По второму указу Новиков был допрошен в губернском правлении по вопросам, в нем обозначенным. Он показал, что печатал разные сочинения, получаемые от авторов и переводчиков с разрешения законной цензуры, имея в виду “приносить трудами пользу отечеству чрез распространение книжной торговли и честным образом получать законами не возбраненный прибыток”. Какие же из напечатанных у него сочинений “противны законам”, того он не знает, ибо “читал из них малое число, полагаясь на цензуру, которой он обязан был подвергать их по контракту своему с университетом”.

Вопросы, предложенные Новикову вместе с его письменными ответами, были препровождены в Петербург.

Кроме мартовского указа Брюсу о том, как поступать с книгами, отпечатанными у Новикова в университетской книжной лавке, у него были отобраны экземпляры шести запрещенных сочинений, уложены в короба, запечатаны и оставлены в его кладовой, причем с него была взята подписка о том, что он ни перепечатывать, ни продавать эти издания не будет. Тут Новиков сделал опять оплошность, много ему впоследствии повредившую. Производя у него в лавке обыск, губернский прокурор не догадался осмотреть книжный склад, где хранились между прочим и экземпляры сочинений, изъятых из продажи. Новиков же не только не заявил о них, но через некоторое время с ведома своих компаньонов сдал их на хранение книгопродавцу Кольчугину, который стал рассылать их по ярмаркам и продавать.

После всех случившихся неприятностей Новиков и товарищи его увидели очень ясно, что императрица сильно настроена против них и что дальнейшую деятельность надо продолжать очень осторожно. К этому времени “Типографическая компания” сосредоточивала уже в своих руках все дела как печатные и издательские в узком смысле слова, так и те, ведение которых принадлежало прежде “Дружескому ученому обществу”. Преследуя одни и те же цели и имея одних и тех же членов, “Типографическая компания” с самого своего возникновения постепенно сливалась с “Дружеским обществом”, пока наконец последнее не исчезло совершенно как нечто отдельное и независимое. В то же время благодаря отчасти внешним неблагоприятным обстоятельствам, а отчасти ухудшению материальных средств компании семинарии переводческая и педагогическая едва ли не были закрыты, а число питомцев при университете уменьшилось до пятнадцати человек. Однако компания продолжала еще посылать молодых людей учиться за границу. Так, в 1786 году за ее счет поехал учиться медицине молодой Багрянский.

В этом году, вероятно вследствие негласного распоряжения правительства, были уничтожены все масонские ложи в Москве, и собрания в них прекратились. Событие это не имело особенно важного значения для мартинистов, потому что масонские ложи еще до закрытия были уже редко посещаемы в то время не только второстепенными, но и главными масонами. Это не мешало последним быть, однако, ревностными розенкрейцерами. О розенкрейцерстве, существование которого было тогда тайной, никто не догадывался, и распоряжение о закрытии лож нисколько его не касалось. Однако члены этого кружка старались замкнуться еще больше и даже прекратили сношения со многими влиятельными масонами, не бывшими в то же время розенкрейцерами. В это время орден их существовал в Москве под начальством барона Шредера.

В июне 1786 года случилось событие, давшее возможность Новикову и его кружку хоть на время вздохнуть спокойнее. Событием этим была отставка Брюса. На его место назначен был Еропкин, человек чрезвычайно энергичный, но вместе с тем добрый и благородный. В Москве он пользовался громадным уважением после того, как в 1771 году во время чумы добровольно принял бразды правления и успокоил этот брошенный на произвол судьбы город. Еропкин не был враждебно настроен против мартинистов и если что-нибудь предпринимал против них, то по приказанию, а не по своей инициативе. Успокоенные с этой стороны розенкрейцеры скоро почувствовали, однако, снова беспокойство благодаря другого рода обстоятельствам, складывавшимся для них неблагоприятно. В августе 1786 года умер Фридрих Великий и на прусский престол взошел Фридрих Вильгельм, человек бесхарактерный, относившийся враждебно к России под влиянием своего министра Герцберга. Король этот был ревностным масоном. Он приблизил к себе главу берлинского масонства, Вельнера, и сделал его впоследствии министром духовных дел. Наши розенкрейцеры приняли розенкрейцерство через Шварца от Вельнера и считались под его начальством. Теперь они оказались, таким образом, под начальством лица, приближенного к монарху враждебной нам державы.

