молила Троцкого и Крыленко о пощаде, бегала к Ленину и Крупской. Александра натыкалась только на безразличие или жестокость, а иногда на циничный вопрос: "А вы кто такая будете подследственному?"

На какое-то время она впадала в отчаяние, думала "вместе взойти на эшафот", поднять восстание матросов… (мысли из дневника Коллонтай). Александре посоветовали хлопотать о судьбе Дыбенко не как любовнице, а на правах законной жены. Но ранее она доказывала буржуазность и порочность института брака, была адептом свободной пролетарской любви… От этих убеждений пришлось отказаться, чтобы спасти "матросика" или сочетать свою жизнь с приговоренным к смерти.

Это было в духе романов Дюма и Гюго… В газетах Коллонтай поместила заявление о том, что она сочеталась первым гражданским советским браком. Об этом знаменитом браке написано немало, но нигде не говорится, что он был фикцией, так как заключался без согласия "жениха" и без самой регистрации где-либо. Ведь Дыбенко в этот момент находился под арестом. Однако, на удивление, этого оказалось достаточно, чтобы Шура Коллонтай на правах законной жены взяла Дыбенко до суда на поруки. Старая большевичка дала слово, что подследственный не исчезнет из Москвы до суда и будет являться"на допросы.

Жак Садуль, автор книги "Записки о большевистской революции", утверждает, что Дыбенко освободили после ультиматума матросов. Этот ультиматум выглядел так: если Дыбенко не будет освобожден, отряды матросов откроют огонь из пушек по Кремлю и начнут террор против большевистских лидеров. В то же время матросы Балтийского флота отказались принимать Троцкого как своего начальника и выполнять его приказы, пока приказы не будут заверены подписью Дыбенко. Москва жила в ожидании бунта матросов, а возможно анархистов и левых эсеров, что создавало реальную опасность для ленинского правительства.

В Центральном Государственном архиве Военно-морского флота (ЦГАВМФ), что разместился напротив Зимнего дворца, "колыбели революции", я нашел уникальное письмо ЦК Черноморского флота, авторы которого настаивали на освобождении Дыбенко из-под ареста и требовали направить его на Черноморский флот "для работы". Требовал освобождения Дыбенко и отряд матросов-анархистов Анатолия Железнякова, что в те дни воевал на Украине.

25 марта Дыбенко выпустили на поруки. Матросы встретили его освобождение как свою победу, отметив ее грандиозным кутежом. Погуляв два дня по Москве, Дыбенко со своим отрядом исчезает из столицы, чтобы всплыть в прифронтовом Курске, где работал его брат Федор. Вскоре, поняв, что ему не простят бегство, Дыбенко устремляется на Волгу, в Пензу и Самару, надеясь скрыться в провинциальном хаосе.

Свою спасительницу Шуру Коллонтай "Паша-орел" не только не позвал на праздничный банкет в честь собственного освобождения, но и не предупредил о своем бегстве. Он "подставил" свою жену-заступницу, которая поручилась за него своей судьбой и свободой. Узнав о бегстве своего любимого, Коллонтай в панике, боясь ареста, скрылась в Петрограде под защитой анархиствующих матросов.

Газеты конца марта – начала апреля 1918 года пестрели сенсационными сообщениями о бегстве отстраненных наркомов и переходе их в оппозицию к режиму. Сообщались подробности о похищении "Дыбенкой" 700 тысяч казенных денег и о буйствах его отрядов на железнодорожных станциях.

Призывы правительства к Дыбенко и Коллонтай возвратиться и добровольно сдаться властям те проигнорировали. Тогда был подписан приказ о розыске и аресте отставных наркомов. Когда Крыленко все же удалось связаться по телеграфу с Дыбенко, беглец пригрозил: "… еще не известно, кто и кого будет арестовывать". В этом заявлении читался вызов режиму. Зинаида Гиппиус с женским ехидством в те дни писала в своем дневнике: "Да тут же еще Крыленко пошел на Дыбенку, а Дыбенко на Крыленку, друг друга хотят арестовать, а жена Дыбенки – Коллонтай – тоже отставная и где-то тут путается".

В апреле 1918 года Дыбенко оказывается в Самаре. Почему именно там? Самарский губернский исполком тогда возглавляли левые эсеры, разругавшиеся с большевиками из-за Брестского мира. Они были рады принять и спасти оппозиционера. В Самаре были особенно сильны позиции левых эсеров, максималистов, анархистов. Туда эвакуировались анархисты и максималисты с захваченной немцами Украины. Там же оказалась часть матросов Черноморского флота после потери Севастополя и Одессы. Это были недовольные властью и потоплением флота анархиствующие "братишки". Силы самарской фронды объединялись вокруг неприятия мира с немцами, диктатуры и террора большевиков.

На общем митинге "левых" партий, к которым присоединились и "левые" коммунисты, было вынесено решение о неподсудности Дыбенко. Было заявлено, что самарская власть не выдаст его карательным органам.

На некоторое время Дыбенко становится лидером "Самарской республики" и самарской оппозиции к власти большевиков. В Самару вскоре перебирается и Коллонтай. Два бывших члена правительства выступают против Ленина и мира с немцами. Об этих событиях в анналах истории сохранилась только небольшая статья Г. Лелевича в журнале "Пролетарская революция" за 1922 год. Статья называется "Анархо-максималистская революция в Самаре".

В ЦГАВМФ хранятся телеграммы, которые рассылал Дыбенко на все военные флоты и эскадры Советской России, в них он сообщал, что его арест был вызван боязнью правительства перед разоблачениями, которые должен был сделать отстраненный от дел нарком на Четвертом Съезде Советов. Эти разоблачения касались истории "немецких денег" и злоупотреблений новой власти в расходовании средств, доставшихся ей от Временного правительства. Дыбенко стал первым разоблачителем коррупции большевиков и первым обладателем "чемодана с компроматом".

Дыбенко призывал потребовать у Ленина денежного и делового отчета СНК. Возможно, у него была информация о передаче Лениным Германии 90 тонн золота в марте 1918 года.

Газета анархистов "Анархия" (орг. Московской федерации анархистских групп) 22 мая 1918 года публикует письмо Дыбенко "К левым товарищам рабочим", в котором он открыто обвиняет Ленина в соглашательстве, в "сделке" с немцами, в неспособности справиться с хаосом и разрухой в стране. Он выступает против "правительственных большевиков-соглашателей… сдающих день за днем октябрьские завоевания", клеймит "новый курс" ленинского правительства. Призывая рабочих "самим решать свою судьбу", опальный нарком подталкивал их к восстанию.

Вскоре в печати появилось новое совместное письмо Дыбенко и Коллонтай (газ. "Путь к анархии". Сарапул, 3 июля 1918), которое разошлось по всей России. В нем бывшие поклонники революционного террора выступали против "красного террора" и восстановления смертной казни, которые инициировал Ленин. Они называли "мартовских правительственных коммунистов… могильщиками революции".

Советские историки обычно утверждали, что "красный террор" начался в сентябре 1918 года и был навязан советской власти покушением на жизнь Ленина и убийством Урицкого. Но о терроре можно говорить уже с января 1918 года, когда, расправившись с "учредиловкой", власть сбросила все демократические одежды. Да и сам Дыбенко без подсказки большевистских лидеров начал проводить массовый классовый террор, оставляя трупы безвинных на улицах Питера и Хельсинки.