В академических заседаниях дело не дошло до рассмотрения предложений Ломоносова: во время первого же заседания он жестоко поругался с Тепловым. Мюллер, ненавидевший нашего академика всеми силами своей души, не замедлил донести об этом президенту, причем заявлял, что Теплов и Шумахер оставили собрание, а он, Мюллер, просит уволить его от присутствия, не желая и опасаясь говорить о каком-либо деле с Ломоносовым.

Эта ссора повлекла за собою письменный выговор Ломоносову от президента, который приказывал объявить ему свое неудовольствие в канцелярии через секретаря. Возмущенный Ломоносов подал прошение государыне и просил об избавлении его “от Теплова ига”. Прошение возымело действие, президенту пришлось уничтожить свой выговор и снова допустить Ломоносова присутствовать в академических собраниях.

Вслед за этим наш ученый составил обширную записку, в которой отделал своих врагов, как говорится, “начисто”. В ней же он высказывал свое мнение о том, каков должен быть новый устав Академии. Эта записка, замечательная по своему языку, пылкому и убедительному, содержала описание академических штатов и предлагала ввести новую должность – вице-президента Академии, которую, судя по многим фактам, Ломоносов прочил себе. Однако его записка, на которую он смотрел очень серьезно, как видно из вступления к ней, также не достигла своей цели.

Нашему ученому поручено было составить похвальное слово Петру Великому. Это занятие, хлопоты по изданию второго тома его сочинений и русской грамматики, а также многочисленные обычные работы отвлекли Ломоносова несколько в сторону, и борьба с врагами временно затихла.

13 февраля 1757 года Ломоносов, еще в 1755 году отказавшийся от кафедры химии, добился-таки непосредственного участия в управлении академическими делами. Президент, вероятно, откликаясь на ходатайство И. Шувалова, издал, под предлогом дряхлости и старости Шумахера, распоряжение, которым повелевалось коллежскому советнику и профессору Ломоносову вместе с Шумахером и Таубертом присутствовать в академической канцелярии и вместе с ними подписывать все текущие дела.

Присутствие нашего академика в канцелярии навело страх на его сочленов. Шумахер не произносил ни одного слова, а Тауберт “высказывался несмеющим противоречить тому, что предлагал Ломоносов”. В новом своем положении наш академик стал распоряжаться весьма самостоятельно, чтобы не сказать более, и дал своим врагам почувствовать свою власть. Но все-таки все его распоряжения имели своим основанием искреннее желание принести пользу Академии и всей России. Мюллер поторопился жаловаться на него президенту, но эти доносы закончились выговором знаменитому историографу.

7 января 1758 года наш академик представил президенту записку о неудовлетворительном состоянии Академии и о мерах по улучшению его. Граф Разумовский в ответ на это представление назначил Ломоносова заведовать всеми учеными и учебными отделениями Академии.

Тогда же Штелину были поручены художества, а Тауберту – типография, книжная торговля и мастерские.

Ломоносов немедленно обратил особенное внимание на увеличение числа учеников гимназии и студентов университета, хлопотал и об улучшении их содержания. Вскоре после этого нашему академику поручено было заведовать географическим департаментом. Тогда Ломоносов энергично приступил к составлению большого атласа Российской империи.

26 мая 1759 года он потребовал от синода подробный список всех синодальных строений, церквей, монастырей, сведения об их устройстве и положении, “а сверх того присланы были из монастырей с исторических описаний о времени построения оных для сочиняющейся российской истории копии”. В Сенат же Ломоносов подал ходатайство о содействии для получения сведений о городах, их положении, устройстве, экономическом состоянии, торговле, промыслах, заводах, фабриках и так далее. Причем опять-таки не забывалось и об интересах истории: ученый просил присыпать копии с летописей.

Сенат отпечатал 30 запросов на одном листе и разослал по всем городам. С 19 января 1760 года стали поступать ответы на запросы; разборкой и приведением в порядок этих сведений занимался студент Илья Абрамов. Но Ломоносову не суждено было ими воспользоваться.

