Прозоровский слал на мартинистов донос за доносом Екатерине и наконец до такой степени настроил ее против них, что она даже спросила его, почему же он не велит арестовать Новикова. Прозоровский отвечал, что ей стоит лишь приказать. Но Екатерина не решалась еще на эту меру, не находя причины для ареста. Между тем дела “Типографической компании” шли все хуже и хуже, и наконец, с общего согласия ее членов, в ноябре 1791 года был подписан акт о ее ликвидации. В силу его Новиков оставил за собой дом у Никольских ворот, купленный на его имя, все книги, напечатанные в типографиях, которыми он заведовал, т. е. в университетской, “компанейской” и лопухинской, типографские принадлежности и аптеку. При этом Новиков принимал на себя долги общества, достигавшие тогда 300 тысяч рублей. В 1791 году Новиков овдовел и стал уже безвыездно жить в Авдотьине, занимаясь воспитанием своих детей и племянников Хрущовых, живших у него вместе с учителем. У него поселился в это время и молодой Багрянский, вернувшийся в том же году из-за границы, где он получил степень доктора медицины. Но недолго пользовался Новиков спокойной жизнью в Авдотьине. Императрица, давно уже решившая с ним покончить и дожидавшаяся только предлога, наконец нашла его… Ей была доставлена книга с выдранным заглавным листом, напечатанная церковным шрифтом и содержащая в себе раскольничьи сочинения. То была “История об отцах и страдальцах соловецких”, написанная и когда-то напечатанная старообрядцами, а потом перепечатанная неизвестно кем (может быть, и действительно Новиковым), вероятно, в видах сохранения редкого раскольничьего документа. В перепечатке этой книги, заключавшей статьи, противные духу православия и правительству, императрица заподозрила Новикова, который, по дошедшим до нее слухам, устроил даже у себя в имении тайную типографию, и указом от 12 апреля 1792 года предписала Прозоровскому произвести у Новикова внезапный обыск как в Авдотьине, так и в московском его доме. Если бы у Новикова нашлись церковные шрифты и экземпляры вышеуказанной книги, то они должны были быть конфискованы, а сам он как издатель подвергнуться ответственности, т. е. взят под присмотр и допрошен. Затем Прозоровскому предписывалось также исследовать вопрос, каким образом Новиков, не получивший большого состояния ни по наследству, ни другими законными путями, считается теперь в числе богатых людей и как приобрел он свое состояние. Обо всем, что откроется, повелевалось донести немедленно и обстоятельно.

Утром 22 апреля лица, уполномоченные Прозоровским произвести обыск, прибыли в Авдотьино и приступили к делу. Шрифтов и церковных литер не оказалось, но зато найдены были книги, напечатанные в тайной розенкрейцерской типографии и перевезенные в Авдотьино из имения князя Черкасского. Обстоятельство это так подействовало на Новикова, что он захворал. С ним стали происходить частые обмороки, поэтому его не решились везти тотчас же в Москву, а оставили в Авдотьине на попечении Багрянского и под присмотром никитского городничего и его команды.

Между тем в Москве тоже производились обыски. Обысканы были дом компании, новиковская и все вольные книжные лавки. Тут было найдено 20 книг, продажа которых была запрещена в 1786–1787 годах, и 48 напечатанных без указного дозволения. Книгопродавцы были призваны к ответу и, хоть сначала и запирались, но потом показали, что книги эти они получали от Новикова и развозили их по ярмаркам, а Кольчугин, бывший приказчиком в лавке у Новикова, заявил, что таких книг хранится на складах гостиного двора и на суконной фабрике за Москвой-рекой на сумму до пяти тысяч рублей. Кольчугин и сидельцы в лавке Новикова были задержаны, остальные отпущены.

Прозоровский, получив известие, что Новиков оставлен в Авдотьине по случаю болезни, нашел, что команды городничего мало для охраны такого важного преступника, и послал в Авдотьино гусарского майора, князя Жевахова, с двенадцатью солдатами при обер – и унтер-офицерах и капрале.

