Алексей Михайлович многое из своей власти охотно уступал боярам и кругу приближенных. Федор в этом отношении определиться не успел. Но сознание необходимости держать при дворе представителей разных группировок господствующего класса стало уже своеобразной нормой поведения монарха. В приближении к царю находились дворяне Иван Языков и Алексей Лихачев. Соперничавшую с ними группировку возглавил Иван Михайлович Милославский, возвращенный из ссылки, по определению Татищева, «человек великого коварства и злобы». Соперники столкнулись на вопросе о женитьбе царя.
Женитьба монарха всегда являлась актом политическим. Но от русского царя не требовали подчинения его выбора задачам укрепления международных связей. Иван Грозный создал и прецедент, неоднократно затем повторявшийся: две тысячи невест — дочерей дворян свозили со всей страны, и царь вместе со своеобразной комиссией проводил смотрины. Таким путем женился и Алексей Михайлович, хотя в результате неизбежных придворных интриг ему и не удалось настоять на своем выборе (избранницу объявили нездоровой). На Марии Милославской юный самодержец женился по совету своего воспитателя Бориса Ивановича Морозова, который сам женился на ее младшей сестре и сделался свояком царя.
Федор невесту выбрал сам и оказался более настойчивым в личных делах, чем отец. Попытка Ивана Милославского скомпрометировать невесту — Агафью Симеоновну Грушецкую — разбилась о настойчивость жениха и завидную смелость невесты, оказавшейся способной постоять за себя. Ивану Милославскому пришлось бы снова отправиться в ссылку, если бы не предусмотрительное великодушие молодой царицы.
Старшие сыновья Алексея Михайловича не отличались твердостью, необходимой правителю, но способны были глубоко чувствовать и крепко привязываться. Алексей резко подорвал и без того слабое свое здоровье, тоскуя по умершей матери. И Федор не смог перенести обрушившихся на него несчастий: сначала, подарив царю и отечеству наследника, скончалась молодая царица, а некоторое время спустя умер и наследник. Придворные, пытаясь отвлечь царя от переживаний, женили его на Марфе Матвеевне Апраксиной. Но это лишь ускорило развязку. 27 апреля 1682 года Федор скончался.
С кончиной Федора возобновилась борьба Нарышкиных и Милославских. Фавориты Федора вместе с патриархом Иоакимом взяли сторону Нарышкиных, и десятилетний Петр был провозглашен царем мимо шестнадцатилетнего Ивана «собором», организованным на кремлевской площади. Акция эта встретила и противодействие в определенных столичных кругах.
Еще при Федоре начались волнения среди стрельцов. Теперь их недовольство должно было вылиться на преемника. Если бы таковым оказался Иван, то, возможно, и недовольство вылилось бы в его адрес. Но Иван сам выглядел жертвой. Поэтому стрельцы встали на его защиту. К тому же поддерживающий Нарышкиных патриарх ретиво преследовал раскольников. А многие стрельцы были из их числа. Уже на третий день после воцарения Петра стрельцы подали жалобы на полковников. Перепуганные советники царицы Натальи рассчитывали «откупиться» от стрельцов, наказав кнутом и батогами нескольких полковников. Стрельцы усилили нажим на власти, почувствовав их слабость, а стрелецкие головы потеряли интерес к правителям, которые отдали их наперсников на заклание, даже не проверив истинности обвинений.
Стрельцы в Русском государстве конца XVII века — явление довольно своеобразное. В свое время это было привилегированное войско из числа служивших «по прибору». Стрельцы получали огнестрельное оружие от государства, тогда как другие категории войск приходили на службу «конно и оружно». За службу стрельцам выделялось около двадцати десятин земли и два-три рубля жалованья в год. Жили они в специальных слободах в городах и использовались главным образом в качестве войск внутренней охраны. В свободное от службы время они занимались ремеслом и торговлей. В итоге стрельцы олицетворяли как бы два разных сословия: служилых людей и торгово-ремесленное население города. В качестве первого они вели борьбу за исправную выплату жалованья, а в другом качестве — протестовали против увеличения службы.
