Это жестокое убийство буквально всколыхнуло общественность страны. Поднять руку на священника - можно ли было представить себе более омерзительное преступление? Следственную группу Московской областной прокуратуры возглавил следователь А. Дзюба. Начались активные следственно-розыскные мероприятия. Версий убийства отца Александра насчитывалось несколько. Сюда входили версия о возможном причастии к убийству КГБ, который с начала 80-х вел интенсивное наблюдение за Менем, версия о том, что отца Александра убили на почве религиозного антисемитизма, версия о том, что убийство совершили обыкновенные уголовники.

Между тем в первые же дни после убийства к следователям стали приходить разные люди и признаваться в том, что именно они совершили это преступление. В частности, это сделали братья Бобковы, жившие с Менем в одном поселке. А житель того же поселка Силаев признался в том, что он видел, как братья это делали. Односельчане не верили ни единому их слову, но следствие решило ухватиться за эту версию. Энергии, которую сыщики выложили на проверку этой версии, можно было позавидовать. Был даже осушен пруд, куда Г. Бобков якобы выбросил топор - орудие убийства. Но вскоре после этого Геннадий отказывается от показаний. То же самое делает и Силаев. Геннадий между тем делает заявление, что его, мол, вынудили к самооговору. Кто? Молчание.

Между тем столь обильное количество добровольных "убийц" объяснялось следующим образом. Одни признавались в убийстве с целью облегчить свою участь за совершенные ими различные преступления путем привлечения к решению их проблем работников прокуратуры и следствия из центра, а также желанием разнообразить свою жизнь путешествием по этапам. Другие пытались решить свои семейные, бытовые и другие вопросы путем устранения неугодных им людей силами органов следствия и розыска и писали анонимки на своих коллег по работе и соседей. Третьи явно хотели пустить следствие по ложному пути.

После того как Бобковы отказались от своих признаний, сыщики ухватились за версию женщины, которая в то роковое утро видела мужчину, выскочившего из кустов недалеко от места убийства. Когда на похоронах снимали на видео происходящее и показали ей этот фильм, она опознала того незнакомца. Он стоял в ограде и курил. Но найти этого человека так и не смогли.

Люди, близко знавшие отца Александра Меня, высказывали по факту этого убийства различные мнения. Но ни один из них не высказался за то, что это рядовое убийство.

В. Иванов, директор Всесоюзной библиотеки иностранной литературы: "Сразу после убийства у меня состоялся разговор с В. Бакатиным. Он был согласен с гипотезой, по которой надо изучить вопрос о причастности к этой трагедии некоторых высокопоставленных лиц".

Н. Григоренко, вдова Александра Меня: "Уверена лишь в одном: это было очень хорошо подготовленное убийство. И уголовники здесь ни при чем".

2 октября 1990 года Совет Министров РСФСР принял постановление о реорганизации аппарата МВД России. Теперь вместо малых подразделений на местах начали создаваться специальные оперативные службы, которые должны были выполнять три основные задачи: защита личности, борьба с экономическими нарушениями закона, пресечение организованной преступности. Произошли изменения и в кадровой политике. В частности, была упразднена система политорганов.