Разработанный русским командованием план строительства базы до окончания войны не был осуществлен, однако корабли флотилии, в частности тральщики, проводившие торговые суда в Белое море, иногда использовали Иоканьгскую бухту для стоянок.

В первые годы войны корабельный состав флотилии формировался в основном с учетом нужд торгового флота. Летом 1915 г., когда впервые на немецких минах подорвались торговые суда, русское командование срочно создало партию траления, которая базировалась на Архангельский порт. В качестве тральщиков исполь-., зовались рыболовецкие суда, переданные флотилии по мобилизации. В конце года состав партии увеличился до 27 судов. Однако только половина их имела тралы и могла использоваться по прямому назначению. Поэтому во второй половине 1915 г. англичане направили в Архангельск восемь тральщиков. Но при этом они больше заботились о защите своей торговли на Севере, чем об оказании помощи России.

Обстановка требовала быстрейшего усиления флотилии Северного Ледовитого океана, развертывания ее в широких масштабах. А морской генеральный штаб медлил с этим и только в начале-1916 г. разработал план строительства морских сил на Севере.

Создаваемую флотилию должны были составить отряд крейсеров и миноносцев, дивизия траления, отряд судов обороны Кольского залива, отряд судов охраны водного района Архангельского порта и суда службы связи. Базами флотилии намечались Архангельск, Иоканьга и Екатерининская гавань в Кольском заливе.

В плане впервые были четко сформулированы задачи флотилии. Они сводились к проводке торговых судов за тральщиками через; минные заграждения, прикрытию конвоев от ударов легких и вспомогательных крейсеров и подводных лодок противника и к защите своих портов и побережья.

Исходя из этих задач, а также системы базирования флотилии: и способов ее действий, морской генеральный штаб предложил разделить Северный морской театр на три операционные зоны.

Первая зона включала южную часть Баренцева моря и простиралась от норвежской границы до меридиана мыса Святой Нос… Во вторую входило горло Белого моря; граница ее с севера проходила по линии Святой Нос — Канин Нос, а с юга — по линии остров Сосковец — мыс Инцы. Остальная часть Белого моря вместе с Двинским, Кандалакшским и Онежским заливами составляла, третью операционную зону флотилии.[35]

Хотя этот план морского генерального штаба далеко не учитывал потребности театра в корабельных силах, он в феврале 1916 г. был утвержден, и морское министерство приступило к развертыванию флотилии.

К этому времени на Севере уже находились два соединения кораблей партия траления и отряд охраны водного района Архангельского порта. Для комплектования корабельного состава флотилии было решено использовать в основном суда, находившиеся на Дальнем Востоке, а также русские корабли, захваченные японцами; во время русско-японской войны 1904 — 1905 гг. Первый опыт переброски судов с Дальнего Востока на Север в условиях войны уже был: в 1915 г. совершил длительный переход из Владивостока в Архангельск минный заградитель «Уссури»; Северным морским путем были проведены гидрографические суда «Таймыр» и «Вайгач».

В марте 1916 г. царское правительство приобрело у Японии" за 15 млн. рублей золотом бывшие русские эскадренные броненосцы «Полтава», "Пересвет" и крейсер «Варяг», которые были потоплены во время русско-японвкой войны 1904–1905 гг. и затем подняты со дна моря и отремонтированы японцами. Но они не представляли особой ценности: имели слабые корпуса, изношенные механизмы и устаревшее оружие.

Экипажи для этих кораблей были присланы с Балтийского и Черноморского флотов. Но подготовка их к переходу на Северный морской театр затянулась. Японцы недобросовестно отремонтировали корабли, и часть их пришлось ремонтировать заново. Поэтому «Чесма» (бывший "Полтава") и «Варяг» смогли покинуть Владивосток только в конце июня 1916 г., а «Пересвет» еще позже.

Этим кораблям предстояло в условиях военного времени преодолеть путь протяженностью свыше 15 тыс. миль. Необходимые меры по обеспечению безопасности перехода приняты не были. В результате «Пересвет» в декабре при выходе из Порт-Саида наскочил на поставленное германской подводной лодкой минное заграждение и погиб.

"Варяг" прибыл в Кольский залив в ноябре 1916 г., а «Чесма» — в январе 1917 г. При этом «Варяг» после длительного перехода нуждался в срочном ремонте. На Севере не было ремонтной базы, поэтому корабль направили в Англию. Летом 1917 г. в Заполярье прибыл русский крейсер «Аскольд», который до этого действовал вместе с флотом союзников на Средиземном море.

Из Владивостока на Северный морской театр переводились также миноносцы и вспомогательные суда. В первой половине 1916 г. переход на Север совершили миноносцы «Властный» и «Грозовой». В 1917 г. сюда пришли миноносцы "Капитан Юрасовский", «Бесшумный», "Лейтенант Сергеев" и «Бесстрашный».

Из подводных лодок на Северный морской театр первой была доставлена «Дельфин», построенная еще накануне русско-японской войны. Она явилась первенцем русского подводного флота. Ее перевезли из Владивостока в Архангельск по железной дороге. В 1916 г. из Петрограда сюда прибыли еще две малые подводные лодки. Четвертая — "Св. Георгий" — была куплена в Италии. В мае 1917 г. она вышла из Генуи и в сентябре прибыла в Архангельск, покрыв расстояние свыше 5 тыс. миль. Это был один из наиболее дальних переходов в истории русских подводных лодок, совершенный в военное время и при неблагоприятных метеорологических условиях. В Атлантическом океане лодку настиг сильный шторм, продолжавшийся несколько суток. Однако русские подводники во главе со своим бесстрашным командиром старшим лейтенантом И. И. Ризничем стойко преодолели все трудности и благополучно привели корабль в место назначения.

Несмотря на то что корабли, прибывшие с Дальнего Востока, значительно усилили флотилию Северного Ледовитого океана, их явно не хватало для успешного решения ею своих задач. Особенно остро ощущался недостаток в тральщиках и кораблях противолодочной обороны. И царское правительство принимает решение закупить военные суда за границей. Но это оказалось нелегким делом. Почти все корабли, которые могли вести боевые действия, уже давно были раскуплены воюющими странами. В течение 1916 г. Россия смогла приобрести в Англии, Франции, США, Норвегии, Голландии, Испании, Аргентине и других странах лишь несколько десятков небольших торговых судов. Большинство их после ремонта и установки вооружения использовалось в качестве тральщиков и сторожевых судов.