В то же время он не переставал заботиться о приведении в порядок гимназии и университета и наконец составил для них новые регламенты, рассмотрение которых было поручено Мюллеру, Фишеру, Брауну и Модераху. Мюллер отозвался, что им самим ранее были составлены регламенты для университета и гимназии. Браун и Модерах сделали некоторые весьма основательные замечания, которые Ломоносов нашел справедливыми и достойными внимания. Мнение же Фишера было отражением взгляда Тауберта и сводилось к тому, чтобы не принимать в гимназию детей, принадлежащих к податному сословию, и чтобы число гимназистов и студентов было гораздо меньше того, которое Ломоносов указывал в своем проекте. Наш ученый находил необходимым, чтобы в гимназии было 60 учеников, а в университете – 30. Фишер вместе с Таубертом спрашивали: “Куда столько гимназистов и студентов? Куда их девать и употреблять будет?” Михаил Васильевич на это справедливо возражал, что в России нет ни лекарей, ни аптекарей, ни механиков, ни адвокатов “и ниже своих профессоров в самой Академии и в других местах”.

В это время Тауберт начинает приобретать значение в канцелярии, так как его тесть, Шумахер, стал слишком стар и дряхл и вследствие болезни часто по нескольку недель не заглядывал в Академию. Но очевидно, что престарелый правитель канцелярии продолжал руководить Таубертом и побуждал его всячески препятствовать Ломоносову в его стараниях провести новый регламент. Деньги на содержание гимназии и университета выдавались “с великим затруднением”, ученики находились в самом жалком положении, “так что иногда Ломоносову до слез доходило, ибо, видя бедных гимназистов босых, не мог выпросить у Тауберта денег… Таковые поступки понудили Ломоносова просить президента, чтобы университет и гимназия отданы были ему в единственное смотрение и сумму по новому статусу на оба сии учреждения отделять особливо, с тем чтобы канцелярия (сиречь прочие чины) чинила ему всякое вспоможение”.

Граф К. Разумовский, после рассмотрения в академическом заседании предложений Ломоносова, распорядился об утверждении вышеупомянутой просьбы.

После такого распоряжения Ломоносов счел себя вправе составить в академической канцелярии определение, которым академики Фишер, Браун, Эпинус, Котельников и адъюнкт Корицкий обязывались начать чтение лекций при университете и читать их по четыре раза в неделю. 14 февраля 1760 года за подписью графа Разумовского и Ломоносова вышли правила для университета. Этими правилами учреждались три факультета – юридический, медицинский и философский – и назначался особый проректор университета, избираемый из числа академиков. Кроме того, предполагалось давать ученые степени и исходатайствовать формуляр с пунктами “университетской привилегии”. На содержание университета и гимназии определено было расходовать 15 тысяч. Особо уточнялось, что сумму эту следовало выдавать на учебные заведения отдельно от общих денег на Академию. Хранение и расходование этих 15 тысяч рублей поручалось Ломоносову.

Но все это не могло удовлетворить нашего академика, и он продолжал хлопотать о привилегиях для университета.

“Мое единственное желание состоит в том, чтобы привести в вожделенное течение гимназию и университет, откуда могут произойти многочисленные Ломоносовы”, – так определил он свое пламенное желание добиться заветной цели в письме к И. Шувалову, на содействие которого он сильно рассчитывал.

Но все хлопоты нашего академика ни в 1760-м, ни в 1761 году, когда он обратился за содействием к другому почитателю его таланта, канцлеру графу М. Воронцову, не увенчались успехом.

Из других занятий Ломоносова в качестве советника академической канцелярии мы упомянем здесь об ученом предприятии, которое он дважды пытался осуществить. Ломоносов предложил послать способного живописца во все древние русские города, “чтоб имеющихся в церквах изображений государских иконописною и фресковою работою, на стенах или гробницах состоящих, снять точные копии величиною и подобием, на бумаге водяными красками… А сие учинить для того: 1) дабы от съедающего времени отнять лики и память наших владетелей и сохранить для позднейших потомков; 2) чтобы показать и в других государствах российские древности и тщание предков наших; ибо выданные прежде всего в печать родословные грыдырованные листы не токмо весьма недостаточны, но и никакого сходства между собою в лицах не имеют; 3) чтоб Санкт-Петербургская Академия художеств имела случай употребить свое искусство, как бы изобразить их надлежащею живописью в приличных положениях со старинного манеру, не теряя подлинного подобия, а чтобы учащиеся живописному и резному художеству, смотря на работу мастеров, по таковым переменам к изображениям привыкли…”