Во вторую половину этого периода Д. А. Клеменц уехал в Якутск для организации большой экспедиции по изучению быта якутов на средства, пожертвованные отделу золотопромышленником Сибиряковым. Большую часть сотрудников этой экспедиции генерал-губернатор по ходатайству отдела разрешил составить из политических ссыльных, живших в Якутске и в наслегах области и хорошо познакомившихся с жизнью и нуждами населения. Это обеспечивало получение объективных сведений независимо от влияния местной власти и, с другой стороны, давало ссыльным интересную pa боту и заработок. Отъезд Д. А. Клеменца повлек за собой избрание меня правителем дел отдела и редактирование мною его «Известий» в течение двух лет.

Новый директор обсерватории А. В. Вознесенский организовал временную станцию на Байкале на половине зимнего пути из Лиственничного в Мысовую для изучения всех метеорологических элементов, а также толщины ледяного покрова, его трещин, движений и температуры. Об этих особенностях льда не было еще систематических наблюдений. В одну из зим А. В. Вознесенский с женой и я со своей женой совершили поездку на Байкал к этой временной станции, и я имел возможность видеть ледяной покров озера, широкие трещины в нем, торосы вдоль них и у берегов. Зимние ветры сдували выпадавший снег большею частью к берегам с поверхности льда, которая на больших площадях средней части озера была совершенно чистая и гладкая и отражала солнечные лучи, как огромное зеркало. В одной из трещин, уже затянутой молодым льдом, мы видели голову лошади провалившейся в воду и замерзшей в ней в виду того, что ямщик не смог сам вытащить ее на гладкий лед. Простор ледяного покрова и горная рама озера с ее вершинами, ущельями, ковром тайги, усыпанная снегом, произвели незабываемое впечатление.

Будучи начальником Забайкальской горной партии, я продолжал занимать должность геолога Иркутского горного управления; хотя вознаграждения за это я не получал, но оставался в кругу горных инженеров Иркутска. Начальник управления во время моей экспедиции в Центральную Азию сменился, и место Л. А. Карпинского занял Н. С. Боголюбский, а в качестве помощника его приехал И. А. Огильви. Приходилось поддерживать отношения с этим кругом, хотя научные интересы связывали меня гораздо больше с другим, образовавшимся вокруг Отдела и метеорологической обсерватории. У директора последней собирались почти каждое воскресенье некоторые деятели Отдела, я с женой и мой сотрудник А. П. Герасимов.

Так как после летних работ 1898 г. Забайкальская партия намеревалась вернуться в С.-Петербург для обработки собранных материалов и составления полного отчета, моя жена не осталась на последнее лето в Иркутске, а уехала к своим родным в Петербург. Рельсовый путь по Сибирской железной дороге был уже готов до с. Черемхова, где можно было сесть в поезд. Моя семья уехала на пароходе, курсировавшем по Ангаре до с. Бархатова, где можно было достать лошадей, чтобы проехать до ближайшей станции, от которой начиналось временное движение поездов.

В конце сентября, закончив работы в Селенгинской Даурии, я также кончил отправку наших коллекций и ликвидировал квартиру партии в Иркутске. Рельсовый путь был уже уложен до станции на левом берегу р. Ангары, ниже устья р. Иркута, где я сел в вагон временного состава, доставивший меня в Красноярск, откуда начиналось регулярное движение. На этом пути интересно было спокойно наблюдать из окна вагона местность, знакомую по двум поездкам в тарантасе в 1888 и 1895 гг., видеть характерные формы столовых гор к западу от р. Оки, обусловленные покровами вулканической лавы — сибирского траппа, изливавшейся в конце палеозоя из больших трещин; далее мост через Енисей, еще более крупный через р. Обь, степи и колки Барабы и всей Западной Сибири, которая была еще незнакома мне, так как при плавании на пароходе по Оби с него видны только откосы берегов и редколесье на них.

В Петербурге жена уже успела найти и обставить квартиру на Петербургской стороне, недалеко от улицы, на которой Геологический комитет отвел квартиру для работы Забайкальской партии. Я с обоими сотрудниками начал обработку материалов, но в ноябре мне пришлось оторваться на месяц для поездки за границу, в Цюрих (в Швейцарии), где умер мой старший брат. По пути туда я заехал в Вену, по приглашению академика Эд. Зюсса, с которым уже переписывался раньше. Он составлял в это время первую половину III т. своего труда «Лик земли», значительная часть которого была посвящена Азии. Создавая сводку всех данных о составе и тектонике горных стран Азии, Зюсс, естественно, особенно нуждался в результатах новейших исследований и очень хотел получить от меня лично в беседах результаты моих наблюдений в Центральной Азии и Сибири. Я провел три дня в Вене в разговорах с Зюссом, обсуждая строение Внутренней Азии.

По возвращении в Петербург зиму и весну 1899 г. я провел за обработкой привезенных материалов, но занимался главным образом подготовкой к печати дневников из своего путешествия по Центральной Азии, отодвигая забайкальские на вторую очередь, так как предварительные отчеты партии по годам были уже напечатаны и давали представление о выполненной работе. Мы составили общий краткий отчет по всему Забайкалью, изученному за 4 года, кроме отчета за последний год, и представили все это в Геологический комитет.

На лето 1899 г. я получил от горного ведомства командировку в Германию, Австрию и Швейцарию для ознакомления с геологическим строением этих стран в природе и в музеях, жил с семьей в разных местах, делал экскурсии в Альпах Швейцарии, в вулканической области по Рейну, осмотрел геологические музеи в Берлине, Вене и Будапеште; в последнем познакомился с геологом Лочи, изучавшим Китай за 7 лет до меня. В Берлине посетил геолога Рихтгофена, известного исследователя Китая, присутствовал на Международном географическом конгрессе, на котором сделал маленький доклад об исследованиях Забайкалья. В Вене я снова провел несколько дней в беседе с Зюссом о строении Азии.

Осень, зима и весна 1899—1900 гг. были опять посвящены обработке центральноазиатских и забайкальских материалов, а летом я получил командировку в Париж для участия в Международном геологическом конгрессе и посещения Всемирной выставки. После конгресса я участвовал в экскурсии в Овернь, где познакомился с областью развития молодых вулканических пород и видел прекрасные остатки третичных и четвертичных вулканов.