В конце этого года барон Шредер заявил московским розенкрейцерам, что вследствие усилившихся происков иллюминатов он получил из Берлина приказание наложить на орден силанум, или бездействие, когда всякая переписка и официальная деятельность членов ордена должна прекращаться. Силанум этот продолжался несколько лет до самого разгрома розенкрейцеров. Наступил 1787 год. Это был год очень тяжелый для России, один из тех годов, воспоминание о которых, переходя из поколения в поколение, долго живет в памяти народной. Почти повсеместно свирепствовал голод. Цены на хлеб страшно поднялись, люди питались сушеным мхом, корою, листьями и прочими веществами, которыми старались заменить хлеб, болели и во множестве умирали. Были, однако, люди, горячо принимавшие к сердцу народное горе и старавшиеся помочь бедствовавшим всеми зависевшими от них средствами. Людьми этими были мартинисты. Они часто собирались и обсуждали средства, как помочь беде. На одном из таких собраний Новиков говорил речь. По окончании ее к нему подошел Г.М. Походяшин и предложил ему часть своего состояния на помощь голодающим. Новиков согласился и на деньги Походяшина стал скупать хлеб большими партиями и раздавать его голодающим в Москве и у себя в Авдотьине. В обществе не знали, что хлеб покупается на средства богача Походяшина, и все недоумевали, откуда у мартинистов берутся такие деньги. Стали поговаривать даже о фальшивых бумажках. К голоду присоединилось еще новое бедствие: война с Турцией. Казалось бы, императрица, удрученная такими заботами, должна была временно забыть о мартинистах. Она доказала противное, издав в июне этого года указ, которым воспрещалось печатание книг религиозного содержания в светских типографиях. Печатание их отныне должно было принадлежать духовным типографиям. В силу этого закона были осмотрены книжные лавки, причем все найденные в них духовные сочинения отобраны и сданы на хранение в синодальную контору. Издание этого указа имело большое значение для “Типографической компании”, которая ежегодно выпускала в большом количестве духовные сочинения. Ликвидировать свои дела ей было просто невозможно вследствие запутанности общих счетов, да и, кроме того, не хотелось бросать излюбленного дела. Поэтому Новиков решил продолжать свою издательскую деятельность, изменив несколько ее направление. В этом году барон Шредер уезжал насовсем за границу. Он просил прислать кого-нибудь в Берлин для получения там масонских наставлений, необходимых для принятия начальствования над розенкрейцерами по окончании силанума. С общего совета в Берлин был послан на средства кружка Кутузов.

В том же году у мартинистов через преданного им архитектора Баженова завязались было сношения с наследником Павлом Петровичем. Баженов передавал, что Павел Петрович интересуется делом мартинистов, и Новиков послал ему несколько экземпляров мистических сочинений, но продолжать с ним дальнейшие сношения он побоялся.

Отказавшись по необходимости от печатания духовно-нравственных сочинений, Новиков не только решил продолжать издательскую деятельность, но мечтал даже о возобновлении контракта, по истечении его срока в 1789 году, с тем чтобы вернуться на старый путь и заняться изданием документов по русской истории. Так, в 1787 году он издал “Историю скифскую” Лызлова, 1-ю часть “Истории российской” Левека, “Родословную книгу князей и дворян российских и выезжих” и др. В 1788 году он, между прочим, издал вторым изданием, исправленным и дополненным, “Российскую вивлиофику”. Однако дела “Типографической компании”, несмотря на эти издания, сильно пошатнулись. Книги шли туго и не давали прежнего барыша. Компания должна была продать дом, купленный на имя Шварца, и отказаться от содержания Кутузова за границей. С этих пор Кутузов жил там за свой счет, а не на средства общества.