К концу XVII века стрелецкое войско основательно разложилось. Полковники и прочий командный состав из дворян расхищали деньги, отпускаемые на жалованье, а сами стрельцы стремились всеми средствами уклониться от службы. Эти обстоятельства и нашли выражение в известных восстаниях стрельцов. В качестве торгово-ремесленного населения стрельцы восставали против феодального строя, в качестве привилегированного слоя феодального общества они выступали за упрочение сословных перегородок.
Движение стрельцов использовали в своих целях разные силы. Князь Иван Андреевич Хованский натравливал стрельцов на своих недругов и лелеял мечты о собственном воцарении на Московском столе. В свою очередь, Милославские рассчитывали использовать Хованского против Нарышкиных, а затем устранить и его самого. 15 мая 1682 года стрельцы двинулись к Кремлю. Как и во многих других аналогичных выступлениях, восставшие шли спасать царскую семью от козней бояр. На сей раз речь шла об обойденном властью Иване и его сестрах. Распространился слух, что Ивана убили. Рассчитывая успокоить толпу, Нарышкины вывели на крыльцо Петра и Ивана. Но движение уже невозможно было остановить. После непродолжительной заминки подогреваемые смутьянами стрельцы ворвались на крыльцо и сбросили на копья только что вернувшегося из ссылки боярина Артамона Матвеева. На глазах Петра были убиты и другие видные сторонники партии Нарышкиных, в том числе его дядя Афанасий Кириллович. 17 мая на расправу стрельцам был выдан и еще один брат царицы — Иван Кириллович. Отец Натальи Кирилл Полуэктович был помилован с условием, что он уйдет в монастырь. Раздавались требования заключения в монастырь и самой Натальи Кирилловны.
Противоречивое положение стрельцов сказалось и на ходе восстания, и на их требованиях. Восставшие разгромили Судный и Холопий приказы и уничтожили крепости на несвободных людей. Но, получив удовлетворение своих требований, стрельцы позволили использовать себя для расправы с челобитчиками, бившими челом «о свободе, чтобы им быти бескабально».
Натравить стрельцов против Милославских Хованскому не удалось. 26 мая Иван был провозглашен царем наряду с Петром. Через три дня Софью провозгласили регентшей. Хованский попытался противопоставить стрельцов-раскольников приверженцам Софьи. Но это вызвало лишь раскол в самом стрелецком движении. Подобно тому как в 1564 году покинул Москву Иван Грозный, 29 августа 1682 года царский двор выехал в Коломенское, а затем в Саввино-Звенигородский монастырь. Было объявлено о заговоре против жизни царей. В Троице-Сергиев монастырь приглашались вооруженные дворяне для предотвращения угрозы. Из села Воздвиженского (десять километров от монастыря) был направлен указ Хованскому явиться «для встречи гетманских посланцев». Хованский, не чувствуя прочной опоры, вынужден был повиноваться. 17 сентября он был схвачен и казнен. Правительство Софьи обещало стрельцам полное прощение, и они пришли в монастырь с повинной. Разрозненные антифеодальные и внутрифеодальные движения после этого были вскоре усмирены.
Майские события 1682 года оставили неизгладимый след в сознании Петра, способствуя выработке у него отрицательного отношения ко всему старому русскому. Именно тогда овладела Петром неуемная жажда мщения строптивым стрельцам, вылившаяся шестнадцать лет спустя в яростную расправу над ними. Пока же такой возможностью он не располагал: Нарышкины были оттеснены от дел Милославскими.
Если мужское потомство Марьи Ильиничны Милославской отличалось болезненностью, то все дочери были, что называется, в соку. Софья к тому же отличалась большим умом и политической активностью. Неизменно поддерживали ее сестры и тетки. Уже при Алексее Михайловиче началось некоторое ослабление «теремного» режима для русских женщин. Царь водил жену и детей на «комедийные действа», брал их с собой на охоту. Им дозволялось потанцевать в обществе. Однако выходить замуж царские дочери не могли. Для них требовались женихи королевского достоинства, да еще православные. В результате двор был переполнен старыми девами разных возрастов и поколений, с тоской и завистью взиравших на естественные горести и радости своих сверстниц из менее знатных семей. Приход к власти Софьи резко изменил ритм жизни всей женской половины рода Милославских. Никто теперь не запрещал им иметь «голантов». Двор наполнился неуемным весельем. Сестры Софьи проявляли завидное усердие, создавая хоры и комедийные группы: из их состава в основном и выбирались «голанты».