Князь Жевахов должен был иметь караул над Новиковым и привезти его в Москву при первой возможности. Появление Жевахова в деревне было в то время событием неслыханным и возбудило всеобщее недоумение и испуг, а на детей Новикова появление солдат произвело такое впечатление, что с сыном его и одной из дочерей сделались припадки падучей болезни, которой они страдали затем до конца жизни. Жевахов нашел возможным везти Новикова тотчас же, несмотря на то, что последний был совсем болен. Через два часа по прибытии Жевахова в Авдотьино Новикова везли уже под конвоем в Москву. Событие это сильно огорчило как крестьян Николая Ивановича, которые оплакивали его, как родного отца, так и всех соседних помещиков, которые любили его и уважали. С Новиковым поехали Багрянский и один из слуг, а дети Николая Ивановича и его племянники остались в Авдотьине, где поселился гусарский офицер с четырьмя солдатами для того, чтобы помешать вывозу чего-либо запретного из имения.

По прибытии в Москву Новиков был тотчас же доставлен к Прозоровскому, который снял с него допрос, а затем отпустил его под домашний арест, так как Новиков был слишком болен и не мог быть посажен в острог; да и по букве предписания его следовало арестовать в том лишь случае, если у него окажутся “литеры”, а их не оказалось.

С Новиковым поселился Багрянский. Жевахову велено было иметь над ними самый строгий надзор, и даже лекарства позволялось прописывать не иначе как в его присутствии. Прозоровский допрашивал Новикова несколько раз и каждый раз, донося о том императрице, характеризовал его как человека “коварного” и “лукавого”, имеющего “дерзкий и смелый характер”, человека, от которого трудно добиться показаний, и просил прислать для допроса знаменитого в то время сыщика Шешковского. Дело в том, что Прозоровский был человеком очень недалеким и к тому же невежественным; он не имел ни малейшего понятия о масонстве, а потому затруднялся вести дело Новикова и желал от него избавиться. Императрица, очень довольная энергией и распорядительностью Прозоровского, тем не менее, сама, вероятно, убедилась, что ведение этого дела ему не по силам. Донесения его по поводу масонских бумаг, найденных у Новикова, представляли целый ряд неправильных и неосновательных суждений и только запутывали дело. Поэтому императрица решила передать Новикова Шешковскому. Для этого велено было со всей осторожностью, не по петербургскому тракту, а через Ярославль и Тихвин, препроводить его в Шлиссельбургскую крепость. Коменданту крепости велено было принять арестанта, которого привезут от Прозоровского, без обозначения фамилии.

10 мая в два часа ночи к дому Новикова в Москве подъехала кибитка, в которую был посажен больной вместе со своим слугою и с Багрянским, получившим разрешение добровольно разделить его участь. Перед отъездом они все трое были обысканы, и у них отобрали все вещи, которыми они могли бы нанести себе какой-нибудь вред. Арестованного сопровождал конвой из двух офицеров, трех унтер-офицеров и шести солдат под начальством князя Жевахова. Всю дорогу за Новиковым неустанно следили, чтобы он над собой чего-нибудь не сделал, и в то же время тщательно умалчивали о том, куда его везут. Наконец больного, измученного, разбитого физически и нравственно, его привезли в Шлиссельбургскую крепость и посадили в тот самый каземат, где некогда томился несчастный Иоанн Антонович.

Отправляя Новикова, Прозоровский следующим образом характеризовал его в письме к Шешковскому: “Птицу Новикова к вам направил; правда, что не без труда вам будет с ним, лукав до бесконечности, бессовестен, и смел, и дерзок”. Прозоровский, преувеличивая значение дела о личной “злонамеренности” Новикова, сам сознавал свое бессилие и неоднократно звал на помощь Шешковского: “Сердечно желаю, – писал он ему 4 мая, – чтобы вы ко мне приехали, а один с ним не слажу. Экова плута тонкого мало я видывал”. Затем, в ответ на письмо Шешковского, в котором тот тоже жаловался, что устал от следствия, он отвечал: “Верю, что вы замучились, я не много с ним имел дела, да по полету уже приметил, какова сия птичка!” В письмах Прозоровского к Шешковскому много таинственного, встречаются какие-то намеки, полуслова: “дело нежное”, “в случае остерегите” и т. п. Вообще, делу Новикова придавалось несоответственно большое значение. Об этом можно судить уже по одному письму Прозоровского от 24 августа, которое он послал со вторым нарочным курьером: “При отправке нынешнего курьера ошибкой директор моей канцелярии не приложил бумаги при реляции к Е. И. Величеству… Бумага сия есть развратное их мнение об Адаме. Того для при сем оную прилагаю, отправляю другого нарочного для догнания первого курьера и прошу Ваше Превосходительство при подписании всеподданнейших моих Ее Величеству донесений и сию бумагу поднести”.